9ok4

GID4 in complex with CLEO4-88 and ACAA1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.9 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–424 链 B； UniProt 30–424	未记录	Glucose-induced degradation protein 4 homolog × 2 （Q8IVV7） L6U (2S)-2-{[(2S)-2-({N-[(2,4-dimethoxyphenyl)methyl]glycyl}amino)-2-(thiophen-2-yl)acetyl]amino}-N-methyl-4-phenylbutanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.5 and 0.2 M NaF	分辨率 2.28 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OK4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IIK Crystal Structure of human peroxisomal acetyl-CoA acyl transferase 1 (ACAA1) 提交 2006-09-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–424（397 aa）链 B 28–424（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Amonium Sulphate, 0.1M Hepes, 25% PEG3350., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.223

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–418； UniProt 30–424 作者链 B； PDB构建体 24–418； UniProt 30–424

Glucose-induced degradation protein 4 homolog

Homo sapiens

UniProt Q8IVV7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 124–289 链 D； UniProt 124–289	未记录	3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal × 2 （P09110） L6U (2S)-2-{[(2S)-2-({N-[(2,4-dimethoxyphenyl)methyl]glycyl}amino)-2-(thiophen-2-yl)acetyl]amino}-N-methyl-4-phenylbutanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.5 and 0.2 M NaF	分辨率 2.28 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9OK4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6CCR Selenomethionyl derivative of a GID4 fragment 提交 2018-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–300（185 aa）片段：residues 116-300	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；10% 2-propanol, 20% PEG4K and 0.1M Na-HEPES	分辨率 1.60 Å R-free 0.187
6CCT Fragment of GID4 in complex with a short peptide 提交 2018-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 2% Tacsimate pH 7.0 and 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.260
6CCU Complex between a GID4 fragment and a short peptide 提交 2018-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–300（185 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350 and 0.03M Citric acid	分辨率 1.75 Å R-free 0.236
6CD8 Complex of GID4 fragment with short peptide 提交 2018-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 and 0.1M KSCN	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
6CD8 Complex of GID4 fragment with short peptide 提交 2018-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 and 0.1M KSCN	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
6CD9 GID4 in complex with a peptide 提交 2018-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 46	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；24% PEG3350, 2.8% Tacsimate pH 7.0 and 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.193
6CDC GID4 in complex with a tetrapeptide 提交 2018-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30%PEG3350, 0.2M NaCl and 0.1M Tris pH 8.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
6CDG GID4 fragment in complex with a peptide 提交 2018-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）片段：residues 124-289	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M sodium bromide	分辨率 1.60 Å R-free 0.248
6WZX GID4 in complex with IGLWKS peptide 提交 2020-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；20% (w/v) PEG 3350 and 8% (v/v) Tacsimate pH 7.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6WZX GID4 in complex with IGLWKS peptide 提交 2020-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；20% (w/v) PEG 3350 and 8% (v/v) Tacsimate pH 7.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6WZZ GID4 in complex with VGLWKS peptide 提交 2020-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；0.03 M Citric acid, pH 7.6 and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
7NSC Substrate receptor scaffolding module of human CTLH E3 ubiquitin ligase 提交 2021-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–300（300 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7Q4Y human Gid4 bound to a Gly/N-peptide 提交 2021-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 100–300（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；18% PEG 3350, 0.2 M ammonium nitrate, 0.1 M Bis-Tris pH 7	分辨率 3.08 Å R-free 0.265
7Q4Y human Gid4 bound to a Gly/N-peptide 提交 2021-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 100–300（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；18% PEG 3350, 0.2 M ammonium nitrate, 0.1 M Bis-Tris pH 7	分辨率 3.08 Å R-free 0.265
7Q50 human Gid4 bound to a Phe/N-peptide 提交 2021-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–290（170 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.1 M Sodium malonate, 0.3% Jeffamine ED-2001 pH 7, 0.1 M HEPES pH 7	分辨率 3.16 Å R-free 0.293
7SLZ CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH BPF023596 提交 2021-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	9QU N-[(1s,4s)-4-(1H-benzimidazol-2-yl)cyclohexyl]-N~2~-[(1H-indol-2-yl)methyl]glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；35% PEG 3350, 0.2M CaAC	分辨率 1.97 Å R-free 0.246
7U3E GID4 in complex with compound 1 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L4O tert-butyl (1S,4S)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
7U3E GID4 in complex with compound 1 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	L4O tert-butyl (1S,4S)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
7U3F GID4 in complex with compound 4 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 L5L (4R)-4-(4-methoxyphenyl)-4,5,6,7-tetrahydrothieno[3,2-c]pyridine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG5000 MME, 0.1 M Bis-tris	分辨率 2.30 Å R-free 0.262
7U3G GID4 in complex with compound 67 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L6F (1R)-1-phenyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium acetate	分辨率 2.24 Å R-free 0.240
7U3H GID4 in complex with compound 7 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L6O (5R)-N-(4-fluorophenyl)-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium formate	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7U3I GID4 in complex with compound 16 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L5X 3-{[(5S)-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；16% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium formate	分辨率 1.99 Å R-free 0.230
7U3I GID4 in complex with compound 16 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	L5X 3-{[(5S)-5-methyl-4,5-dihydro-1,3-thiazol-2-yl]amino}phenol × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；16% PEG3350, 0.1 M Bis-tris, 0.2 M ammonium formate	分辨率 1.99 Å R-free 0.230
7U3J GID4 in complex with compound 88 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 L6U (2S)-2-{[(2S)-2-({N-[(2,4-dimethoxyphenyl)methyl]glycyl}amino)-2-(thiophen-2-yl)acetyl]amino}-N-methyl-4-phenylbutanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；18% PEG6000, 0.1 M HEPES	分辨率 1.64 Å R-free 0.202
7U3K GID4 in complex with compound 89 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L73 N-butylglycyl-4-tert-butyl-D-phenylalanyl-3-methoxy-N-methyl-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG6000, 0.1 M HEPES, 0.2 M calcium chloride	分辨率 2.20 Å R-free 0.313
7U3L GID4 in complex with compound 91 提交 2022-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	L4X Nalpha-{(2R,4E)-2-[(N-benzylglycyl)amino]-5-phenylpent-4-enoyl}-N,4-dimethyl-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium fluoride	分辨率 2.29 Å R-free 0.249
8V1P CRYSTAL STRUCTURE OF GID4 IN COMPLEX WITH UBF9092 提交 2023-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）片段：Residues 124-289	未记录	98C N,N~2~-bis[(4-methoxyphenyl)methyl]glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl 8.5, 30% PEG3350, 0.2 M MgCl2	分辨率 2.21 Å R-free 0.278
8X7G Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP108)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	YAX 2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]-~{N}-[2-[2-[[2-[4-[2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanoylamino]cyclohexyl]-3~{H}-benzimidazol-5-yl]oxy]ethoxy]ethyl]ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (v/v) polyethylene glycol 300, 30% (v/v) galactose	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
8X7H Crystal structure of the ternary complex of GID4-PROTAC(NEP162)-BRD4(BD1). 提交 2023-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 124–289（166 aa）	未记录	YBI ~{N}-[4-[6-[3-[4-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propoxy]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]cyclohexyl]-2-(1~{H}-indol-2-ylmethylamino)ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% (w/v) polyethylene glycol 10000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
9QDX GID4 in complex with Compound 1 提交 2025-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1I6C ~{N}'-phenylpiperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.26 Å R-free 0.296
9QDY GID4 in complex with Compound 9 提交 2025-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1I6B ~{N}-[3-fluoranyl-5-(5-methylfuran-2-yl)phenyl]-4-methyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0, 15% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.254
9QDZ GID4 in complex with Compound 14 提交 2025-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1I6F ~{N}-[3-fluoranyl-5-(5-methyl-4-piperidin-1-ylcarbonyl-furan-2-yl)phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES 7.5, 7.5% 2-propanol, 20% PEG 4000	分辨率 1.80 Å R-free 0.244
9QZG GID4 in complex with Compound 18 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1JCC ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-(4-methoxypiperidin-1-yl)carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 22.5% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.336
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 124–289（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 124–289（166 aa）	未记录	A1JCD ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-[4-(methoxymethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZH GID4 in complex with Compound 33 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 124–289（166 aa）	未记录	A1JCD ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-[4-(methoxymethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292.15 K；0.1 M Na HEPES pH 7.0,0.1 M lithium sulfate, 20% PEG 4000	分辨率 2.19 Å R-free 0.220
9QZI GID4 in complex with Compound 21 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 124–289（166 aa）	未记录	A1JCE ~{N}-[3-fluoranyl-5-[4-[(3~{S})-3-[2-(2-methoxyethoxy)ethyl]piperidin-1-yl]carbonyl-5-methyl-furan-2-yl]phenyl]-4,4-dimethyl-piperidine-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na HEPES pH 7.5,0.1 M lithium sulfate, 22.5% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.253

共 30 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GID4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–167； UniProt 124–289 作者链 D； PDB构建体 2–167； UniProt 124–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ok4
沉积日期 deposition_date	2025-05-09
结构标题 title	GID4 in complex with CLEO4-88 and ACAA1
关键词 keywords	Inhibitor, Protein complex, Molecular glue, Thiolase, CTLH complex, E3 ligase, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.33 Å
零角强度 I(0) i0	198638000.00
分子量 molecular_weight	112510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140710 Å³
包络体积 envelope_volume	171320 Å³
水化壳体积 shell_volume	45719 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.67 Å
包络 Rg envelope_rg	30.17 Å
形状 Rg shape_rg	30.42 Å
总 Rg total_rg	30.74 Å
总原子数 total_atoms	7927
残基数 n_residues	1087
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	198700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9104
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.622
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.927

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal
分子量 formula_weight	43969.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.16,2.3.1.155,2.3.1.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8102

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMAPQASAADVVVVHGRRTAICRAGRGGFKDTTPDELLSAVMTAVLKDVNLRPEQLGDICVGNVLQPGAGAIMARIAQFLSDIPETVPLSTVNRQCSSGLQAVASIAGGIRNGSYDIGMACGVESMSLADRGNPGNITSRLMEKEKARDCLIPMGITSENVAERFGISREKQDTFALASQQKAARAQSKGCFQAEIVPVTTTVHDDKGTKRSITVTQDEGIRPSTTMEGLAKLKPAFKKDGSTTAGNSSQVSDGAAAILLARRSKAEELGLPILGVLRSYAVVGVPPDIMGIGPAYAIPVALQKAGLTVSDVDIFEINEAFASQAAYCVEKLRLPPEKVNPLGGAVALGHPLGCTGARQVITLLNELKRRGKRAYGVVSMCIGTGMGAAAVFEYPGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glucose-induced degradation protein 4 homolog
分子量 formula_weight	19604.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSGSKFRGHQKSKGNSYDVEVVLQHVDTGNSYLCGYLKIKGLTEEYPTLTTFFEGEIISKKHPFLTRKWDADEDVDRKHWGKFLAFYQYAKSFNSDDFDYEELKNGDYVFMRWKEQFLVPDHTIKDISGASFAGFYYICFQKSAASIEGYYYHRSSEWYQSLNLTHV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2-{[(2S)-2-({N-[(2,4-dimethoxyphenyl)methyl]glycyl}amino)-2-(thiophen-2-yl)acetyl]amino}-N-methyl-4-phenylbutanamide
分子量 formula_weight	538.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	175

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	60.941 Å
晶胞边长 b length_b	92.993 Å
晶胞边长 c length_c	202.583 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	49.430 Å
R 因子 r_factor	0.1916
R_work r_work	0.1897
R_free r_free	0.2295

fit	/app/data/saxs_computation/ok/9ok4/9ok4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ok/9ok4/9ok4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ok/9ok4/9ok4.dat

GID4 in complex with CLEO4-88 and ACAA1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glucose-induced degradation protein 4 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)