9ohq

Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 120.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ohq
沉积日期 deposition_date	2025-05-05
结构标题 title	Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15
关键词 keywords	Protein Degrader, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.28 Å
零角强度 I(0) i0	120236000.00
分子量 molecular_weight	58961.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56916 Å³
包络体积 envelope_volume	110900 Å³
水化壳体积 shell_volume	25526 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.51 Å
包络 Rg envelope_rg	36.12 Å
形状 Rg shape_rg	37.25 Å
总 Rg total_rg	37.55 Å
总原子数 total_atoms	4430
残基数 n_residues	548
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.9 Å
Rg (实空间) rg_real	37.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	120200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7225
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.975
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5427000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.453; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.332; Smooth: 0.696

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein cereblon
分子量 formula_weight	12309.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	4869

GPSTSLSCKQCQETEITTKNEIFSLSLSGPMAAYVNPHGYVHETLTVYKASNLNLIGRPSTEHSWFPGYAWTVAQCKICASHIGWKFTATKKDMSPQKFWGLTRSALLPTI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Zinc finger protein Helios
分子量 formula_weight	3300.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GGERPFHCNQCGASFTQKGNLLRHIKLHSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione ;
分子量 formula_weight	457.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	439

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.040 Å
晶胞边长 b length_b	70.130 Å
晶胞边长 c length_c	78.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.100 Å
R 因子 r_factor	0.1735
R_work r_work	0.1719
R_free r_free	0.2015

fit	/app/data/saxs_computation/oh/9ohq/9ohq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oh/9ohq/9ohq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oh/9ohq/9ohq.dat

Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)