SAXSdb — 9ocl

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ocl
沉积日期 deposition_date	2025-04-24
结构标题 title	PV2-10D2 Complex
关键词 keywords	Virus, Antibody, Complex; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.92 Å
零角强度 I(0) i0	217769000.00
分子量 molecular_weight	117470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146640 Å³
包络体积 envelope_volume	208920 Å³
水化壳体积 shell_volume	50669 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.18 Å
包络 Rg envelope_rg	33.84 Å
形状 Rg shape_rg	33.88 Å
总 Rg total_rg	34.62 Å
总原子数 total_atoms	16318
残基数 n_residues	1065
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.4 Å
Rg (实空间) rg_real	34.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	217800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.512
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.912

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	33039.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	16318

GLGDLIEGVVEGVTRNALTPLTPANNLPDTQSSGPAHSKETPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVIQKRTRSESTVESFFARGACVAIIEVDNDAPTKRASKLFSVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMEFTFVVTSNYTDANNGHALNQVYQIMYIPPGAPIPGKWNDYTWQTSSNPSVFYTYGAPPARISVPYVGIANAYSHFYDGFAKVPLAGQASTEGDSLYGAASLNDFGSLAVRVVNDHNPTKLTSKIRVYMKPKHVRVWCPRPPRAVPYYGPGVDYKDGLAPLPGKGLTTY

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	29980.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNIEACGYSVRVMQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYIKDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVTWRKESRGWWWKLPDALKDMGLFGQNMFYHYLGRAGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSTTHMFTKYENANPGEKGGEFKGSFTLDTNATNPARNFCPVDYLFGSGVLAGNAFVYPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMTKHNNWGIAILPLAPLDFATESSTEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITVPRTQ

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26115.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVLNTPGSNQYLTADNYQSPCAIPEFDVTPPIDIPGEVRNMMELAEIDTMIPLNLTNQRKNTMDMYRVELNDAAHSDTPILCLSLSPASDPRLAHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGAEAPKSRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTINDSFTEGGYISMFYQTRVVVPLSTPRKMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHISQEA

Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7347.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFAQDPSKFTEPIKDVLIKTAPTLN

Entity 5 polymer

描述 description	10D2 Heavy Chain
分子量 formula_weight	14713.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGPGLVKPSETLSLTCAISGDSVSSKSAAWNWIRQSPSRGLEWLGRTYYRSKWSHNYAVSVRSRVTINPDTSKNQFSLHLNSVTPEDTAVYYCTRASPSAYTHGWYGSYYYGMDVWGQGTTVTVSS

Entity 6 polymer

描述 description	10D2 Light Chain
分子量 formula_weight	11453.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGSSSDISDYNYVAWYQQHPGKAPKLIISDVSIRPSGVSARFSGSKSGNTASLTISGLQVEDEADYYCSSYTSDINILFGGGTKLTVL

Entity 7 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.650 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	21606

fit	/app/data/saxs_computation/oc/9ocl/9ocl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oc/9ocl/9ocl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oc/9ocl/9ocl.dat

PV2-10D2 Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)