9eau

RRV DKTA VLP in complex with VLDLR-LBD-Fc

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 210.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

Ross river virus (STRAIN T48)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 817–1254 链 E； UniProt 817–1254 链 I； UniProt 817–1254 链 M； UniProt 817–1254	突变：K327D, D345K, E348T, D349A	Spike glycoprotein E2 × 4 （Q076B2） Capsid protein × 4 （P08491） Very low-density lipoprotein receptor × 2 （P98155） CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9DZM3_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–438； UniProt 817–1254 作者链 E； PDB构建体 1–438； UniProt 817–1254 作者链 I； PDB构建体 1–438； UniProt 817–1254 作者链 M； PDB构建体 1–438； UniProt 817–1254

Spike glycoprotein E2

Ross river virus (STRAIN T48)

UniProt Q076B2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 335–753 链 F； UniProt 335–753 链 J； UniProt 335–753 链 N； UniProt 335–753	未记录	Spike glycoprotein E1 × 4 （C9DZM3） Capsid protein × 4 （P08491） Very low-density lipoprotein receptor × 2 （P98155） CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q076B2_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–419； UniProt 335–753 作者链 F； PDB构建体 1–419； UniProt 335–753 作者链 J； PDB构建体 1–419； UniProt 335–753 作者链 N； PDB构建体 1–419； UniProt 335–753

Capsid protein

Ross river virus (STRAIN T48)

UniProt P08491

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 113–270 链 G； UniProt 113–270 链 K； UniProt 113–270 链 O； UniProt 113–270	未记录	Spike glycoprotein E1 × 4 （C9DZM3） Spike glycoprotein E2 × 4 （Q076B2） Very low-density lipoprotein receptor × 2 （P98155） CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9EAU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VYV Human mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic alphaviruses by recognizing conserved elements of the MXR8 receptor binding domain 提交 2020-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 960 PDB 声明：960-meric	链 A 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 B 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 C 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 D 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 E 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 F 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 G 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 H 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.33 Å
6VYV Human mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic alphaviruses by recognizing conserved elements of the MXR8 receptor binding domain 提交 2020-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 B 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 C 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 D 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 E 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 F 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 G 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 H 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.33 Å
6VYV Human mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic alphaviruses by recognizing conserved elements of the MXR8 receptor binding domain 提交 2020-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：80-meric	链 A 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 B 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 C 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 D 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 E 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 F 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 G 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 H 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.33 Å
6VYV Human mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic alphaviruses by recognizing conserved elements of the MXR8 receptor binding domain 提交 2020-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 96 PDB 声明：96-meric	链 A 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 B 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 C 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 D 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 E 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 F 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 G 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 H 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.33 Å
6VYV Human mAbs broadly protect against infection of arthritiogenic alphaviruses by recognizing conserved elements of the MXR8 receptor binding domain 提交 2020-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 B 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 C 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 D 817–1209（393 aa）片段：UNP residues 817-1209 链 E 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 F 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 G 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675 链 H 335–675（341 aa）片段：UNP residues 335-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.33 Å

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_RRVT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 113–270 作者链 G； PDB构建体 1–158； UniProt 113–270 作者链 K； PDB构建体 1–158； UniProt 113–270 作者链 O； PDB构建体 1–158； UniProt 113–270

Very low-density lipoprotein receptor

Homo sapiens

UniProt P98155

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric（14）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 111–149 链 Z； UniProt 111–149	未记录	Spike glycoprotein E1 × 4 （C9DZM3） Spike glycoprotein E2 × 4 （Q076B2） Capsid protein × 4 （P08491） CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9EAU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 5 111–151（41 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 5 111–151（41 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 5 111–151（41 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 5 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 5 111–151（41 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 5 111–151（41 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
1V9U Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein 提交 2004-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：150-meric	链 5 111–151（41 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 30 CA CALCIUM ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；Ammonim sulfate, sodium/potassium phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.295
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC	链 E 113–151（39 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 113–151（39 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 E 113–151（39 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 5 CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 E 113–151（39 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 6 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 113–151（39 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
3DPR Human rhinovirus 2 bound to a concatamer of the VLDL receptor module V3 提交 2008-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric	链 E 113–151（39 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 60 CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.441
6BYV Solution NMR structure of cysteine-rich calcium bound domains of very low density lipoprotein receptor 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–190（121 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；306.5 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760 NMR测量条件 pH 6.2；306.5 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760 NMR样品组成 350 uM [U-99% 15N] VLDLR, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] VLDLR, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 250 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] VLDLR, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
8IHP Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR-LA3 提交 2023-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 M 111–149（39 aa）链 N 111–149（39 aa）链 O 111–149（39 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8UA4 Structure of eastern equine encephalitis virus VLP in complex with VLDLR LA1 提交 2023-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 R 33–68（36 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å
8UA8 Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2 提交 2023-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 R 72–108（37 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8UFB Eastern equine encephalitis virus (PE-6) VLP in complex with full-length VLDLR (asymmetric unit) 提交 2023-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 R 28–769（742 aa）链 S 28–769（742 aa）链 T 28–769（742 aa）链 U 28–769（742 aa）链 V 28–769（742 aa）链 W 28–769（742 aa）链 X 28–769（742 aa）链 Y 28–769（742 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.89 Å
8UFC Eastern equine encephalitis virus (PE-6) VLP in complex with VLDLR LA(1-2) (asymmetric unit) 提交 2023-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 V 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 W 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 X 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 Y 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8X0K Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(2-fold) 提交 2023-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 D 113–149（37 aa）链 H 113–149（37 aa）链 L 113–149（37 aa）链 P 113–149（37 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8X0L Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(3-fold) 提交 2023-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 D 113–149（37 aa）链 H 113–149（37 aa）链 L 113–149（37 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8X0M Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(5-fold) 提交 2023-11-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 D 113–149（37 aa）链 H 113–149（37 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8XI4 Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2 提交 2023-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 M 31–113（83 aa）链 N 31–113（83 aa）链 O 31–113（83 aa）链 P 31–113（83 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8XI5 Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5 提交 2023-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 M 191–231（41 aa）链 N 191–231（41 aa）链 O 191–231（41 aa）链 P 191–231（41 aa）链 Q 111–151（41 aa）链 R 111–151（41 aa）链 S 111–151（41 aa）链 T 111–151（41 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8YS2 Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2 提交 2024-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 960 PDB 声明：960-meric	链 M 31–110（80 aa）链 N 31–110（80 aa）链 O 31–110（80 aa）链 P 31–110（80 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 480	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
8YS4 Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5 提交 2024-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 1200 PDB 声明：1200-meric	链 M 191–231（41 aa）链 N 191–231（41 aa）链 O 191–231（41 aa）链 P 191–231（41 aa）链 Q 111–151（41 aa）链 R 111–151（41 aa）链 S 111–151（41 aa）链 T 111–151（41 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 480	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
8YVZ Semliki Forest virus viron 提交 2024-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 E 110–151（42 aa）链 R 110–151（42 aa）链 S 110–151（42 aa）链 T 110–151（42 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8YW0 Semliki Forest virus viron 提交 2024-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 E 191–230（40 aa）链 R 191–230（40 aa）链 T 191–230（40 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8YW1 Semliki Forest virus viron in complex with VLDLR 提交 2024-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 C 111–231（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8YW2 Semliki Forest virus viron in complex with VLDLR 提交 2024-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：65-meric	链 A 70–231（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9DQZ Structure of western equine encephalitis virus McMillan VLP in complex with human VLDLR 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 M 33–110（78 aa）链 N 33–110（78 aa）链 O 33–110（78 aa）链 P 33–110（78 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E9Y WEEV McMillan VLP in complex with VLDLR LA(1-2) 提交 2024-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 V 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 X 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 Y 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 Z 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108	未记录	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
9E9Z SINV-WEEV Fleming in complex with VLDLR LA(1-2) 提交 2024-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 V 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 W 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 X 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108 链 Y 31–108（78 aa）片段：UNP residues 31-108	未记录	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9L99 Structure of Western equine encephalitis virus McMillan strain in complex with VLDLR LA1-2 提交 2024-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 31–110（80 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9L9A Structure of Western equine encephalitis virus McMillan strain in complex with VLDLR LA2-3 提交 2024-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 M 70–151（82 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9WSL CryoEM structure of Western equine encephalitis virus California VLP in complex with VLDLR-LBD 提交 2025-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 R 32–110（79 aa）链 S 32–110（79 aa）链 T 32–110（79 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å

共 25 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VLDLR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–39； UniProt 111–149 作者链 Z； PDB构建体 1–39； UniProt 111–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9eau
沉积日期 deposition_date	2024-11-11
结构标题 title	RRV DKTA VLP in complex with VLDLR-LBD-Fc
关键词 keywords	Alphavirus Receptor, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.44 Å
零角强度 I(0) i0	2968520000.00
分子量 molecular_weight	452810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	563740 Å³
包络体积 envelope_volume	985370 Å³
水化壳体积 shell_volume	126440 Å³
包络直径 envelope_diameter	210.7 Å
壳层 Rg shell_rg	67.78 Å
包络 Rg envelope_rg	62.10 Å
形状 Rg shape_rg	65.35 Å
总 Rg total_rg	65.77 Å
总原子数 total_atoms	31779
残基数 n_residues	4138
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.4 Å
Rg (实空间) rg_real	65.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1300e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2972000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8326
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	87.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.075
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.606
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	130300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	47432.6 kDa
突变 mutation	K327D, D345K, E348T, D349A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	31779

YEHTATIPNVVGFPYKAHIERNGFSPMTLQLEVVETSLEPTLNLEYITCEYKTVVPSPFIKCCGTSECSSKEQPDYQCKVYTGVYPFMWGGAYCFCDSENTQLSEAYVDRSDVCKHDHASAYKAHTASLKATIRISYGTINQTTEAFVNGEHAVNVGGSKFIFGPISTAWSPFDNKIVVYKDDVYNQDFPPYGSGQPGRFGDIQSRTVESKDLYANTALKLSRPSPGVVHVPYTQTPSGFKYWLKEKGSSLNTKAPFGCKIKTNPVRAMDCAVGSIPVSMDIPDSAFTRVVDAPAVTDLSCQVVVCTHSSDFGGVATLSYKTDKPGDCAVHSHSNVATLQEATVKVKTAGKVTVHFSTASASPAFKVSVCDAKTTCTAACEPPKDHIVPYGASHNNQVFPDMSGTAMTWVQRLASGLGGLALIAVVVLVLVTCITMRR

来源 Source

来源生物 organism	Ross river virus (STRAIN T48)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11032
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46427.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J,N

SVTEHFNVYKATRPYLAYCADCGDGYFCYSPVAIEKIRDEASDGMLKIQVSAQIGLDKAGTHAHTKIRYMAGHDVQESKRDSLRVYTSAACSIHGTMGHFIVAHCPPGDYLKVSFEDADSHVKACKVQYKHDPLPVGREKFVVRPHFGVELPCTSYQLTTAPTDEEIDMHTPPDIPDRTLLSQTAGNVKITAGGRTIRYNCTCGRDNVGTTSTDKTINTCKIDQCHAAVTSHDKWQFTSPFVPRADQTARRGKVHVPFPLTNVTCRVPLARAPDVTYGKKEVTLRLHPDHPTLFSYRSLGAEPHPYEEWVDKFSERIIPVTEEGIEYQWGNNPPVRLWAQLTTEGKPHGWPHEIIQYYYGLYPAATIAAVSGASLMALLTLAATCCMLATARRKCLTPYALTPGAVVPLTLGLLCCAPR

来源 Source

来源生物 organism	Ross river virus (STRAIN T48)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11032
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	17367.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K,O

RMCMKIENDCIFEVKLDGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGTIDNPDLAKLTYKKSSKYDLECAQIPVHMKSDASKYTHEKPEGHYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGARTALSVVTWTKDMVTRVTPEGTEEW

来源 Source

来源生物 organism	Ross river virus (STRAIN T48)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11032
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Very low-density lipoprotein receptor
分子量 formula_weight	4361.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z

RTCRIHEISCGAHSTQCIPVSWRCDGENDCDSGEDEENC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1173256

fit	/app/data/saxs_computation/ea/9eau/9eau.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/9eau/9eau.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/9eau/9eau.dat

RRV DKTA VLP in complex with VLDLR-LBD-Fc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Spike glycoprotein E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Very low-density lipoprotein receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)