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9ep4

Structure of Integrator subcomplex INTS5/8/15

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 220.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrator complex subunit 8

Homo sapiens

UniProt Q75QN2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–995 未记录 Integrator complex subunit 5 × 1 （Q6P9B9） Integrator complex subunit 15 × 1 （Q96N11） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EP4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7CUN The structure of human Integrator-PP2A complex 提交 2020-08-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 H 1–995（995 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7PKS Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation 提交 2021-08-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric
链 h 1–995（995 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7YCX The structure of INTAC-PEC complex 提交 2022-07-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric
链 H 1–995（995 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.18 Å
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric
链 h 1–995（995 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 h 1–995（995 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8RC4 Structure of Integrator-PP2A complex 提交 2023-12-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 h 1–995（995 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8YJB Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC complex 提交 2024-03-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 H 1–995（995 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9EOF Structure of the human INTS5/8/10/15 subcomplex 提交 2024-03-14 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–995（995 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.70 Å
9VD9 Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC-PEC complex 提交 2025-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：38-meric
链 H 1–995（995 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–995； UniProt 1–995

Integrator complex subunit 5

Homo sapiens

UniProt Q6P9B9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–1019 未记录 Integrator complex subunit 8 × 1 （Q75QN2） Integrator complex subunit 15 × 1 （Q96N11） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EP4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7CUN The structure of human Integrator-PP2A complex 提交 2020-08-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–1019（1019 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7PKS Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation 提交 2021-08-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：31-meric
链 e 1–1019（1019 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7YCX The structure of INTAC-PEC complex 提交 2022-07-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric
链 E 1–1019（1019 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.18 Å
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric
链 e 1–1019（1019 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 e 1–1019（1019 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8RC4 Structure of Integrator-PP2A complex 提交 2023-12-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 e 1–1019（1019 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8YJB Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC complex 提交 2024-03-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–1019（1019 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9EOF Structure of the human INTS5/8/10/15 subcomplex 提交 2024-03-14 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–1019（1019 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.70 Å
9VD9 Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC-PEC complex 提交 2025-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：38-meric
链 E 1–1019（1019 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1019； UniProt 1–1019

Integrator complex subunit 15

Homo sapiens

UniProt Q96N11

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–449 未记录 Integrator complex subunit 8 × 1 （Q75QN2） Integrator complex subunit 5 × 1 （Q6P9B9） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9EP4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric
链 o 1–449（449 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8RBZ Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex 提交 2023-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 o 1–449（449 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8RC4 Structure of Integrator-PP2A complex 提交 2023-12-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric
链 o 1–449（449 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EOF Structure of the human INTS5/8/10/15 subcomplex 提交 2024-03-14 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.70 Å
9EP1 Structure of the Integrator arm module containing INTS10/13/14/15 subunits (state 2) 提交 2024-03-16 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–391（391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9FA4 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 1) 提交 2024-05-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9FA7 Structure of the Integrator arm module containing subunits INTS10/13/14/15 (state 3) 提交 2024-05-10 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–449（449 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INT15_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–449； UniProt 1–449

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ep4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ep4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ep4
沉积日期 deposition_date2024-03-17
结构标题 titleStructure of Integrator subcomplex INTS5/8/15
关键词 keywordsRNA polymerase II transcription termination, Integrator complex assembly, transcription factors, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier64.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.95 Å
零角强度 I(0) i0664589000.00
分子量 molecular_weight218630.0 kDa
排除体积 excluded_volume275200 ų
包络体积 envelope_volume448910 ų
水化壳体积 shell_volume63728 ų
包络直径 envelope_diameter240.7 Å
壳层 Rg shell_rg54.02 Å
包络 Rg envelope_rg66.94 Å
形状 Rg shape_rg66.93 Å
总 Rg total_rg66.69 Å
总原子数 total_atoms15393
残基数 n_residues2064
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax220.6 Å
Rg (实空间) rg_real66.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.49 Å
I(0) (实空间) i0_real6.6430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal661100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7593
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.0 Å
偏度 Skewness skewness0.633
峰度 Kurtosis kurtosis-0.326
角度范围 angular_range— – 0.1200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0008
最高正则化参数 α highest_alpha23970000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.594; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.582; Smooth: 0.506
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)