9h94

Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 94.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h94
沉积日期 deposition_date	2024-10-29
结构标题 title	Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.
关键词 keywords	Capsid protein, virus-like particle, vaccine, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.23 Å
零角强度 I(0) i0	103205000.00
分子量 molecular_weight	80991.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101630 Å³
包络体积 envelope_volume	123040 Å³
水化壳体积 shell_volume	36140 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.57 Å
包络 Rg envelope_rg	28.86 Å
形状 Rg shape_rg	28.22 Å
总 Rg total_rg	28.98 Å
总原子数 total_atoms	5704
残基数 n_residues	724
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.329
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.326
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21520000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	33073.2 kDa
突变 mutation	VP1 T41I, VP1 F134L, VP1 Y159F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5898

GLGDLIEGVVEGVTRNALTPLTPANNLPDTQSSGPAHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVIQKRTRSESTVESFFARGACVAIIEVDNDAPTKRASKLFSVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTSNYTDANNGHALNQVYQIMFIPPGAPIPGKWNDYTWQTSSNPSVFYTYGAPPARISVPYVGIANAYSHFYDGFAKVPLAGQASTEGDSLYGAASLNDFGSLAVRVVNDHNPTKLTSKIRVYMKPKHVRVWCPRPPRAVPYYGPGVDYKDGLAPLPEKGLTTY

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12083
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP0
分子量 formula_weight	37456.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFAQDPSKFTEPIKDVLIKTAPTLNSPNIEACGYSDRVMQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYIKDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVTWRKESRGWWWKLPDALKDMGLFGQNMFYHYLGRAGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSTTHMFTKYENANPGEKGGEFKGSFTLDTNATNPARNFCPVDYLFGSGVLAGNAFVYPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMTKHNNWGIAILPLAPLDFATESSTEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITVPRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12083
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26491.3 kDa
突变 mutation	VP3 L85F, VP3 Q178L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPVLNTPGSNQYLTADNYQSPCAIPEFDVTPPIDIPGEVRNMMELAEIDTMIPLNLTNQRKNTMDMYRVELNDAAHSDTPILCFSLSPASDPRLAHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGAEAPKSRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRLTINDSFTEGGYISMFYQTRVVVPLSTPRKMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHISQEAMPQ

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12083
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 4 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	194

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	147409

fit	/app/data/saxs_computation/h9/9h94/9h94.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/9h94/9h94.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/9h94/9h94.dat

Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)