9pgf

In situ structure of the human mitoribosome in the P state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 236.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pgf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pgf
下载 Download

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9pgf
沉积日期 deposition_date2025-07-07
结构标题 titleIn situ structure of the human mitoribosome in the P state
关键词 keywordsmitochondria, mitoribosome, inner membrane, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier90.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron95.27
零角强度 I(0) i0142952000000.00
分子量 molecular_weight2596800.0 kDa
排除体积 excluded_volume2986900 ų
包络体积 envelope_volume5015900 ų
水化壳体积 shell_volume405290 ų
包络直径 envelope_diameter327.3
壳层 Rg shell_rg106.90
包络 Rg envelope_rg94.16
形状 Rg shape_rg95.55
总 Rg total_rg94.57
总原子数 total_atoms315253
残基数 n_residues17563
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax236.6
Rg (实空间) rg_real87.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real1.3660e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3180e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal91.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal143400000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9132
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary111.3
偏度 Skewness skewness0.150
峰度 Kurtosis kurtosis-0.555
角度范围 angular_range— – 0.0850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.7102
最高正则化参数 α highest_alpha9227000000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.997; Stabil: 0.962; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (100)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)