9mom

Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-bound partially activated state (upper strand)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 282.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mom
沉积日期 deposition_date	2024-12-26
结构标题 title	Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-bound partially activated state (upper strand)
关键词 keywords	thin filament, cryo-EM, troponin, tropomyosin, muscle structure, motor protein; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	109.10 Å
零角强度 I(0) i0	2438450000.00
分子量 molecular_weight	409020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	508810 Å³
包络体积 envelope_volume	860940 Å³
水化壳体积 shell_volume	85612 Å³
包络直径 envelope_diameter	404.4 Å
壳层 Rg shell_rg	58.98 Å
包络 Rg envelope_rg	110.60 Å
形状 Rg shape_rg	109.10 Å
总 Rg total_rg	108.40 Å
总原子数 total_atoms	28656
残基数 n_residues	3599
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	282.0 Å
Rg (实空间) rg_real	95.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	88.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2321000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8322
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.874
角度范围 angular_range	— – 0.0700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5502
最高正则化参数 α highest_alpha	40120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	15
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.016; Oscil: 0.714; Stabil: 0.974; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.777; Smooth: 0.005

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha cardiac muscle 1
分子量 formula_weight	42064.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	28656

MCDDEETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDEAGPSIVHRKCF

Entity 2 polymer

描述 description	Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
分子量 formula_weight	18437.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDDIYKAAVEQLTEEQKNEFKAAFDIFVLGAEDGCISTKELGKVMRMLGQNPTPEELQEMIDEVDEDGSGTVDFDEFLVMMVRCMKDDSKGKSEEELSDLFRMFDKNADGYIDLDELKMMLQATGETITEDDIEELMKDGDKNNDGRIDYDEFLEFMKGVE

Entity 3 polymer

描述 description	Troponin I, cardiac muscle
分子量 formula_weight	24308.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MADESSDAAGEPQPAPAPVRRRSSANYRAYATEPHAKKKSKISASRKLQLKTLMLQIAKQEMEREAEERRGEKGRVLRTRCQPLELDGLGFEELQDLCRQLHARVDKVDEERYDVEAKVTKNITEIADLTQKIYDLRGKFKRPTLRRVRISADAMMQALLGTRAKESLDLRAHLKQVKKEDIEKENREVGDWRKNIDALSGMEGRKKKFEG

Entity 4 polymer

描述 description	Isoform A2 of Troponin T, cardiac muscle
分子量 formula_weight	34616.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K

MSDAEEVVEEYEEEQEEQEEAVEEEEAGGAEPEPEGEAETEEANVEEVGPDEEAKDAEEGPVEDTKPKPSRLFMPNLVPPKIPDGERVDFDDIHRKRVEKDLNELQTLIEAHFENRKKEEEELISLKDRIEKRRAERAEQQRIRNEREKERQNRLAEERARREEEENRRKAEDEARKKKALSNMMHFGGYIQKQAQTERKSGKRQTEREKKKKILAERRKALAIDHLNEDQLREKAKELWQSIHNLEAEKFDLQEKFKQQKYEINVLRNRINDNQKVSKTRGKAKVTGRWK

Entity 5 polymer

描述 description	Tropomyosin alpha-1 chain
分子量 formula_weight	32735.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,O

MDAIKKKMQMLKLDKENALDRAEQAEADKKAAEDRSKQLEDELVSLQKKLKGTEDELDKYSEALKDAQEKLELAEKKATDAEADVASLNRRIQLVEEELDRAQERLATALQKLEEAEKAADESERGMKVIESRAQKDEEKMEIQEIQLKEAKHIAEDADRKYEEVARKLVIIESDLERAEERAELSEGKCAELEEELKTVTNNLKSLEAQAEKYSQKEDKYEEEIKVLSDKLKEAETRAEFAERSVTKLEKSIDDLEDELYAQKLKYKAISEELDHALNDMTSI

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	5.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	67709

fit	/app/data/saxs_computation/mo/9mom/9mom.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mo/9mom/9mom.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mo/9mom/9mom.dat

Structure of native murine cardiac thin filament at pCa=5.8 in Ca2+-bound partially activated state (upper strand)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)