9pag

21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 7

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 236.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-fusing ATPase

Cricetulus griseus

UniProt P18708

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–744 链 B; UniProt 1–744 链 C; UniProt 1–744 链 D; UniProt 1–744 链 E; UniProt 1–744 链 F; UniProt 1–744 未记录 Syntaxin-1A × 2 (P32851) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60881) Alpha-soluble NSF attachment protein × 3 (P54921) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NSF_CRIGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–747; UniProt 1–744 作者链 B; PDB构建体 4–747; UniProt 1–744 作者链 C; PDB构建体 4–747; UniProt 1–744 作者链 D; PDB构建体 4–747; UniProt 1–744 作者链 E; PDB构建体 4–747; UniProt 1–744 作者链 F; PDB构建体 4–747; UniProt 1–744

Syntaxin-1A

Rattus norvegicus

UniProt P32851

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–267 链 H; UniProt 1–267 未记录 Vesicle-fusing ATPase × 6 (P18708) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60881) Alpha-soluble NSF attachment protein × 3 (P54921) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、72 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STX1A_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–267; UniProt 1–267 作者链 H; PDB构建体 1–267; UniProt 1–267

Synaptosomal-associated protein 25

Rattus norvegicus

UniProt P60881

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–206 未记录 Vesicle-fusing ATPase × 6 (P18708) Syntaxin-1A × 2 (P32851) Alpha-soluble NSF attachment protein × 3 (P54921) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNP25_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 17–222; UniProt 1–206

Alpha-soluble NSF attachment protein

Rattus norvegicus

UniProt P54921

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–295 链 K; UniProt 1–295 链 L; UniProt 1–295 未记录 Vesicle-fusing ATPase × 6 (P18708) Syntaxin-1A × 2 (P32851) Synaptosomal-associated protein 25 × 1 (P60881) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.62 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNAA_RAT
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 2–296; UniProt 1–295 作者链 K; PDB构建体 2–296; UniProt 1–295 作者链 L; PDB构建体 2–296; UniProt 1–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pag

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pag
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pag
沉积日期 deposition_date2025-06-25
结构标题 title21bin20S complex (NSF-alphaSNAP-2:1 syntaxin-1a:SNAP-25), non-hydrolyzing, class 7
关键词 keywords;ATPase, SNARE, hydrolysis, disassembly, translocation, exocytosis, neurotransmitter release, synapse, synaptic transmission, membrane fusion, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.29
零角强度 I(0) i04360800000.00
分子量 molecular_weight552740.0 kDa
排除体积 excluded_volume690950 ų
包络体积 envelope_volume1155900 ų
水化壳体积 shell_volume146140 ų
包络直径 envelope_diameter223.0
壳层 Rg shell_rg67.98
包络 Rg envelope_rg63.76
形状 Rg shape_rg66.30
总 Rg total_rg66.27
总原子数 total_atoms77793
残基数 n_residues4902
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax236.8
Rg (实空间) rg_real66.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.12
I(0) (实空间) i0_real4.3610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4360000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8533
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary78.9
偏度 Skewness skewness0.369
峰度 Kurtosis kurtosis-0.299
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0053
最高正则化参数 α highest_alpha339500000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.838

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)