Capsid protein VP1
Poliovirus 2
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 579–879 链 B; UniProt 2–340 链 C; UniProt 341–578 | 突变:VP1 V107I, VP1 V134L, VP1 V183L 突变:VP2 I57V, VP2 D126A 突变:VP3 Q178L | SPH SPHINGOSINE × 60 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 ul of sample blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV. | 分辨率 2.60 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9F5P | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EAH PV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973 提交 1997-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-MERIC |
链 1
578–878(301 aa)
链 2
69–339(271 aa)
链 3
340–577(238 aa)
链 4
1–68(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1EAH PV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973 提交 1997-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 1
578–878(301 aa)
链 2
69–339(271 aa)
链 3
340–577(238 aa)
链 4
1–68(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1EAH PV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973 提交 1997-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric |
链 1
578–878(301 aa)
链 2
69–339(271 aa)
链 3
340–577(238 aa)
链 4
1–68(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1EAH PV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973 提交 1997-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric |
链 1
578–878(301 aa)
链 2
69–339(271 aa)
链 3
340–577(238 aa)
链 4
1–68(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1EAH PV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973 提交 1997-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 1
578–878(301 aa)
链 2
69–339(271 aa)
链 3
340–577(238 aa)
链 4
1–68(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1EAH PV2L COMPLEXED WITH ANTIVIRAL AGENT SCH48973 提交 1997-07-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 120 PDB 声明:120-meric |
链 1
578–878(301 aa)
链 2
69–339(271 aa)
链 3
340–577(238 aa)
链 4
1–68(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 30 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 300 PDB 声明:300-MERIC |
链 1
602–879(278 aa)
链 2
79–340(262 aa)
链 3
341–575(235 aa)
链 4
2–69(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 1
602–879(278 aa)
链 2
79–340(262 aa)
链 3
341–575(235 aa)
链 4
2–69(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric |
链 1
602–879(278 aa)
链 2
79–340(262 aa)
链 3
341–575(235 aa)
链 4
2–69(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric |
链 1
602–879(278 aa)
链 2
79–340(262 aa)
链 3
341–575(235 aa)
链 4
2–69(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 1
602–879(278 aa)
链 2
79–340(262 aa)
链 3
341–575(235 aa)
链 4
2–69(68 aa)
|
未记录 | SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 8AYZ Poliovirus type 2 (strain MEF-1) virus-like particle in complex with capsid binder compound 17 提交 2022-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric |
链 A
579–879(301 aa)
链 B
1–340(340 aa)
链 C
342–578(237 aa)
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 60 FHK 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7;1 x DPBS was made from tissue culture grade Dulbecco's Phosphate Buffered Saline (Sigma-Aldrich). 20 mM EDTA was prepared from fresh stocks of buffered EDTA.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;Single blotting with 3.5ul of sample. Four second blot time and -17 blot force on the vitrobot.
|
分辨率 1.88 Å |
| 9F59 Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC6b) from a mammalian expression system. 提交 2024-04-28 | 突变/修饰不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric |
链 A
579–879(301 aa)
链 B
2–340(339 aa)
链 C
341–578(238 aa)
|
突变:VP1 V107I, VP1 F134L, VP1 V183L 突变:VP2 I57V, VP2 D126A 突变:VP3 Q178L | SPH SPHINGOSINE × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7;1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;4 ul of sample blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV.
|
分辨率 2.30 Å |
| 9H93 Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC6b) from a yeast expression system. 提交 2024-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric |
链 B
1–340(340 aa)
|
突变:VP4 I57V, VP2 D57A | SPH SPHINGOSINE × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7;1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;3ul of sample double blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV.
|
分辨率 2.40 Å |
| 9H94 Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system. 提交 2024-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric |
链 B
1–340(340 aa)
|
未记录 | SPH SPHINGOSINE × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7;1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;3ul of sample double blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV.
|
分辨率 2.10 Å |
| 9OCL PV2-10D2 Complex 提交 2025-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric |
链 1
579–879(301 aa)
链 2
70–340(271 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 9OCL PV2-10D2 Complex 提交 2025-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 1
579–879(301 aa)
链 2
70–340(271 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 9OCL PV2-10D2 Complex 提交 2025-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric |
链 1
579–879(301 aa)
链 2
70–340(271 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 5 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 9OCL PV2-10D2 Complex 提交 2025-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric |
链 1
579–879(301 aa)
链 2
70–340(271 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
| 9OCL PV2-10D2 Complex 提交 2025-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 1
579–879(301 aa)
链 2
70–340(271 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.65 Å |
共 7 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | POLG_POL2L |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1, 2, 3 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–301; UniProt 579–879 作者链 B; PDB构建体 2–340; UniProt 2–340 作者链 C; PDB构建体 1–238; UniProt 341–578 |