9lvj

Cryo-EM structure of Sestrin2 bound human GATOR2 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 242.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GATOR2 complex protein MIOS

Homo sapiens

UniProt Q9NXC5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–875 链 B; UniProt 1–875 链 K; UniProt 1–875 链 L; UniProt 1–875 未记录 GATOR2 complex protein WDR24 × 2 (Q96S15) GATOR2 complex protein WDR59 × 2 (Q6PJI9) Isoform B of Nucleoporin SEH1 × 6 (Q96EE3) Protein SEC13 homolog × 2 (P55735) Sestrin-2 × 2 (P58004) ZN ZINC ION × 32 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MIOS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–875; UniProt 1–875 作者链 B; PDB构建体 1–875; UniProt 1–875 作者链 K; PDB构建体 1–875; UniProt 1–875 作者链 L; PDB构建体 1–875; UniProt 1–875

GATOR2 complex protein WDR24

Homo sapiens

UniProt Q96S15

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–790 链 M; UniProt 1–790 未记录 GATOR2 complex protein MIOS × 4 (Q9NXC5) GATOR2 complex protein WDR59 × 2 (Q6PJI9) Isoform B of Nucleoporin SEH1 × 6 (Q96EE3) Protein SEC13 homolog × 2 (P55735) Sestrin-2 × 2 (P58004) ZN ZINC ION × 32 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WDR24_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–790; UniProt 1–790 作者链 M; PDB构建体 1–790; UniProt 1–790

GATOR2 complex protein WDR59

Homo sapiens

UniProt Q6PJI9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–974 链 N; UniProt 1–974 未记录 GATOR2 complex protein MIOS × 4 (Q9NXC5) GATOR2 complex protein WDR24 × 2 (Q96S15) Isoform B of Nucleoporin SEH1 × 6 (Q96EE3) Protein SEC13 homolog × 2 (P55735) Sestrin-2 × 2 (P58004) ZN ZINC ION × 32 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WDR59_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–974; UniProt 1–974 作者链 N; PDB构建体 1–974; UniProt 1–974

Isoform B of Nucleoporin SEH1

Homo sapiens

UniProt Q96EE3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–421 链 F; UniProt 1–421 链 G; UniProt 1–421 链 O; UniProt 1–421 链 P; UniProt 1–421 链 Q; UniProt 1–421 未记录 GATOR2 complex protein MIOS × 4 (Q9NXC5) GATOR2 complex protein WDR24 × 2 (Q96S15) GATOR2 complex protein WDR59 × 2 (Q6PJI9) Protein SEC13 homolog × 2 (P55735) Sestrin-2 × 2 (P58004) ZN ZINC ION × 32 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEH1_HUMAN
Isoform Q96EE3-1
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–421; UniProt 1–421 作者链 F; PDB构建体 1–421; UniProt 1–421 作者链 G; PDB构建体 1–421; UniProt 1–421 作者链 O; PDB构建体 1–421; UniProt 1–421 作者链 P; PDB构建体 1–421; UniProt 1–421 作者链 Q; PDB构建体 1–421; UniProt 1–421

Protein SEC13 homolog

Homo sapiens

UniProt P55735

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–368 链 R; UniProt 1–368 未记录 GATOR2 complex protein MIOS × 4 (Q9NXC5) GATOR2 complex protein WDR24 × 2 (Q96S15) GATOR2 complex protein WDR59 × 2 (Q6PJI9) Isoform B of Nucleoporin SEH1 × 6 (Q96EE3) Sestrin-2 × 2 (P58004) ZN ZINC ION × 32 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEC13_HUMAN
Isoform P55735-3
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–368; UniProt 1–368 作者链 R; PDB构建体 1–368; UniProt 1–368

Sestrin-2

Homo sapiens

UniProt P58004

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 U; UniProt 1–480 链 V; UniProt 1–480 未记录 GATOR2 complex protein MIOS × 4 (Q9NXC5) GATOR2 complex protein WDR24 × 2 (Q96S15) GATOR2 complex protein WDR59 × 2 (Q6PJI9) Isoform B of Nucleoporin SEH1 × 6 (Q96EE3) Protein SEC13 homolog × 2 (P55735) ZN ZINC ION × 32 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SESN2_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–480; UniProt 1–480 作者链 V; PDB构建体 1–480; UniProt 1–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9lvj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9lvj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9lvj
沉积日期 deposition_date2025-02-12
最后修订 last_revision2025-08-13
结构标题 titleCryo-EM structure of Sestrin2 bound human GATOR2 complex
关键词 keywordsAmino acid sensor, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier96.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron97.52
零角强度 I(0) i07461490000.00
分子量 molecular_weight676040.0 kDa
排除体积 excluded_volume817680 ų
包络体积 envelope_volume1942700 ų
水化壳体积 shell_volume177680 ų
包络直径 envelope_diameter315.8
壳层 Rg shell_rg92.73
包络 Rg envelope_rg86.90
形状 Rg shape_rg97.45
总 Rg total_rg97.71
总原子数 total_atoms47837
残基数 n_residues7630
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax242.9
Rg (实空间) rg_real91.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real7.1470e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3440e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal95.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7444000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9154
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary121.5
偏度 Skewness skewness0.067
峰度 Kurtosis kurtosis-0.556
角度范围 angular_range— – 0.0800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.5291
最高正则化参数 α highest_alpha154200000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.989; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.009

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)