9ii3

Cryo-EM Structure of the 2:1 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 212.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metabotropic glutamate receptor 3

Homo sapiens

UniProt Q14832

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–879 链 R; UniProt 1–879 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Beta-arrestin-1 × 1 (P49407) scFv30 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRM3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–879; UniProt 1–879 作者链 R; PDB构建体 1–879; UniProt 1–879

Beta-arrestin-1

Homo sapiens

UniProt P49407

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–418 未记录 Metabotropic glutamate receptor 3 × 2 (Q14832) scFv30 × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–418; UniProt 1–418

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ii3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ii3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ii3
沉积日期 deposition_date2024-06-19
结构标题 titleCryo-EM Structure of the 2:1 Complex of mGlu3 and beta-arrestin1
关键词 keywordscomplex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.86
零角强度 I(0) i0731697000.00
分子量 molecular_weight234080.0 kDa
排除体积 excluded_volume295160 ų
包络体积 envelope_volume495320 ų
水化壳体积 shell_volume61053 ų
包络直径 envelope_diameter242.9
壳层 Rg shell_rg62.03
包络 Rg envelope_rg69.84
形状 Rg shape_rg72.96
总 Rg total_rg72.27
总原子数 total_atoms16488
残基数 n_residues2150
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax212.3
Rg (实空间) rg_real73.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.66
I(0) (实空间) i0_real7.3110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal726700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7319
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.2
偏度 Skewness skewness0.394
峰度 Kurtosis kurtosis-0.973
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0023
最高正则化参数 α highest_alpha21840000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.662; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.526; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)