9f5p

Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC6b) from an insect cell expression system.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 94.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

Poliovirus 2

UniProt P06210

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 579–879 链 B; UniProt 2–340 链 C; UniProt 341–578 突变:VP1 V107I, VP1 V134L, VP1 V183L 突变:VP2 I57V, VP2 D126A 突变:VP3 Q178L SPH SPHINGOSINE × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 ul of sample blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV. 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL2L
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–301; UniProt 579–879 作者链 B; PDB构建体 2–340; UniProt 2–340 作者链 C; PDB构建体 1–238; UniProt 341–578

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9f5p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9f5p
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9f5p
沉积日期 deposition_date2024-04-29
最后修订 last_revision2025-01-29
结构标题 titlePoliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC6b) from an insect cell expression system.
关键词 keywordsCapsid protein, vaccine, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.62
零角强度 I(0) i0122547000.00
分子量 molecular_weight87835.0 kDa
排除体积 excluded_volume109920 ų
包络体积 envelope_volume134140 ų
水化壳体积 shell_volume38375 ų
包络直径 envelope_diameter101.0
壳层 Rg shell_rg36.43
包络 Rg envelope_rg29.29
形状 Rg shape_rg28.61
总 Rg total_rg29.37
总原子数 total_atoms6184
残基数 n_residues790
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.0
Rg (实空间) rg_real29.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real1.2250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal122500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8922
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.8
偏度 Skewness skewness0.318
峰度 Kurtosis kurtosis-0.327
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23270000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.856

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)