SAXSdb — 9qhi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 × 1 （A0AVT1） Polyubiquitin-B × 2 （P0CG47） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BIRC6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–325； UniProt 4498–4820

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

Homo sapiens

UniProt A0AVT1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6 × 1 （Q9NR09） Polyubiquitin-B × 2 （P0CG47） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–1054； UniProt 1–1052

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6 × 1 （Q9NR09） Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 × 1 （A0AVT1） INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qhi
沉积日期 deposition_date	2025-03-15
结构标题 title	Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0)
关键词 keywords	Ubiquitin, E1, E2, Ligase, SIGNALING PROTEIN; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qhi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qhi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qhi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.47 Å
Rg（电子密度）	36.78 Å
总 Rg	37.29 Å
原子数	11419
残基数	1430
排除体积	203780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qhi__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6
分子量 formula_weight	36834.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11419

GPANQEKKLGEYSKKAAMKPKPLSVLKSLEEKYVAVMKKLQFDTFEMVSEDEDGKLGFKVNYHYMSQVKNANDANSAARARRLAQEAVTLSTSLPLSSSSSVFVRCDEERLDIMKVLITGPADTPYANGCFEFDVYFPQDYPSSPPLVNLETTGGHSVRFNPNLYNDGKVCLSILNTWHGRPEEKWNPQTSSFLQVLVSVQSLILVAEPYFNEPGYERSRGTPSGTQSSREYDGNIRQATVKWAMLEQIRNPSPCFKEVIHKHFYLKRVEIMAQCEEWIADIQQYSSDKRVGRTMSHHAAALKRHTAQLREELLKLPCPEGLDPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
分子量 formula_weight	118250.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPMEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMAKSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAEAVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPPIKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLENHPHKLETGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFESLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATSISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLEAADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFALLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDAHLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHTEVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFSTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFWQTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLHCFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSADALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAIFQLEKAILSNEATKSDLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTATVSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTVHGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKKYVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8590.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,E

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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分辨率 resolution	4.27 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	13888

Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qhi__assembly_1__model_1

9qhi__assembly_1__model_1 | I(q)

9qhi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qhi__assembly_1__model_1

9qhi__assembly_1__model_1 | I(q)

9qhi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)