9kdg

CryoEM structure of Calcineurin-fusion Human endothelin receptor type-B in the ligand-free form

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 129.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1B

Homo sapiens

UniProt P68106

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 2–108 未记录 Calcineurin-fusion endothelin receptor type-B × 1 CA CALCIUM ION × 4 FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.33 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、119 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 4–110; UniProt 2–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9kdg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9kdg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9kdg
沉积日期 deposition_date2024-11-03
结构标题 titleCryoEM structure of Calcineurin-fusion Human endothelin receptor type-B in the ligand-free form
关键词 keywordsGPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.73
零角强度 I(0) i0150133000.00
分子量 molecular_weight103850.0 kDa
排除体积 excluded_volume131870 ų
包络体积 envelope_volume174060 ų
水化壳体积 shell_volume39627 ų
包络直径 envelope_diameter137.3
壳层 Rg shell_rg42.09
包络 Rg envelope_rg37.85
形状 Rg shape_rg37.73
总 Rg total_rg38.00
总原子数 total_atoms7292
残基数 n_residues907
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.4
Rg (实空间) rg_real38.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18
I(0) (实空间) i0_real1.5010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal150100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8584
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.9
偏度 Skewness skewness0.433
峰度 Kurtosis kurtosis-0.463
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32480000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.857; Smooth: 0.891

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)