SAXSdb — 9onb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 1-{(2S)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 3–102； UniProt 278–377 作者链 H； PDB构建体 3–102； UniProt 278–377 作者链 I； PDB构建体 3–102； UniProt 278–377 作者链 J； PDB构建体 3–102； UniProt 278–377 作者链 K； PDB构建体 3–102； UniProt 278–377 作者链 L； PDB构建体 3–102； UniProt 278–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9onb
沉积日期 deposition_date	2025-05-14
最后修订 last_revision	2025-10-08
结构标题 title	Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (S) and Inositol hexakisphosphate (IP6)
关键词 keywords	HIV-1, maturation inhibitors, PF-46396, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLID-STATE NMR

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9onb__assembly_1__model_8

Assembly 1 · Model 8 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9onb__assembly_1__model_8 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9onb__assembly_1__model_8 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.26 Å
Rg（电子密度）	25.40 Å
总 Rg	26.29 Å
原子数	9410
残基数	612
排除体积	83413 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9onb__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`9onb__assembly_1__model_2`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`9onb__assembly_1__model_3`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`9onb__assembly_1__model_4`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`9onb__assembly_1__model_5`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`9onb__assembly_1__model_6`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`9onb__assembly_1__model_7`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`9onb__assembly_1__model_8`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`9onb__assembly_1__model_9`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`9onb__assembly_1__model_10`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	11094.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	94100

GGSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNTATIM

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11698
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-{(2S)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one
分子量 formula_weight	454.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (S) and Inositol hexakisphosphate (IP6)