9lxf

Structure of extended DNA-free MCM DH at 3.8 Angstroms resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 222.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication licensing factor MCM2

物种未注明

UniProt P49736

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 1–904 链 D; UniProt 1–904 未记录 Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3 × 4 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 2 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P33993) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 38 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–904; UniProt 1–904 作者链 D; PDB构建体 1–904; UniProt 1–904

Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3

物种未注明

UniProt P25205

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 1–853 链 B; UniProt 1–853 链 C; UniProt 1–853 链 E; UniProt 1–853 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 2 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P33993) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM3_HUMAN
Isoform P25205-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–853; UniProt 1–853 作者链 B; PDB构建体 1–853; UniProt 1–853 作者链 C; PDB构建体 1–853; UniProt 1–853 作者链 E; PDB构建体 1–853; UniProt 1–853

DNA replication licensing factor MCM4

物种未注明

UniProt P33991

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 1–863 链 F; UniProt 1–863 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3 × 4 (P25205) DNA replication licensing factor MCM5 × 2 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P33993) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–863; UniProt 1–863 作者链 F; PDB构建体 1–863; UniProt 1–863

DNA replication licensing factor MCM5

物种未注明

UniProt P33992

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 5; UniProt 1–734 链 H; UniProt 1–734 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3 × 4 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P33991) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (Q14566) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P33993) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM5_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–734; UniProt 1–734 作者链 H; PDB构建体 1–734; UniProt 1–734

DNA replication licensing factor MCM6

物种未注明

UniProt Q14566

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 6; UniProt 1–821 链 G; UniProt 1–821 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3 × 4 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 2 (P33992) DNA replication licensing factor MCM7 × 2 (P33993) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM6_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 6; PDB构建体 1–821; UniProt 1–821 作者链 G; PDB构建体 1–821; UniProt 1–821

DNA replication licensing factor MCM7

物种未注明

UniProt P33993

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 7; UniProt 1–719 链 A; UniProt 1–719 未记录 DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) Isoform 2 of DNA replication licensing factor MCM3 × 4 (P25205) DNA replication licensing factor MCM4 × 2 (P33991) DNA replication licensing factor MCM5 × 2 (P33992) DNA replication licensing factor MCM6 × 2 (Q14566) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM7_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–719; UniProt 1–719 作者链 A; PDB构建体 1–719; UniProt 1–719

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9lxf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9lxf
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9lxf
沉积日期 deposition_date2025-02-18
结构标题 titleStructure of extended DNA-free MCM DH at 3.8 Angstroms resolution
关键词 keywordsMCM, Helicase, DNA replication, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier82.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron82.86
零角强度 I(0) i012539400000.00
分子量 molecular_weight941380.0 kDa
排除体积 excluded_volume1175200 ų
包络体积 envelope_volume1958500 ų
水化壳体积 shell_volume197590 ų
包络直径 envelope_diameter301.3
壳层 Rg shell_rg81.50
包络 Rg envelope_rg80.17
形状 Rg shape_rg82.88
总 Rg total_rg82.77
总原子数 total_atoms66032
残基数 n_residues8310
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax222.3
Rg (实空间) rg_real79.64
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real1.2200e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2180e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal80.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12480000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8739
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary81.9
偏度 Skewness skewness0.372
峰度 Kurtosis kurtosis-0.622
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.1557
最高正则化参数 α highest_alpha1175000000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 0.979; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.007

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)