9p0x

Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (nanodisc-subtracted)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Factor VII light chain

Homo sapiens

UniProt P08709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 213–466 链 V; UniProt 61–202 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Factor X light chain × 1 (P00742) Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein × 1 (P13726,P0AEY0) Tissue factor pathway inhibitor × 1 (P10646) Human 10H10 antibody Fab heavy chain × 1 Human 10H10 antibody Fab light chain × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、123 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 3
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–142; UniProt 61–202 作者链 S; PDB构建体 1–254; UniProt 213–466

Factor X light chain

Homo sapiens

UniProt P00742

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 41–171 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Factor VII light chain × 1 (P08709) Coagulation factor VII Heavy Chain × 1 (P08709) Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein × 1 (P13726,P0AEY0) Tissue factor pathway inhibitor × 1 (P10646) Human 10H10 antibody Fab heavy chain × 1 Human 10H10 antibody Fab light chain × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 183 个其他 PDB 条目、220 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA10_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–131; UniProt 41–171

Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

Escherichia coli

UniProt P0AEY0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 27–392 未记录 Factor VII light chain × 1 (P08709) Factor X light chain × 1 (P00742) Coagulation factor VII Heavy Chain × 1 (P08709) Tissue factor pathway inhibitor × 1 (P10646) Human 10H10 antibody Fab heavy chain × 1 Human 10H10 antibody Fab light chain × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 109 个其他 PDB 条目、148 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECO57
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 246–611; UniProt 27–392

Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

Escherichia coli

UniProt P13726

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 38–276 未记录 Factor VII light chain × 1 (P08709) Factor X light chain × 1 (P00742) Coagulation factor VII Heavy Chain × 1 (P08709) Tissue factor pathway inhibitor × 1 (P10646) Human 10H10 antibody Fab heavy chain × 1 Human 10H10 antibody Fab light chain × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–239; UniProt 38–276

Tissue factor pathway inhibitor

Homo sapiens

UniProt P10646

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 40–107 未记录 Factor VII light chain × 1 (P08709) Factor X light chain × 1 (P00742) Coagulation factor VII Heavy Chain × 1 (P08709) Tissue factor,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein × 1 (P13726,P0AEY0) Human 10H10 antibody Fab heavy chain × 1 Human 10H10 antibody Fab light chain × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TFPI1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–68; UniProt 40–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9p0x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9p0x
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9p0x
沉积日期 deposition_date2025-06-07
结构标题 titleNanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab (nanodisc-subtracted)
关键词 keywordscomplex, nanodisc, blood clotting; BLOOD CLOTTING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.93
零角强度 I(0) i0313716000.00
分子量 molecular_weight139070.0 kDa
排除体积 excluded_volume171740 ų
包络体积 envelope_volume240470 ų
水化壳体积 shell_volume51384 ų
包络直径 envelope_diameter126.3
壳层 Rg shell_rg44.27
包络 Rg envelope_rg39.09
形状 Rg shape_rg39.86
总 Rg total_rg40.41
总原子数 total_atoms9723
残基数 n_residues1216
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.3
Rg (实空间) rg_real40.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real3.1370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.43
I(0) (倒空间) i0_reciprocal313700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9115
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.8
偏度 Skewness skewness0.108
峰度 Kurtosis kurtosis-0.719
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20690000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.924

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)