9gcl

Structure of the U11 snRNP C-lobe

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zinc finger matrin-type protein 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZMAT5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

Homo sapiens

UniProt P62314

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SMD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 h； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

Homo sapiens

UniProt P62318

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SMD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 j； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ;

Homo sapiens

UniProt P14678

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RSMB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 k； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240

Small nuclear ribonucleoprotein E

Homo sapiens

UniProt P62304

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RUXE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 l； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

Small nuclear ribonucleoprotein F

Homo sapiens

UniProt P62306

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RUXF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 m； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Small nuclear ribonucleoprotein G

Homo sapiens

UniProt P62308

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUXG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 n； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein

Homo sapiens

UniProt Q6IEG0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 1 （P62316） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SNR48_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

Homo sapiens

UniProt P62316

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 9 RNA 1	Zinc finger matrin-type protein 5 × 1 （Q9UDW3） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 1 （P62314） Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 1 （P62318） ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 1 （P14678） Small nuclear ribonucleoprotein E × 1 （P62304） Small nuclear ribonucleoprotein F × 1 （P62306） Small nuclear ribonucleoprotein G × 1 （P62308） U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein × 1 （Q6IEG0） U11 snRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SMD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 i； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gcl
沉积日期 deposition_date	2024-08-02
结构标题 title	Structure of the U11 snRNP C-lobe
关键词 keywords	minor spliceosome, U11 snRNP, RNA-protein complex, SPLICING; SPLICING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9gcl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9gcl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9gcl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.09 Å
Rg（电子密度）	29.92 Å
总 Rg	30.51 Å
原子数	7307
残基数	830
排除体积	127010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9gcl__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Zinc finger matrin-type protein 5
分子量 formula_weight	20002.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	7307

MGKRYFCDYCDRSFQDNLHNRKKHLNGLQHLKAKKVWYDMFRDAAAILLDEQNKRPCRKFLLTGQCDFGSNCRFSHMSERDLQELSIQVEEERRAREWLLDAPELPEGHLEDWLEKRAKRLSSAPSSRAEPIRTTVFQYPVGWPPVQELPPSLRAPPPGGWPLQPRVQWG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
分子量 formula_weight	13310.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLLVDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
分子量 formula_weight	13940.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNAPMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ;
分子量 formula_weight	24642.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSMTVEGPPPKDTGIARVPLAGAAGGPGIGRAAGRGIPAGVPMPQAPAGLAGPVRGVGGPSQQVMTPQGRGTVAAAAAAATASIAGAPTQYPPGRGGPPPPMGRGAPPPGMMGPPPGMRPPMGPPMGIPPGRGTPMGMPPPGMRPPPPGMRGPPPPGMRPPRP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein E
分子量 formula_weight	10817.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLKGDNITLLQSVSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein F
分子量 formula_weight	9734.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEEDGEMRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein G
分子量 formula_weight	8508.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein
分子量 formula_weight	40042.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MEGEPPPVEERRRLQEELNEFVESGCRTLEEVTASLGWDLDSLDPGEEEAAEDEVVICPYDSNHHMPKSSLAKHMASCRLRKMGYTKEEEDEMYNPEFFYENVKIPSITLNKDSQFQIIKQARTAVGKDSDCYNQRIYSSLPVEVPLNHKRFVCDLTQADRLALYDFVVEETKKKRSDSQIIENDSDLFVDLAAKINQDNSRKSPKSYLEILAEVRDYKRRRQSYRAKNVHITKKSYTEVIRDVINVHMEELSNHWQEEQEKAEDDAEKNEERRSASVDSRQSGGSYLDAECSRHRRDRSRSPHKRKRNKDKDKNCESRRRKERDGERHHSHKRRKQKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
分子量 formula_weight	13551.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKSGKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	U11 snRNA
分子量 formula_weight	43497.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

AAAAAGGGCUUCUGUCGUGAGUGGCACACGUAGGGCAACUCGAUUGCUCUGCGUGCGGAAUCGACAUCAAGGGCUUUCGGAAGCAUAAUUUUUUGGUAUUUGGGCAGCUGGUGAUCGUUGGUCCCGGCGCCCUUU

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	222666

Structure of the U11 snRNP C-lobe

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zinc finger matrin-type protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9gcl__assembly_1__model_1

9gcl__assembly_1__model_1 | I(q)

9gcl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment