9gbw

Overall structure of the substrate-bound U11 snRNP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 181.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gbw
沉积日期 deposition_date	2024-07-31
结构标题 title	Overall structure of the substrate-bound U11 snRNP
关键词 keywords	minor spliceosome, U11 snRNP, RNA-protein complex, SPLICING; SPLICING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.94 Å
零角强度 I(0) i0	772696000.00
分子量 molecular_weight	196000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	231990 Å³
包络体积 envelope_volume	352440 Å³
水化壳体积 shell_volume	66174 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.6 Å
壳层 Rg shell_rg	46.95 Å
包络 Rg envelope_rg	48.05 Å
形状 Rg shape_rg	48.01 Å
总 Rg total_rg	47.72 Å
总原子数 total_atoms	13570
残基数 n_residues	1461
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.9 Å
Rg (实空间) rg_real	47.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	772200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7932
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.716
峰度 Kurtosis kurtosis	0.376
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.506; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.875; Smooth: 0.914

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

描述 description	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
分子量 formula_weight	15290.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	13570

MDVFQEGLAMVVQDPLLCDLPIQVTLEEVNSQIALEYGQAMTVRVCKMDGEVMPVVVVQSATVLDLKKAIQRYVQLKQEREGGIQHISWSYVWRTYHLTSAGEKLTEDRKKLRDYGIRNRDEVSFIKKLRQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 35 kDa protein
分子量 formula_weight	29514.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNDWMPIAKEYDPLKAGSIDGTDEDPHDRAVWRAMLARYVPNKGVIGDPLLTLFVARLNLQTKEDKLKEVFSRYGDIRRLRLVRDLVTGFSKGYAFIEYKEERAVIKAYRDADGLVIDQHEIFVDYELERTLKGWIPRRLGGGLGGKKESGQLRFGGRDRPFRKPINLPVVKNDLYREGKRERRERSRSRERHWDSRTRDRDHDRGREKRWQEREPTRVWPDNDWERERDFRDDRIKGREKKERGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Programmed cell death protein 7
分子量 formula_weight	54792.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MALPPFFGQGRPGPPPPQPPPPAPFGCPPPPLPSPAFPPPLPQRPGPFPGASAPFLQPPLALQPRASAEASRGGGGAGAFYPVPPPPLPPPPPQCRPFPGTDAGERPRPPPPGPGPPWSPRWPEAPPPPADVLGDAALQRLRDRQWLEAVFGTPRRAGCPVPQRTHAGPSLGEVRARLLRALRLVRRLRGLSQALREAEADGAAWVLLYSQTAPLRAELAERLQPLTQAAYVGEARRRLERVRRRRLRLRERAREREAEREAEAARAVEREQEIDRWRVKCVQEVEEKKREQELKAAADGVLSEVRKKQADTKRMVDILRALEKLRKLRKEAAARKGVCPPASADETFTHHLQRLRKLIKKRSELYEAEERALRVMLEGEQEEERKRELEKKQRKEKEKILLQKREIESKLFGDPDEFPLAHLLEPFRQYYLQAEHSLPALIQIRHDWDQYLVPSDHPKGNFVPQGWVLPPLPSNDIWATAVKLH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Zinc finger matrin-type protein 5
分子量 formula_weight	20002.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGKRYFCDYCDRSFQDNLHNRKKHLNGLQHLKAKKVWYDMFRDAAAILLDEQNKRPCRKFLLTGQCDFGSNCRFSHMSERDLQELSIQVEEERRAREWLLDAPELPEGHLEDWLEKRAKRLSSAPSSRAEPIRTTVFQYPVGWPPVQELPPSLRAPPPGGWPLQPRVQWG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	P120-5'SS
分子量 formula_weight	3367.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AUAUCCUUUUU

Entity 6 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
分子量 formula_weight	13310.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLLVDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
分子量 formula_weight	13940.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNAPMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 8 polymer

描述 description	;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ;
分子量 formula_weight	24642.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSMTVEGPPPKDTGIARVPLAGAAGGPGIGRAAGRGIPAGVPMPQAPAGLAGPVRGVGGPSQQVMTPQGRGTVAAAAAAATASIAGAPTQYPPGRGGPPPPMGRGAPPPGMMGPPPGMRPPMGPPMGIPPGRGTPMGMPPPGMRPPPPGMRGPPPPGMRPPRP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 9 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein E
分子量 formula_weight	10817.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLKGDNITLLQSVSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 10 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein F
分子量 formula_weight	9734.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEEDGEMRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 11 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein G
分子量 formula_weight	8508.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 12 polymer

描述 description	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein
分子量 formula_weight	40042.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MEGEPPPVEERRRLQEELNEFVESGCRTLEEVTASLGWDLDSLDPGEEEAAEDEVVICPYDSNHHMPKSSLAKHMASCRLRKMGYTKEEEDEMYNPEFFYENVKIPSITLNKDSQFQIIKQARTAVGKDSDCYNQRIYSSLPVEVPLNHKRFVCDLTQADRLALYDFVVEETKKKRSDSQIIENDSDLFVDLAAKINQDNSRKSPKSYLEILAEVRDYKRRRQSYRAKNVHITKKSYTEVIRDVINVHMEELSNHWQEEQEKAEDDAEKNEERRSASVDSRQSGGSYLDAECSRHRRDRSRSPHKRKRNKDKDKNCESRRRKERDGERHHSHKRRKQKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 13 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
分子量 formula_weight	13551.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKSGKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 14 polymer

描述 description	U11 snRNA
分子量 formula_weight	43505.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGUAGGGCAACUCGAUUGCUCUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGAGAUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUAUUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCCCUUU

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52290

fit	/app/data/saxs_computation/gb/9gbw/9gbw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/9gbw/9gbw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/9gbw/9gbw.dat

Overall structure of the substrate-bound U11 snRNP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (14)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)