9on9

Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (R) and Inositol hexakisphosphate (IP6)

Method: SOLID-STATE NMR D_max: 80.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9on9
沉积日期 deposition_date	2025-05-14
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (R) and Inositol hexakisphosphate (IP6)
关键词 keywords	HIV-1, maturation inhibitors, PF-46396, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLID-STATE NMR

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.70 Å
零角强度 I(0) i0	6811260000.00
分子量 molecular_weight	675990.0 kDa
排除体积 excluded_volume	836690 Å³
包络体积 envelope_volume	139110 Å³
水化壳体积 shell_volume	39339 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.8 Å
壳层 Rg shell_rg	37.04 Å
包络 Rg envelope_rg	28.19 Å
形状 Rg shape_rg	26.72 Å
总 Rg total_rg	26.80 Å
总原子数 total_atoms	94100
残基数 n_residues	6120
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8110e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6812000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9132
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.072
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5764000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.987

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	11094.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	94100

GGSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNTATIM

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11698
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-{(2R)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one
分子量 formula_weight	454.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

fit	/app/data/saxs_computation/on/9on9/9on9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/on/9on9/9on9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/on/9on9/9on9.dat