9gm7

MukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 260.7 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromosome partition protein MukF

Photorhabdus thracensis

UniProt A0A0F7LMQ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–440 链 D; UniProt 1–440 未记录 Chromosome partition protein MukE × 2 (A0A0F7LPV6) Acyl carrier protein × 2 (P0A6A8) Chromosome partition protein MukB × 2 (A0A0F7LRY2) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0F7LMQ4_9GAMM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–440; UniProt 1–440 作者链 D; PDB构建体 1–440; UniProt 1–440

Chromosome partition protein MukE

Photorhabdus thracensis

UniProt A0A0F7LPV6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–240 链 F; UniProt 1–240 未记录 Chromosome partition protein MukF × 2 (A0A0F7LMQ4) Acyl carrier protein × 2 (P0A6A8) Chromosome partition protein MukB × 2 (A0A0F7LRY2) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A0F7LPV6_9GAMM
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–240; UniProt 1–240 作者链 F; PDB构建体 1–240; UniProt 1–240

Acyl carrier protein

Escherichia coli

UniProt P0A6A8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–78 链 I; UniProt 1–78 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Chromosome partition protein MukF × 2 (A0A0F7LMQ4) Chromosome partition protein MukE × 2 (A0A0F7LPV6) Chromosome partition protein MukB × 2 (A0A0F7LRY2) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ACP_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–78; UniProt 1–78 作者链 I; PDB构建体 1–78; UniProt 1–78

Chromosome partition protein MukB

Photorhabdus thracensis

UniProt A0A0F7LRY2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1482 链 B; UniProt 1–1482 未记录 Chromosome partition protein MukF × 2 (A0A0F7LMQ4) Chromosome partition protein MukE × 2 (A0A0F7LPV6) Acyl carrier protein × 2 (P0A6A8) MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 NITROGEN 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A0F7LRY2_9GAMM
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1482; UniProt 1–1482 作者链 B; PDB构建体 1–1482; UniProt 1–1482

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9gm7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9gm7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9gm7
沉积日期 deposition_date2024-08-28
结构标题 titleMukBEF in a nucleotide-bound state with open neck gate (monomer)
关键词 keywordsSMC complex, Chromosome segregation, ABC-type ATPase, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier92.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron94.09
零角强度 I(0) i03549490000.00
分子量 molecular_weight484940.0 kDa
排除体积 excluded_volume599690 ų
包络体积 envelope_volume1096300 ų
水化壳体积 shell_volume112080 ų
包络直径 envelope_diameter326.4
壳层 Rg shell_rg68.80
包络 Rg envelope_rg93.25
形状 Rg shape_rg94.17
总 Rg total_rg93.49
总原子数 total_atoms67711
残基数 n_residues4216
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax260.7
Rg (实空间) rg_real88.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real3.4280e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3471000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9097
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary76.7
偏度 Skewness skewness0.504
峰度 Kurtosis kurtosis-0.566
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.4558
最高正则化参数 α highest_alpha106200000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 0.948; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.235

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)