9ghj

Junin virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of JUN1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ghj
沉积日期 deposition_date	2024-08-15
结构标题 title	Junin virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of JUN1
关键词 keywords	Junin virus glycoprotein prefusion Fab, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.80 Å
零角强度 I(0) i0	120748000.00
分子量 molecular_weight	88041.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109860 Å³
包络体积 envelope_volume	146630 Å³
水化壳体积 shell_volume	35556 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.71 Å
包络 Rg envelope_rg	39.18 Å
形状 Rg shape_rg	38.79 Å
总 Rg total_rg	38.86 Å
总原子数 total_atoms	12074
残基数 n_residues	747
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.3 Å
Rg (实空间) rg_real	38.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7532
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.683
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.154
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.535; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.498; Smooth: 0.684

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
分子量 formula_weight	22401.7 kDa
突变 mutation	L88C, S249R, L250R, K251R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12252

EEAFKIGLHTEFQTVSFSMVGLFSNNPHDCPLLCTLNKSHLYIKGGNASFQISFDDIAVLLPQYDVIIQHPADMSWCSKSDDQIWLSQWFMNAVGHDWHLDPPFLCRNRTKTEGFIFQVNTSKTGVNENYAKKFKTGMHHLYREYPDSCLNGKLCLMKAQPTSWPLQCPLDHVNTLHFLTRGKNIQLPRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Mammarenavirus juninense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2169991
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 2 polymer

描述 description	Glycoprotein G2
分子量 formula_weight	22924.7 kDa
突变 mutation	E321P, M329C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AFFSWSLTDSSGKDTPGGYCLEEWMLVAAKMKCFGNTAVAKCNLNHDSEFCDMLRLFDYNKNAIKTLNDPTKKQVNLCGQTINALISDNLLMKNKIRELMSVPYCNYTKFWYVNHTLSGQHSLPRCWLIKNNSYLNISDFRNDWILESDFLISEMLSKEYSDRQGSGDDDDKGSGWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mammarenavirus juninense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2169991
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 3 polymer

描述 description	JUN1 heavy chain
分子量 formula_weight	26402.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

ETGQIQLVQSVETGGGLVRPGNSLKLSCVTSGFTFSNYQMHWLRQPPGKRLEWIAVITVKSDNYGANYVESVKGRFAISRDDSKSSVYLEMNRLREEDTATYFCSRSGIYDGYYAYAMDYWGQGTSVTVSSATTKGPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	JUN1 light chain
分子量 formula_weight	23943.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ETGSVVMTQSQKFMSTSVGDRVSITCKASQIVGTSVAWYQQKAGQSPKLLIYWASTRHTGVPDRFTAGGSGTDFTLTITNVQSEDLADYFCQQYATYPLTFGSGTKLELKRTDAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	178

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	225.789 Å
晶胞边长 b length_b	71.974 Å
晶胞边长 c length_c	80.231 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	79.810 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2123
R_free r_free	0.2471

fit	/app/data/saxs_computation/gh/9ghj/9ghj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gh/9ghj/9ghj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gh/9ghj/9ghj.dat

Junin virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of JUN1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)