SAXSdb — 9qim

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4498–4820	未记录	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 × 1 （A0AVT1） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9QIM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CEG Crystal structure of the UBC domain of baculoviral IAP repeat-containing protein 6 提交 2008-02-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4470–4792（323 aa）片段：UBC domain: Residues 4470-4792	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10；298 K；11 % PEG 8000, 0.1 M Gycine buffer pH 10.0, 0.001 M DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.01 Å R-free 0.252
3CEG Crystal structure of the UBC domain of baculoviral IAP repeat-containing protein 6 提交 2008-02-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4470–4792（323 aa）片段：UBC domain: Residues 4470-4792	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10；298 K；11 % PEG 8000, 0.1 M Gycine buffer pH 10.0, 0.001 M DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.01 Å R-free 0.252
8ATM Structure of the giant inhibitor of apoptosis, BIRC6 (composite map) 提交 2022-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8ATO Structure of the giant inhibitor of apoptosis, BIRC6 bound to the regulator SMAC 提交 2022-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ATU Cryo-EM structure of human BIRC6 提交 2022-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8ATX Cryo-EM structure of human BIRC6 - no substrate 提交 2022-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
8AUK Cryo-EM structure of human BIRC6 in complex with HTRA2. 提交 2022-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8AUW Cryo-EM structure of human BIRC6 in complex with SMAC. 提交 2022-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å
8E2D Cryo-EM structure of BIRC6 (consensus) 提交 2022-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.07 Å
8E2E Cryo-EM structure of helical arch of BIRC6 (from local refinement 1) 提交 2022-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.98 Å
8E2F Cryo-EM structure of N-terminal arm of BIRC6 (from local refinement 2) 提交 2022-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.47 Å
8E2G Cryo-EM structure of N-terminal arm (aa68-966) of BIRC6 (from local refinement 3) 提交 2022-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8E2H Cryo-EM structure of C-terminal arm of BIRC6 (from local refinement 4) 提交 2022-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å
8E2I Cryo-EM structure of BIRC6/Smac 提交 2022-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8E2K Cryo-EM structure of BIRC6/HtrA2-S306A 提交 2022-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–4857（4857 aa）链 B 1–4857（4857 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9QGW Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (singly loaded) 提交 2025-03-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 4498–4820（323 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
9QH5 Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (doubly loaded) 提交 2025-03-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4498–4820（323 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9QHI Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0) 提交 2025-03-15	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4498–4820（323 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
9QIA Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 2) 提交 2025-03-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4498–4820（323 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å
9QIO Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 0) 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4498–4820（323 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.22 Å
9QIP Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 4) 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4498–4820（323 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
9QIV Consensus structure of UBA6-BIRC6 (alternative conformation) 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4498–4820（323 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

共 21 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BIRC6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–325； UniProt 4498–4820

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

Homo sapiens

UniProt A0AVT1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–1052	未记录	Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6 × 1 （Q9NR09） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9QIM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7PVN Crystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP 提交 2021-10-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1052（1052 aa）	突变：C625A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Na-cacodylate, 0.16 M Ca-acetate, 15% PEG 8000 and 16% Glycerol	分辨率 2.71 Å R-free 0.262
7PVN Crystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP 提交 2021-10-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1052（1052 aa）	突变：C625A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Na-cacodylate, 0.16 M Ca-acetate, 15% PEG 8000 and 16% Glycerol	分辨率 2.71 Å R-free 0.262
7PYV Crystal structure of human UBA6 in complex with the ubiquitin-like modifier FAT10 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–623（623 aa）链 A 900–1052（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000	分辨率 3.27 Å R-free 0.239
7PYV Crystal structure of human UBA6 in complex with the ubiquitin-like modifier FAT10 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–623（623 aa）链 B 900–1052（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.4, 25% PEG 6000	分辨率 3.27 Å R-free 0.239
7SOL Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6 提交 2021-10-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–1052（1016 aa）	突变：C625A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG 3350, 0.2 M NaF	分辨率 2.25 Å R-free 0.206
7SOL Crystal Structures of the bispecific ubiquitin/FAT10 activating enzyme, Uba6 提交 2021-10-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 37–1052（1016 aa）	突变：C625A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG 3350, 0.2 M NaF	分辨率 2.25 Å R-free 0.206
9QGW Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (singly loaded) 提交 2025-03-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
9QH5 Consensus structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (doubly loaded) 提交 2025-03-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9QHI Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 0) 提交 2025-03-15	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
9QIA Structure of UBA6-UbDha-BIRC6 trapped ternary complex (cluster 2) 提交 2025-03-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.38 Å
9QIC Consensus structure of UBA6 提交 2025-03-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9QIG Structure of UBA6 (cluster 2) 提交 2025-03-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.94 Å
9QII Structure of UBA6 (cluster 3) 提交 2025-03-17	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
9QIO Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 0) 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.22 Å
9QIP Structure of UBA6-BIRC6 (cluster 4) 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
9QIV Consensus structure of UBA6-BIRC6 (alternative conformation) 提交 2025-03-17	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1052（1052 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–1054； UniProt 1–1052

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qim
沉积日期 deposition_date	2025-03-17
结构标题 title	Consensus structure of UBA6-BIRC6
关键词 keywords	E1, E2, Ligase, SIGNALING PROTEIN; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.81 Å
零角强度 I(0) i0	332195000.00
分子量 molecular_weight	148370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	185890 Å³
包络体积 envelope_volume	250250 Å³
水化壳体积 shell_volume	55228 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.05 Å
包络 Rg envelope_rg	36.79 Å
形状 Rg shape_rg	37.80 Å
总 Rg total_rg	38.25 Å
总原子数 total_atoms	10433
残基数 n_residues	1305
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	332200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8235
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	47940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6
分子量 formula_weight	36834.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10433

GPANQEKKLGEYSKKAAMKPKPLSVLKSLEEKYVAVMKKLQFDTFEMVSEDEDGKLGFKVNYHYMSQVKNANDANSAARARRLAQEAVTLSTSLPLSSSSSVFVRCDEERLDIMKVLITGPADTPYANGCFEFDVYFPQDYPSSPPLVNLETTGGHSVRFNPNLYNDGKVCLSILNTWHGRPEEKWNPQTSSFLQVLVSVQSLILVAEPYFNEPGYERSRGTPSGTQSSREYDGNIRQATVKWAMLEQIRNPSPCFKEVIHKHFYLKRVEIMAQCEEWIADIQQYSSDKRVGRTMSHHAAALKRHTAQLREELLKLPCPEGLDPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
分子量 formula_weight	118250.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPMEGSEPVAAHQGEEASCSSWGTGSTNKNLPIMSTASVEIDDALYSRQRYVLGDTAMQKMAKSHVFLSGMGGLGLEIAKNLVLAGIKAVTIHDTEKCQAWDLGTNFFLSEDDVVNKRNRAEAVLKHIAELNPYVHVTSSSVPFNETTDLSFLDKYQCVVLTEMKLPLQKKINDFCRSQCPPIKFISADVHGIWSRLFCDFGDEFEVLDTTGEEPKEIFISNITQANPGIVTCLENHPHKLETGQFLTFREINGMTGLNGSIQQITVISPFSFSIGDTTELEPYLHGGIAVQVKTPKTVFFESLERQLKHPKCLIVDFSNPEAPLEIHTAMLALDQFQEKYSRKPNVGCQQDSEELLKLATSISETLEEKPDVNADIVHWLSWTAQGFLSPLAAAVGGVASQEVLKAVTGKFSPLCQWLYLEAADIVESLGKPECEEFLPRGDRYDALRACIGDTLCQKLQNLNIFLVGCGAIGCEMLKNFALLGVGTSKEKGMITVTDPDLIEKSNLNRQFLFRPHHIQKPKSYTAADATLKINSQIKIDAHLNKVCPTTETIYNDEFYTKQDVIITALDNVEARRYVDSRCLANLRPLLDSGTMGTKGHTEVIVPHLTESYNSHRDPPEEEIPFSTLKSFPAAIEHTIQWARDKFESSFSHKPSLFNKFWQTYSSAEEVLQKIQSGHSLEGCFQVIKLLSRRPRNWSQCVELARLKFEKYFNHKALQLLHCFPLDIRLKDGSLFWQSPKRPPSPIKFDLNEPLHLSFLQNAAKLYATVYCIPFAEEDLSADALLNILSEVKIQEFKPSNKVVQTDETARKPDHVPISSEDERNAIFQLEKAILSNEATKSDLQMAVLSFEKDDDHNGHIDFITAASNLRAKMYSIEPADRFKTKRIAGKIIPAIATTTATVSGLVALEMIKVTGGYPFEAYKNCFLNLAIPIVVFTETTEVRKTKIRNGISFTIWDRWTVHGKEDFTLLDFINAVKEKYGIEPTMVVQGVKMLYVPVMPGHAKRLKLTMHKLVKPTTEKKYVDLTVSFAPDIDGDEDLPGPPVRYYFSHDTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.57 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	139520

fit	/app/data/saxs_computation/qi/9qim/9qim.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qi/9qim/9qim.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qi/9qim/9qim.dat

Consensus structure of UBA6-BIRC6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dual E2 ubiquitin-conjugating enzyme/E3 ubiquitin-protein ligase BIRC6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)