SAXSdb — 9h94

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

Poliovirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 180	Capsid protein VP0 × 60 （P06210） Capsid protein VP3 × 60 （A0A0K1U2R1） SPHINGOSINE × 60 water × 180	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8QNU4_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301

Capsid protein VP0

Poliovirus 2

UniProt P06210

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 180	Capsid protein VP1 × 60 （Q8QNU4） Capsid protein VP3 × 60 （A0A0K1U2R1） SPHINGOSINE × 60 water × 180	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_POL2L
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–340； UniProt 1–340

Capsid protein VP3

Poliovirus 2

UniProt A0A0K1U2R1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 180	Capsid protein VP1 × 60 （Q8QNU4） Capsid protein VP0 × 60 （P06210） SPHINGOSINE × 60 water × 180	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0K1U2R1_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–238； UniProt 341–578

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h94
沉积日期 deposition_date	2024-10-29
结构标题 title	Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.
关键词 keywords	Capsid protein, virus-like particle, vaccine, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9h94__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9h94__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9h94__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	133.60 Å
总 Rg	133.60 Å
原子数	342240
残基数	43440
排除体积	6097600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9h94__assembly_1__model_1`	180-meric （180）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	33073.2 kDa
突变 mutation	VP1 T41I, VP1 F134L, VP1 Y159F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5898

GLGDLIEGVVEGVTRNALTPLTPANNLPDTQSSGPAHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVIQKRTRSESTVESFFARGACVAIIEVDNDAPTKRASKLFSVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTSNYTDANNGHALNQVYQIMFIPPGAPIPGKWNDYTWQTSSNPSVFYTYGAPPARISVPYVGIANAYSHFYDGFAKVPLAGQASTEGDSLYGAASLNDFGSLAVRVVNDHNPTKLTSKIRVYMKPKHVRVWCPRPPRAVPYYGPGVDYKDGLAPLPEKGLTTY

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12083
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP0
分子量 formula_weight	37456.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFAQDPSKFTEPIKDVLIKTAPTLNSPNIEACGYSDRVMQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYIKDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVTWRKESRGWWWKLPDALKDMGLFGQNMFYHYLGRAGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSTTHMFTKYENANPGEKGGEFKGSFTLDTNATNPARNFCPVDYLFGSGVLAGNAFVYPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMTKHNNWGIAILPLAPLDFATESSTEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITVPRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12083
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26491.3 kDa
突变 mutation	VP3 L85F, VP3 Q178L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPVLNTPGSNQYLTADNYQSPCAIPEFDVTPPIDIPGEVRNMMELAEIDTMIPLNLTNQRKNTMDMYRVELNDAAHSDTPILCFSLSPASDPRLAHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGAEAPKSRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRLTINDSFTEGGYISMFYQTRVVVPLSTPRKMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHISQEAMPQ

来源 Source

来源生物 organism	Poliovirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12083
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	194

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	147409

Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein VP0

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9h94__assembly_1__model_1

9h94__assembly_1__model_1 | I(q)

9h94__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Poliovirus type 2 (strain MEF-1) stabilised virus-like particle (PV2 SC5a) from a yeast expression system.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP0

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9h94__assembly_1__model_1

9h94__assembly_1__model_1 | I(q)

9h94__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)