9plm

TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-021)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

Homo sapiens

UniProt P19474

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 284–465	未记录	Isoform 2 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） A1CI1 (3P)-3-{4-chloro-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl}-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.32 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PLM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2IWG COMPLEX BETWEEN THE PRYSPRY DOMAIN OF TRIM21 AND IGG FC 提交 2006-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 287–465（179 aa）片段：RESIDUES 287-465 链 E 287–465（179 aa）片段：RESIDUES 287-465	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.35 Å R-free 0.253
5JPX Solution structure of the TRIM21 B-box2 (B2) 提交 2016-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–130（45 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM TRIS, 150mM NaCl；压力 Ambient NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM TRIS, 150mM NaCl；压力 Ambient NMR样品组成 450 uM [U-13C; U-15N] TRIM21 Bbox2, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM ZINC ION, 10 % glycerol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 450 uM [U-13C; U-15N] TRIM21 Bbox2, 50 mM deuterated TRIS, 150 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 10 uM ZINC ION, 10 % glycerol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5OLM TRIM21 提交 2017-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–129（129 aa）链 B 1–129（129 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；300 K；na	分辨率 1.95 Å R-free 0.262
6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–98（98 aa）链 E 1–98（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–98（98 aa）链 C 1–98（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–98（98 aa）链 F 1–98（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
6FGA Crystal structure of TRIM21 E3 ligase, RING domain in complex with its cognate E2 conjugating enzyme UBE2E1 提交 2018-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–98（98 aa）链 H 1–98（98 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM Bicine pH 9.0 and 5% w/v PEG 6000	分辨率 2.82 Å R-free 0.294
6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–85（85 aa）链 B 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
6S53 Crystal structure of TRIM21 RING domain in complex with an isopeptide-linked Ube2N~ubiquitin conjugate 提交 2019-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 1–85（85 aa）链 H 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；Crystals grew in 0.1 M Tris/BICINE pH 8.5, 10.5 % (w/v) PEG3350/PEG 1K/MPD and 0.08 M sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulfate.	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
7BBD Crystal structure of monoubiquitinated TRIM21 RING (Ub-RING) In complex with ubiquitin charged Ube2N (Ube2N~Ub) and Ube2V2 提交 2020-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290.15 K；MOPSO, Bis-Tris, PEG 4K, 1,2,6-hexanetriol, Li, Na, K	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
8A58 X-ray structure of TRIM21 RING E3 ligase in complex with E2 enzyme Ube2W 提交 2022-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–85（85 aa）链 D 1–85（85 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M Bicine pH 9.0, 5% PEG 6000, 0.1M TCEP hydrochloride	分辨率 2.25 Å R-free 0.259
8Y58 Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with acepromazine. 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	突变：D355A	PMZ 1-[10-(3-DIMETHYLAMINO-PROPYL)-10H-PHENOTHIAZIN-2-YL]-ETHANONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
8Y59 Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with (S)-hydroxyl-acepromazine. 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	突变：D355A	A1D5Y (1~{S})-1-[10-[3-(dimethylamino)propyl]phenothiazin-2-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate	分辨率 1.89 Å R-free 0.234
8Y5B Crystal structure of TRIM21 PRYSPRY (D355A) in complex with (R)-hydroxyl-acepromazine. 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	突变：D355A	A1D5Z (1~{R})-1-[10-[3-(dimethylamino)propyl]phenothiazin-2-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris (pH 7.0), 3.5 M sodium formate	分辨率 1.74 Å R-free 0.203
9EK5 TRIM21 PrySpry domain bound to an enhanced PRLX-93936 analog 提交 2024-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 288–465（178 aa）片段：PrySpry domain	未记录	A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；4.2 M Sodium Formate; 100 mM Tris-HCl, pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
9II5 Crystal structure of human TRIM21 PRYSPRY in complex with compound 1 提交 2024-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–463（177 aa）	未记录	A1D9F ~{N}-[(1-fluoranylcyclohexyl)methyl]-~{N}-methyl-4-(2-methylsulfanylphenyl)-2-methylsulfonyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；291 K；1. Cryo buffer: 80 uL TRIM21 (Reservoir Solution: 0.1 M Cirtic, pH 3.5, 3 M NaCl) + 20 uL glycerol 2. Soaked crystals in cryo buffer for 10s	分辨率 1.49 Å R-free 0.240
9M3N Crystal structure of human TRIM21 PRYSPRY in complex with T-02 提交 2025-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 285–464（180 aa）	未记录	A1EMT 1-ethyl-~{N}-methyl-5-phenyl-~{N}-[3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclobutyl]pyrazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；The solution contained 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 7.0) and 1.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate.	分辨率 2.08 Å R-free 0.235
9PLL TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-056) 提交 2025-07-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 284–465（182 aa）	未记录	A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9O TRIM21 PRYSPRY bound to compound 36 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Z 4-[[[4-imidazol-1-yl-3-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]-3-methyl-pyrazol-4-yl]phenyl]methylamino]methyl]-~{N}-methyl-benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20% PEG 4000, 5% iso-Propanol, 0.1 M Na Citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.368
9Q9P TRIM21 PRYSPRY bound to compound 37 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4X (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(2-methoxyphenyl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.296
9Q9Q TRIM21 PRYSPRY bound to compound 38 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Y (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(furan-2-yl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.325
9Q9Q TRIM21 PRYSPRY bound to compound 38 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–475（189 aa）	未记录	A1I4Y (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-(furan-2-yl)propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291.15 K；30% PEG 10000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.325
9Q9R TRIM21 PRYSPRY bound to compound 209 提交 2025-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 287–475（189 aa）	未记录	A1I4W (2~{S},4~{S})-1-[(3~{S})-3-azanyl-3-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]phenyl]propanoyl]-4-cyclohexyl-~{N}-[(2~{S})-1-(methylamino)-1-oxidanylidene-3-pyridin-4-yl-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.6；291.15 K；20% (w/v) PEG-8000, 0.1M CHES pH 9.5 (final pH 9.6)	分辨率 2.33 Å R-free 0.314
9QBA Human TRIM21 PRYSPRY domain in complex with AL236 提交 2025-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–465（179 aa）	未记录	A1I41 ~{N}-(cyclohexylmethyl)-4-(4-fluoranyl-2-methylsulfanyl-phenyl)-2-methylsulfonyl-benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；2.3 M Sodium Chloride 0.1 M Sodium Citrate	分辨率 1.45 Å R-free 0.162

共 19 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RO52_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–184； UniProt 284–465

Isoform 2 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96

Homo sapiens

UniProt P52948

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 712–863	未记录	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 × 1 （P19474） A1CI1 (3P)-3-{4-chloro-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl}-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.32 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9PLM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KO6 Crystal Structure of C-terminal Autoproteolytic Domain of Nucleoporin Nup98 提交 2001-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 678–863（186 aa）片段：C-terminal Autoproteolytic Domain (Sequence database residues 677-863) 链 B 864–920（57 aa）片段：C-terminal Autoproteolytic Domain (Sequence database residues 864-920) 链 C 678–863（186 aa）片段：C-terminal Autoproteolytic Domain (Sequence database residues 677-863) 链 D 864–920（57 aa）片段：C-terminal Autoproteolytic Domain (Sequence database residues 864-920)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；300 K；MgCl, PEG8000, Tris, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 3.00 Å R-free 0.271
2Q5X Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98 提交 2007-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 733–887（155 aa）片段：C-terminal domain, residues 733-887	突变：S881A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；296 K；4.5M sodium formate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 1.90 Å R-free 0.229
2Q5Y Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98 提交 2007-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 729–880（152 aa）片段：C-terminal domain, residues 729-880 链 B 881–887（7 aa）片段：residues 881-887	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；296 K；0.1M Tris, 0.2M MgAc2, 22% PEG8000, microseeding, pH 8.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
2Q5Y Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98 提交 2007-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 729–880（152 aa）片段：C-terminal domain, residues 729-880 链 D 881–887（7 aa）片段：residues 881-887	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；296 K；0.1M Tris, 0.2M MgAc2, 22% PEG8000, microseeding, pH 8.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
4OWR Vesiculoviral matrix (M) protein occupies nucleic acid binding site at nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2014-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 157–213（57 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 11% PEG 10, 000, and 10% MPD	分辨率 3.15 Å R-free 0.289
5A9Q Human nuclear pore complex 提交 2015-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 304 PDB 声明：304-meric	链 5 881–1817（937 aa）链 E 881–1817（937 aa）链 N 881–1817（937 aa）链 W 881–1817（937 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE；pH 7.5；20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 23.00 Å
6BZM GFGNFGTS from low-complexity/FG repeat domain of Nup98, residues 116-123 提交 2017-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 116–123（8 aa）片段：UNP residues 116-123 链 B 116–123（8 aa）片段：UNP residues 116-123	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 9.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；0.1 M CHES, pH 9.5, 10% ethanol	分辨率 0.90 Å R-free 0.264
7F60 Crystal structure of auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.276
7F60 Crystal structure of auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.276
7F90 Crystal structure of SARS auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-07-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.39 Å R-free 0.258
7F90 Crystal structure of SARS auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-07-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.39 Å R-free 0.258
7PEQ Model of the outer rings of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 288 PDB 声明：288-meric	链 AE 881–1817（937 aa）链 BE 881–1817（937 aa）链 CE 881–1817（937 aa）链 DE 881–1817（937 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.	分辨率 35.00 Å
7Q64 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 1 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）链 L 85–124（40 aa）链 M 85–124（40 aa）链 N 85–124（40 aa）链 O 85–124（40 aa）链 P 85–124（40 aa）链 Q 85–124（40 aa）链 R 85–124（40 aa）链 S 85–124（40 aa）链 T 85–124（40 aa）链 U 85–124（40 aa）链 V 85–124（40 aa）链 W 85–124（40 aa）链 X 85–124（40 aa）链 Y 85–124（40 aa）链 Z 85–124（40 aa）链 a 85–124（40 aa）链 b 85–124（40 aa）链 c 85–124（40 aa）链 d 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
7Q65 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 2 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）链 L 85–124（40 aa）链 M 85–124（40 aa）链 N 85–124（40 aa）链 O 85–124（40 aa）链 P 85–124（40 aa）链 Q 85–124（40 aa）链 R 85–124（40 aa）链 S 85–124（40 aa）链 T 85–124（40 aa）链 U 85–124（40 aa）链 V 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
7Q66 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 3 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）链 L 85–124（40 aa）链 M 85–124（40 aa）链 N 85–124（40 aa）链 O 85–124（40 aa）链 P 85–124（40 aa）链 Q 85–124（40 aa）链 R 85–124（40 aa）链 S 85–124（40 aa）链 T 85–124（40 aa）链 U 85–124（40 aa）链 V 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
7Q67 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 4 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 M0 881–1817（937 aa）链 M1 881–1817（937 aa）链 M2 881–1817（937 aa）链 M3 881–1817（937 aa）链 U0 1–880（880 aa）链 U1 1–880（880 aa）链 U2 1–880（880 aa）链 U3 1–880（880 aa）链 U4 1–880（880 aa）链 U5 1–880（880 aa）链 U6 1–880（880 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 M0 881–1817（937 aa）链 M1 881–1817（937 aa）链 M2 881–1817（937 aa）链 M3 881–1817（937 aa）链 U0 1–880（880 aa）链 U1 1–880（880 aa）链 U2 1–880（880 aa）链 U3 1–880（880 aa）链 U4 1–880（880 aa）链 U5 1–880（880 aa）链 U6 1–880（880 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.00 Å
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
8CI8 Cryo-EM structure of the Nup98(298-327) fibril 提交 2023-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 A 298–327（30 aa）链 B 298–327（30 aa）链 C 298–327（30 aa）链 D 298–327（30 aa）链 E 298–327（30 aa）链 F 298–327（30 aa）链 G 298–327（30 aa）链 H 298–327（30 aa）链 I 298–327（30 aa）链 J 298–327（30 aa）链 K 298–327（30 aa）链 L 298–327（30 aa）链 M 298–327（30 aa）链 N 298–327（30 aa）链 O 298–327（30 aa）链 P 298–327（30 aa）链 Q 298–327（30 aa）链 R 298–327（30 aa）链 S 298–327（30 aa）链 T 298–327（30 aa）链 U 298–327（30 aa）链 V 298–327（30 aa）链 W 298–327（30 aa）链 X 298–327（30 aa）链 Y 298–327（30 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；In water. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9PLL TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-056) 提交 2025-07-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 712–863（152 aa）	未记录	A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.60 Å R-free 0.214

共 20 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP98_HUMAN
Isoform	P52948-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 20–171； UniProt 712–863

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9plm
沉积日期 deposition_date	2025-07-15
最后修订 last_revision	2026-05-27
结构标题 title	TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-021)
关键词 keywords	molecular glue, ubiquitin ligase, TRIM21, targeted protein degradation, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.29 Å
零角强度 I(0) i0	47910200.00
分子量 molecular_weight	36125.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34998 Å³
包络体积 envelope_volume	57857 Å³
水化壳体积 shell_volume	22079 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.63 Å
包络 Rg envelope_rg	22.54 Å
形状 Rg shape_rg	22.25 Å
总 Rg total_rg	22.94 Å
总原子数 total_atoms	2739
残基数 n_residues	335
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8097
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.336
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
分子量 formula_weight	20736.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3202

SGTSAVHITLDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVTGKEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVGIFLDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 2 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
分子量 formula_weight	19535.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKSSHHHHHHENLYFQSNAMHPAGIILTKVGYYTIPSMDDLAKITNEKGECIVSDFTIGRKGYGSIYFEGDVNLTNLNLDDIVHIRRKEVVVYLDDNQKPPVGEGLNRKAEVTLDGVWPTDKTSRCLIKSPDRLADINYEGRLEAVSRKQGAQFKEYRPETGSWVFKVSHF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(3P)-3-{4-chloro-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl}-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one
分子量 formula_weight	459.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	463

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.978 Å
晶胞边长 b length_b	71.495 Å
晶胞边长 c length_c	97.195 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.320 Å
最低分辨率 resolution_low	49.180 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1503
R_free r_free	0.1781

fit	/app/data/saxs_computation/pl/9plm/9plm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pl/9plm/9plm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pl/9plm/9plm.dat

TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-021)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform 2 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)