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9qwz

Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (BP focused refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 174.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1

Homo sapiens

UniProt Q9P0J7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–381 未记录 E3 ubiquitin-protein ligase UBR4 × 1 （Q5T4S7） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9QWZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9D9Z Structure of human UBR4-KCMF1-CaM E3 ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI) 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–381（381 aa）
链 F 1–381（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 20 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9HXW Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (composite map) 提交 2025-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–331（331 aa）
链 D 1–331（331 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JNI KCMF1 Zn-coordinating domains with RCKG peptide (Sulfonic Cysteine) 提交 2024-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–55（54 aa）
链 A 77–142（66 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.0 1 M Magnesium chloride hexahydrate 20 % w/v PEG 6000 10 % v/v Ethylene glycol
分辨率 1.92 Å R-free 0.229
9NWE E3 ligase UBR4-KCMF1-calmodulin complex 提交 2025-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–381（381 aa）
链 F 1–381（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9QWS Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (C-term dimer interface focused refinement) 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–381（381 aa）
链 D 1–381（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9QWU Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (CALM1 focused refinement) 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–381（381 aa）
链 D 1–381（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9QX0 Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (C-term focused refinement) 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 1–381（381 aa）
链 D 1–381（381 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9UPZ KCMF1 Zn-coordinating domains with RTGG peptide 提交 2025-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–55（54 aa）
链 A 77–136（60 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.3 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.3M Calcium chloride dihydrate, 12.5% MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG 3350
分辨率 1.71 Å R-free 0.236

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCMF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–381； UniProt 1–381

E3 ubiquitin-protein ligase UBR4

Homo sapiens

UniProt Q5T4S7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–5183 未记录 E3 ubiquitin-protein ligase KCMF1 × 1 （Q9P0J7） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9QWZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8J9Q Crystal structure of UBR box of UBR4 apo 提交 2023-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1660–1729（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M DL-malic acid (pH7.0) and 18% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350)
分辨率 2.18 Å R-free 0.269
8J9Q Crystal structure of UBR box of UBR4 apo 提交 2023-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1660–1729（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M DL-malic acid (pH7.0) and 18% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350)
分辨率 2.18 Å R-free 0.269
8J9Q Crystal structure of UBR box of UBR4 apo 提交 2023-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1660–1729（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M DL-malic acid (pH7.0) and 18% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350)
分辨率 2.18 Å R-free 0.269
8J9R Crystal structure of UBR box of YIFS-UBR4 提交 2023-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1660–1729（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M Bis-Tris (pH5.6), 29% (w/v) polyethylene glycol 3350 (PEG3350), 0.2 M lithium sulfate monohydrate
分辨率 1.65 Å R-free 0.287
9D9Z Structure of human UBR4-KCMF1-CaM E3 ligase complex (Silencing Factor of the Integrated stress response, SiFI) 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–5183（5182 aa）
链 B 2–5183（5182 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 20 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9HXW Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (composite map) 提交 2025-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–4781（4781 aa）
链 B 1–4781（4781 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 20 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9NWD Human E3 ligase UBR4-KCMF1-calmodulin complex (N-terminal) 提交 2025-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–5183（5183 aa）
链 B 1–5183（5183 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9NWE E3 ligase UBR4-KCMF1-calmodulin complex 提交 2025-03-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–5183（5182 aa）
链 B 2–5183（5182 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9QWS Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (C-term dimer interface focused refinement) 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–5183（5183 aa）
链 B 1–5183（5183 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9QWU Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (CALM1 focused refinement) 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–5183（5183 aa）
链 B 1–5183（5183 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9QWX Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (N-term focused refinement) 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–5183（5183 aa）
链 B 1–5183（5183 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9QX0 Cryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (C-term focused refinement) 提交 2025-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–5183（5183 aa）
链 B 1–5183（5183 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBR4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–5183； UniProt 1–5183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qwz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qwz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qwz
沉积日期 deposition_date2025-04-15
结构标题 titleCryo-EM structure of the human UBR4/KCMF1/CALM1 complex (BP focused refinement)
关键词 keywordsUbiquitin ligase, protein quality control, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.27 Å
零角强度 I(0) i0218875000.00
分子量 molecular_weight99557.0 kDa
排除体积 excluded_volume114840 ų
包络体积 envelope_volume266190 ų
水化壳体积 shell_volume46682 ų
包络直径 envelope_diameter172.4 Å
壳层 Rg shell_rg50.92 Å
包络 Rg envelope_rg47.83 Å
形状 Rg shape_rg50.26 Å
总 Rg total_rg50.34 Å
总原子数 total_atoms7115
残基数 n_residues1433
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax174.8 Å
Rg (实空间) rg_real50.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.15 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal218700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8483
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.6 Å
偏度 Skewness skewness0.403
峰度 Kurtosis kurtosis-0.515
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14850000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.804; Smooth: 0.728
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)