9dje

T4 Lysozyme T109H/G113H

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endolysin

Tequatrovirus T4

UniProt D9IEF7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–164 突变:T109H, G113H, C54T, C97A CL CHLORIDE ION × 2 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;293 K;Protein: 0.33 mM T4 lysozyme mutant. Precipitant: 2.2 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 6.6, 150 mM NaCl, 100 mM 1,6-hexanediol, 3% 2-propanol 分辨率 1.62 Å R-free 0.184

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 131 个其他 PDB 条目、146 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D9IEF7_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9dje

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9dje
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9dje
沉积日期 deposition_date2024-09-06
结构标题 titleT4 Lysozyme T109H/G113H
关键词 keywordsHydrolase (O-Glycosyl), double histidine mutation, dHis motif, lysozyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.35
零角强度 I(0) i06646260.00
分子量 molecular_weight19084.0 kDa
排除体积 excluded_volume24052 ų
包络体积 envelope_volume26928 ų
水化壳体积 shell_volume14307 ų
包络直径 envelope_diameter60.1
壳层 Rg shell_rg21.81
包络 Rg envelope_rg16.47
形状 Rg shape_rg16.32
总 Rg total_rg17.38
总原子数 total_atoms1339
残基数 n_residues162
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.3
Rg (实空间) rg_real17.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real6.6460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1970e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6646000.0000
解质量估计 total_estimate0.7921
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary57.6
偏度 Skewness skewness0.353
峰度 Kurtosis kurtosis-0.197
角度范围 angular_range— – 0.4600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1474000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)