9ia7

NMR solution structure of RPRD2 CTD-interacting domain and pT4 RNAPII CTD peptide.

Method: SOLUTION NMR D_max: 45.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–155	未记录	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 （P24928）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RPRD2 CID, 1.5 mM pT4 CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9IA7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4FLB CID of human RPRD2 提交 2012-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–149（131 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 PR PRASEODYMIUM ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；291 K；25% PEG-3350, 0.2M ammounium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, praseodymium(III) acetate, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
9HM8 NMR solution structure of RPRD2 CTD-interacting domain and pS2,7 RNAPII CTD peptide. 提交 2024-12-07	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–155（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RPRD2 CID, 1 mM pS2pS7 CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPRD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–141； UniProt 16–155

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

物种未注明

UniProt P24928

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1612–1623	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2 × 1 （Q5VT52）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RPRD2 CID, 1.5 mM pT4 CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9IA7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2GHQ CTD-specific phosphatase Scp1 in complex with peptide C-terminal domain of RNA polymerase II 提交 2006-03-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1795–1803（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；(1)0.5M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 100mM HEPES 7.5 (2) 1M sodium tartrate, 100mM Tris pH 8.5 , pH 7.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.248
2GHQ CTD-specific phosphatase Scp1 in complex with peptide C-terminal domain of RNA polymerase II 提交 2006-03-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1795–1803（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；(1)0.5M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 100mM HEPES 7.5 (2) 1M sodium tartrate, 100mM Tris pH 8.5 , pH 7.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.05 Å R-free 0.248
2GHT CTD-specific phosphatase Scp1 in complex with peptide from C-terminal domain of RNA polymerase II 提交 2006-03-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1796–1803（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；(1) 0.5M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 100mM HEPES 7.5 (2) 2M sodium tartrate, 100mM Tris pH 8.5, pH 7.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
2GHT CTD-specific phosphatase Scp1 in complex with peptide from C-terminal domain of RNA polymerase II 提交 2006-03-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1796–1803（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；(1) 0.5M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 100mM HEPES 7.5 (2) 2M sodium tartrate, 100mM Tris pH 8.5, pH 7.5 - 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
2LTO TDRD3 complex 提交 2012-05-30	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1804–1816（13 aa）片段：UNP residues 1804-1816	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 1.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 50 mM sodium phosphate, 10 mM beta-mercaptoethanol, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4JXT CID of human RPRD1A in complex with a phosphorylated peptide from RPB1-CTD 提交 2013-03-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1612–1630（19 aa）片段：UNP residues 1612-1630	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；20% PEG-4000, 10% isopropanol, 0.1M HEPES., pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.237
5IY6 Human holo-PIC in the closed state 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 7.20 Å
5IY7 Human holo-PIC in the open state 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 8.60 Å
5IY8 Human holo-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 7.90 Å
5IY9 Human holo-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 6.30 Å
5IYA Human core-PIC in the closed state 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 5.40 Å
5IYB Human core-PIC in the open state 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 3.90 Å
5IYC Human core-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 3.90 Å
5IYD Human core-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 3.90 Å
6DRD RNA Pol II(G) 提交 2018-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6G0R Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated POLR2A peptide (K775ac/K778ac) 提交 2018-03-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 772–782（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；20.0 % PEG 6K 10.0 % EtGly 0.1 M HEPES pH 7.0 0.1 M MgCl2	分辨率 1.25 Å R-free 0.175
6O9L Human holo-PIC in the closed state 提交 2019-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å
6XRE Structure of the p53/RNA polymerase II assembly 提交 2020-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The assembled p53/Pol II co-complex was applied directly on the grid for 10 sec followed by 5.5 sec of blotting. The sample grid was then washed with 3.5% trehalose in 0.1 M KCl/HEM buffer (20 mM HEPES, 0.2 mM EDTA, 2 mM MgCl2 at pH 7.9) for 10 sec, blotted for 5.5 sec, and finally frozen in liquid ethane.	分辨率 4.60 Å
7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 o 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 o 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7YCX The structure of INTAC-PEC complex 提交 2022-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric	链 1 1–1699（1699 aa）链 1 1704–1856（153 aa）链 1 1865–1970（106 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.18 Å
8XRJ RNA polymerase II elongation complex with upstream nucleosome extracted from human nuclei 提交 2024-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8XRM RNA polymerase II elongation complex with DSIF, SPT6, and ELOF1 transcribing genomic DNA extracted from human nuclei 提交 2024-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：19-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
8XSO RNA polymerase II elongation complex transcribing genomic DNA extracted from human nuclei 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8XVS RNA polymerase II elongation complex with downstream nucleosome extracted from human nuclei 提交 2024-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9B9L RPRD1B C-terminal interacting domain bound to a pThr4 CTD peptide 提交 2024-04-02	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1616–1630（15 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Co-crystallization of CID with CTD peptide occurred in a reservoir solution of 20-32% PEG3350 and 0.1M lithium sulfate. 1:3 molar ratio of protein to peptide was used	分辨率 2.50 Å R-free 0.347
9EHZ Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex in an Intermediate Translocation State 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9EI1 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the absence of nucleotide 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9EI2 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to an apo RECQL5 helicase (RECQL5 IRI Module focused-classified) 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9EI3 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the presence of AMPPNP 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9EI4 Cryo-EM structure of Human RNA polymerase II Elongation Complex bound to the RECQL5 helicase in the presence of ADP 提交 2024-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–1970（1970 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9HM8 NMR solution structure of RPRD2 CTD-interacting domain and pS2,7 RNAPII CTD peptide. 提交 2024-12-07	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1612–1622（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RPRD2 CID, 1 mM pS2pS7 CTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9QPX BRCA1 BRCT tandem repeat with RNA polymerase II pSer5-CTD peptide 提交 2025-03-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1615–1628（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1M PCB buffer (sodium propionate, sodium cacodylate, BIS-TRIS propane in the molar ratios 2:1:2) pH 6, 25%PEG 1500	分辨率 3.00 Å R-free 0.312
9QPX BRCA1 BRCT tandem repeat with RNA polymerase II pSer5-CTD peptide 提交 2025-03-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1615–1628（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1M PCB buffer (sodium propionate, sodium cacodylate, BIS-TRIS propane in the molar ratios 2:1:2) pH 6, 25%PEG 1500	分辨率 3.00 Å R-free 0.312
9QPX BRCA1 BRCT tandem repeat with RNA polymerase II pSer5-CTD peptide 提交 2025-03-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1615–1628（14 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1M PCB buffer (sodium propionate, sodium cacodylate, BIS-TRIS propane in the molar ratios 2:1:2) pH 6, 25%PEG 1500	分辨率 3.00 Å R-free 0.312
9VD9 Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC-PEC complex 提交 2025-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：38-meric	链 1 1–1970（1970 aa）链 m 1618–1631（14 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 MN MANGANESE (II) ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 33 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 1612–1623

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ia7
沉积日期 deposition_date	2025-02-07
最后修订 last_revision	2026-02-18
结构标题 title	NMR solution structure of RPRD2 CTD-interacting domain and pT4 RNAPII CTD peptide.
关键词 keywords	RPRD2, CID, RNAPII CTD, Complex, PROTEIN BINDING, Threonine, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.49 Å
零角强度 I(0) i0	1481040000.00
分子量 molecular_weight	325970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	407300 Å³
包络体积 envelope_volume	34343 Å³
水化壳体积 shell_volume	17230 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.1 Å
壳层 Rg shell_rg	22.91 Å
包络 Rg envelope_rg	16.75 Å
形状 Rg shape_rg	14.44 Å
总 Rg total_rg	14.76 Å
总原子数 total_atoms	45560
残基数 n_residues	2800
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.0 Å
Rg (实空间) rg_real	14.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4810e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6160e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1481000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8186
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.021
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	455800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2
分子量 formula_weight	17305.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	45560

MSASSAGALESSLDRKFQSVTNTMESIQGLSSWCIENKKHHSTIVYHWMKWLRRSAYPHRLNLFYLANDVIQNCKRKNAIIFRESFADVLPEAAALVKDPSVSKSVERIFKIWEDRNVYPEEMIVALREALSTTFKTQKQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
分子量 formula_weight	1339.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6,3.1.13.-,2.7.7.48
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSYSPTSPSYS

▶

8. 引用文献 (1)

▶

fit	/app/data/saxs_computation/ia/9ia7/9ia7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ia/9ia7/9ia7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ia/9ia7/9ia7.dat

NMR solution structure of RPRD2 CTD-interacting domain and pT4 RNAPII CTD peptide.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)