9e7m

In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tape measure protein

Escherichia phage Lambda

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Tail tip assembly protein I × 2 （P03730） Tail tip assembly protein I × 1 （P03730） Tip attachment protein J × 3 （P03749） Tail tip protein L × 3 （P03738） Tail fiber protein × 12 （P03764） Tail tip protein M × 6 （P03737） Tail tube protein × 6 （P03733） IRON/SULFUR CLUSTER × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TMP_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Ha； PDB构建体 1–32； UniProt 818–849 作者链 Hb； PDB构建体 1–32； UniProt 818–849 作者链 Hc； PDB构建体 1–32； UniProt 818–849

Tail tip assembly protein I

Escherichia phage Lambda

UniProt P03730

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Tape measure protein × 3 （P03736） Tip attachment protein J × 3 （P03749） Tail tip protein L × 3 （P03738） Tail fiber protein × 12 （P03764） Tail tip protein M × 6 （P03737） Tail tube protein × 6 （P03733） IRON/SULFUR CLUSTER × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIPI_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 Ia； PDB构建体 1–90； UniProt 133–222 作者链 Ib； PDB构建体 1–90； UniProt 133–222 作者链 Ic； PDB构建体 1–90； UniProt 133–222

Tip attachment protein J

Escherichia phage Lambda

UniProt P03749

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Tape measure protein × 3 （P03736） Tail tip assembly protein I × 2 （P03730） Tail tip assembly protein I × 1 （P03730） Tail tip protein L × 3 （P03738） Tail fiber protein × 12 （P03764） Tail tip protein M × 6 （P03737） Tail tube protein × 6 （P03733） IRON/SULFUR CLUSTER × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIPJ_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Ja； PDB构建体 1–835； UniProt 1–835 作者链 Jb； PDB构建体 1–835； UniProt 1–835 作者链 Jc； PDB构建体 1–835； UniProt 1–835

Tail tip protein L

Escherichia phage Lambda

UniProt P03738

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Tape measure protein × 3 （P03736） Tail tip assembly protein I × 2 （P03730） Tail tip assembly protein I × 1 （P03730） Tip attachment protein J × 3 （P03749） Tail fiber protein × 12 （P03764） Tail tip protein M × 6 （P03737） Tail tube protein × 6 （P03733） IRON/SULFUR CLUSTER × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIPL_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 La； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232 作者链 Lb； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232 作者链 Lc； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232

Tail fiber protein

Escherichia phage Lambda

UniProt P03764

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Tape measure protein × 3 （P03736） Tail tip assembly protein I × 2 （P03730） Tail tip assembly protein I × 1 （P03730） Tip attachment protein J × 3 （P03749） Tail tip protein L × 3 （P03738） Tail tip protein M × 6 （P03737） Tail tube protein × 6 （P03733） IRON/SULFUR CLUSTER × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	FIBER_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Ta； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Tb； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Tc； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Td； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Te； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Tf； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Tg； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Th； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Ti； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Tj； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Tk； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 Tl； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

Tail tip protein M

Escherichia phage Lambda

UniProt P03737

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Tape measure protein × 3 （P03736） Tail tip assembly protein I × 2 （P03730） Tail tip assembly protein I × 1 （P03730） Tip attachment protein J × 3 （P03749） Tail tip protein L × 3 （P03738） Tail fiber protein × 12 （P03764） Tail tube protein × 6 （P03733） IRON/SULFUR CLUSTER × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIPM_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 Ma； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 Mb； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 Mc； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 Md； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 Me； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109 作者链 Mf； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

Tail tube protein

Escherichia phage Lambda

UniProt P03733

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Tape measure protein × 3 （P03736） Tail tip assembly protein I × 2 （P03730） Tail tip assembly protein I × 1 （P03730） Tip attachment protein J × 3 （P03749） Tail tip protein L × 3 （P03738） Tail fiber protein × 12 （P03764） Tail tip protein M × 6 （P03737） IRON/SULFUR CLUSTER × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TUBE_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Va； PDB构建体 1–152； UniProt 3–157 作者链 Vb； PDB构建体 1–152； UniProt 3–157 作者链 Vc； PDB构建体 1–152； UniProt 3–157 作者链 Vd； PDB构建体 1–152； UniProt 3–157 作者链 Ve； PDB构建体 1–152； UniProt 3–157 作者链 Vf； PDB构建体 1–152； UniProt 3–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7m
沉积日期 deposition_date	2024-11-03
结构标题 title	In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex
关键词 keywords	bacteriophage, tail tip complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9e7m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9e7m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9e7m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	68.64 Å
Rg（电子密度）	69.55 Å
总 Rg	69.38 Å
原子数	48257
残基数	6260
排除体积	851970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9e7m__assembly_1__model_1`	36-meric （36）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tape measure protein
分子量 formula_weight	3472.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ha,Hb,Hc
原子数 atom_count	48257

IGPAALKAVYDMARKGARDEIQTQMRDGGLFS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tail tip assembly protein I
分子量 formula_weight	9322.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ia,Ib

GGMTGILFSLGASMVLGGVAQMLAPKARTPRIQTTDNGKQNTYFSSLDNMVAQGNVLPVLYGEMRVGSRVVSQEISTADEGDGGQVVVIG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tail tip assembly protein I
分子量 formula_weight	9308.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ic

GGMTGVLFSLGASMVLGGVAQMLAPKARTPRIQTTDNGKQNTYFSSLDNMVAQGNVLPVLYGEMRVGSRVVSQEISTADEGDGGQVVVIG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Tip attachment protein J
分子量 formula_weight	92362.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ja,Jb,Jc

MGKGSSKGHTPREAKDNLKSTQLLSVIDAISEGPIEGPVDGLKSVLLNSTPVLDTEGNTNISGVTVVFRAGEQEQTPPEGFESSGSETVLGTEVKYDTPITRTITSANIDRLRFTFGVQALVETTSKGDRNPSEVRLLVQIQRNGGWVTEKDITIKGKTTSQYLASVVMGNLPPRPFNIRMRRMTPDSTTDQLQNKTLWSSYTEIIDVKQCYPNTALVGVQVDSEQFGSQQVSRNYHLRGRILQVPSNYNPQTRQYSGIWDGTFKPAYSNNMAWCLWDMLTHPRYGMGKRLGAADVDKWALYVIGQYCDQSVPDGFGGTEPRITCNAYLTTQRKAWDVLSDFCSAMRCMPVWNGQTLTFVQDRPSDKTWTYNRSNVVMPDDGAPFRYSFSALKDRHNAVEVNWIDPNNGWETATELVEDTQAIARYGRNVTKMDAFGCTSRGQAHRAGLWLIKTELLETQTVDFSVGAEGLRHVPGDVIEICDDDYAGISTGGRVLAVNSQTRTLTLDREITLPSSGTALISLVDGSGNPVSVEVQSVTDGVKVKVSRVPDGVAEYSVWELKLPTLRQRLFRCVSIRENDDGTYAITAVQHVPEKEAIVDNGAHFDGEQSGTVNGVTPPAVQHLTAEVTADSGEYQVLARWDTPKVVKGVSFLLRLTVTADDGSERLVSTARTTETTYRFTQLALGNYRLTVRAVNAWGQQGDPASVSFRIAAPAAPSRIELTPGYFQITATPHLAVYDPTVQFEFWFSEKQIADIRQVETSTRYLGTALYWIAASINIKPGHDYYFYIRSVNTVGKSAFVEAVGRASDDAEGYLDFFKGKITESHLGKELLEKV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Tail tip protein L
分子量 formula_weight	25730.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Lc,Lb,La

MQDIRQETLNECTRAEQSASVVLWEIDLTEVGGERYFFCNEQNEKGEPVTWQGRQYQPYPIQGSGFELNGKGTSTRPTLTVSNLYGMVTGMAEDMQSLVGGTVVRRKVYARFLDAVNFVNGNSYADPEQEVISRWRIEQCSELSAVSASFVLSTPTETDGAVFPGRIMLANTCTWTYRGDECGYSGPAVADEYDQPTSDITKDKCSKCLSGCKFRNNVGNFGGFLSINKLSQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Tail fiber protein
分子量 formula_weight	10092.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ta,Tb,Tc,Td,Te,Tf,Tg,Tl,Th,Ti,Tj,Tk

MAVKISGVLKDGTGKPVQNCTIQLKARRNSTTVVVNTVGSENPDEAGRYSMDVEYGQYSVILQVDGFPPSHAGTITVYEDSQPGTLNDFLCAMT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Tail tip protein M
分子量 formula_weight	12547.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ma,Mb,Mc,Md,Me,Mf

MKTFRWKVKPGMDVASVPSVRKVRFGDGYSQRAPAGLNANLKTYSVTLSVPREEATVLESFLEEHGGWKSFLWTPPYEWRQIKVTCAKWSSRVSMLRVEFSAEFEQVVN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Tail tube protein
分子量 formula_weight	16540.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Va,Vb,Vc,Vd,Ve,Vf

VPNPTMPVKGAGTTLWVYKGSGDPYANPLSDVDWSRLAKVKDLTPGELTAESYDDSYLDDEDADWTATGQGQKSAGDTSFTLAWMPGEQGQQALLAWFNEGDTRAYKIRFPNGTVDVFRGWVSSIGKAVTVITRTVKVTNVGRPSMAEDRST

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.37 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	6517

In situ cryoEM structure of bacteriophage Ur-lambda tail tip complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tape measure protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail tip assembly protein I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tip attachment protein J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail tip protein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail fiber protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail tip protein M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail tube protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9e7m__assembly_1__model_1

9e7m__assembly_1__model_1 | I(q)

9e7m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source