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9gkb

TRPC5 in complex with spin-labelled ligand SpinPico1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 141.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Short transient receptor potential channel 5

Homo sapiens

UniProt Q9UL62

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–765 链 B； UniProt 1–765 链 C； UniProt 1–765 链 D； UniProt 1–765 未记录 A1IMO 7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)-8-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)oxy-purine-2,6-dione × 4 CA CALCIUM ION × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.32 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9GKB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6YSN Human TRPC5 in complex with Pico145 (HC-608) 提交 2020-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PJQ 7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)-8-[3-(trifluoromethyloxy)phenoxy]purine-2,6-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7D4P Structure of human TRPC5 in complex with clemizole 提交 2020-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–764（764 aa）
链 B 1–764（764 aa）
链 C 1–764（764 aa）
链 D 1–764（764 aa）
未记录 GX0 1-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)benzimidazole × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7D4Q Structure of human TRPC5 in complex with HC-070 提交 2020-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–764（764 aa）
链 B 1–764（764 aa）
链 C 1–764（764 aa）
链 D 1–764（764 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GWR 8-(3-chloranylphenoxy)-7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)purine-2,6-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7E4T Human TRPC5 apo state structure at 3 angstrom 提交 2021-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–764（764 aa）
链 B 1–764（764 aa）
链 C 1–764（764 aa）
链 D 1–764（764 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7WDB Human TRPC5 channel in complex with riluzole 提交 2021-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–764（764 aa）
链 B 1–764（764 aa）
链 C 1–764（764 aa）
链 D 1–764（764 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 657 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 A1L8M [(2S)-1-oxidanyl-3-[(E)-tetradec-9-enoyl]oxy-propan-2-yl] (Z)-pentadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
7X6C Cryo-EM structure of the human TRPC5 ion channel in lipid nanodiscs, class1 提交 2022-03-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
7X6I Cryo-EM structure of the human TRPC5 ion channel in complex with G alpha i3 subunits, class1 提交 2022-03-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
8GVW Cryo-EM structure of the human TRPC5 ion channel in lipid nanodiscs, class2 提交 2022-09-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
8GVX Cryo-EM structure of the human TRPC5 ion channel in complex with G alpha i3 subunits, class2 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
9G4Y TRPC5 in complex with photoswitch E-AzHC 提交 2024-07-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 A1IIE 8-[3-chloranyl-4-[(~{E})-phenyldiazenyl]phenoxy]-7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)purine-2,6-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9G50 TRPC5 in complex with photoswitch Z-AzHC 提交 2024-07-16 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 A1IIF 8-[3-chloranyl-4-[(~{Z})-phenyldiazenyl]phenoxy]-7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)purine-2,6-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9GL6 TRPC5 in complex with spin-labelled ligand SpinPico3 提交 2024-08-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 A1IMP 7-[(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-1-(3-oxidanylpropyl)-8-(1,1,3,3-tetramethyl-2-oxidanyl-isoindol-5-yl)oxy-purine-2,6-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9KHI Cryo-EM structure of heteromeric TRPC channel 提交 2024-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9KHJ Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 1 提交 2024-11-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
9KHK Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel, class 2 提交 2024-11-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9LZY Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel with agonists, class 1 提交 2025-02-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 A1L55 (-)-englerin A × 4 657 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.43 Å
9LZZ Cryo-EM structure of homomeric TRPC channel with agonists, class 2 提交 2025-02-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 A1L55 (-)-englerin A × 4 657 6-(trifluoromethoxy)-1,3-benzothiazol-2-amine × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9M36 Structure of human TRPC5 in the low Ca environment. 提交 2025-02-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–764（764 aa）
链 B 1–764（764 aa）
链 C 1–764（764 aa）
链 D 1–764（764 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 A1L5I [(2~{S})-2-[(~{E})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec-9-enoate × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.48 Å
9M4W Structure of human TRPC5 bound with (-)-englerin A, class 2. 提交 2025-03-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–764（764 aa）
链 B 1–764（764 aa）
链 C 1–764（764 aa）
链 D 1–764（764 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 A1L55 (-)-englerin A × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.62 Å
9M5V Structure of human TRPC5 bound with (-)-englerin A,class1 提交 2025-03-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–973（973 aa）
链 B 1–973（973 aa）
链 C 1–973（973 aa）
链 D 1–973（973 aa）
未记录 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 A1L55 (-)-englerin A × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.53 Å
9RRF TRPC5 apo cryoEM map in the presence of pluronic acid (PA), state 2 提交 2025-06-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9RRM Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, full occupancy, state 1, on 290 nm gold foil holes (HexAuFoil) 提交 2025-06-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 A1L55 (-)-englerin A × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9RRN Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, full occupancy, state 2, on 290 nm gold foil holes (HexAuFoil) 提交 2025-06-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 A1L55 (-)-englerin A × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9RRO Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, full occupancy, intermediary desensitized state 提交 2025-06-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 A1L55 (-)-englerin A × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9RRQ Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, partial occupancy (2EA:2LIP stoichiometry) state 1 提交 2025-06-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 A1L55 (-)-englerin A × 2 ZN ZINC ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9RRU Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, mixed occupancy, state 1 提交 2025-06-30 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9RSG Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, mixed occupancy_2, state 2 提交 2025-07-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9RSH Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, mixed occupancy, state 2 提交 2025-07-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9RVV Human TRPC5 in complex with (-) englerin A, partial occupancy (2EA:2LIP stoichiometry) state 2 提交 2025-07-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–765（765 aa）
链 B 1–765（765 aa）
链 C 1–765（765 aa）
链 D 1–765（765 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 4 A1L55 (-)-englerin A × 2 ZN ZINC ION × 4 YZY (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPC5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–765； UniProt 1–765 作者链 B； PDB构建体 1–765； UniProt 1–765 作者链 C； PDB构建体 1–765； UniProt 1–765 作者链 D； PDB构建体 1–765； UniProt 1–765

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9gkb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9gkb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9gkb
沉积日期 deposition_date2024-08-23
结构标题 titleTRPC5 in complex with spin-labelled ligand SpinPico1
关键词 keywordsMembrane protein, ion channel, inhibitor, non-covalent spin label, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.77 Å
零角强度 I(0) i02889460000.00
分子量 molecular_weight305960.0 kDa
排除体积 excluded_volume301430 ų
包络体积 envelope_volume586120 ų
水化壳体积 shell_volume103370 ų
包络直径 envelope_diameter144.9 Å
壳层 Rg shell_rg54.07 Å
包络 Rg envelope_rg43.62 Å
形状 Rg shape_rg44.66 Å
总 Rg total_rg45.26 Å
总原子数 total_atoms23540
残基数 n_residues2808
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.4 Å
Rg (实空间) rg_real45.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8890e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2891000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8849
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.6 Å
偏度 Skewness skewness0.084
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha206200000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.880
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)