SAXSdb — 9rfu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Siderophore export accessory protein MmpS5

Mycobacterium tuberculosis H37Rv

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Siderophore exporter MmpL5 × 3 （P9WJV1） Meromycolate extension acyl carrier protein × 3 （A0R0B3） (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMPS5_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–31； UniProt 2–31 作者链 B； PDB构建体 2–31； UniProt 2–31 作者链 C； PDB构建体 2–31； UniProt 2–31

Siderophore exporter MmpL5

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WJV1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Siderophore export accessory protein MmpS5 × 3 （P9WJS7） Meromycolate extension acyl carrier protein × 3 （A0R0B3） (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMPL5_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–474； UniProt 20–493 作者链 D； PDB构建体 475–739； UniProt 688–952 作者链 E； PDB构建体 1–474； UniProt 20–493 作者链 E； PDB构建体 475–739； UniProt 688–952 作者链 F； PDB构建体 1–474； UniProt 20–493 作者链 F； PDB构建体 475–739； UniProt 688–952

Meromycolate extension acyl carrier protein

物种未注明

UniProt A0R0B3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Siderophore export accessory protein MmpS5 × 3 （P9WJS7） Siderophore exporter MmpL5 × 3 （P9WJV1） (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACPM_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–78； UniProt 3–80 作者链 H； PDB构建体 1–78； UniProt 3–80 作者链 I； PDB构建体 1–78； UniProt 3–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rfu
沉积日期 deposition_date	2025-06-05
最后修订 last_revision	2025-08-13
结构标题 title	M.tuberculosis MmpS5L5-acpM complex
关键词 keywords	Drug efflux, RND transporter, Tuberculosis, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rfu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rfu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rfu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.30 Å
Rg（电子密度）	45.20 Å
总 Rg	45.38 Å
原子数	19410
残基数	2540
排除体积	352610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rfu__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Siderophore export accessory protein MmpS5
分子量 formula_weight	3457.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	19410

SIGTLKRAWIPLLILVVVAIAGFTVQRIRTF

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis H37Rv
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Siderophore exporter MmpL5
分子量 formula_weight	79180.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

ARPFIPRMIRTFAVPIILGWLVTIAVLNVTVPQLETVGQIQAVSMSPDAAPSMISMKHIGKVFEEGDSDSAAMIVLEGQRPLGDAAHAFYDQMIGRLQADTTHVQSLQDFWGDPLTATGAQSSDGKAAYVQVKLAGNQGESLANESVEAVKTIVERLAPPPGVKVYVTGSAALVADQQQAGDRSLQVIEAVTFTVIIVMLLLVYRSIITSAIMLTMVVLGLLATRGGVAFLGFHRIIGLSTFATNLLVVLAIAAATDYAIFLIGRYQEARGLGQDRESAYYTMFGGTAHVVLGSGLTIAGATFCLSFTRLPYFQTLGVPLAIGMVIVVAAALTLGPAIIAVTSRFGKLLEPKRMARVRGWRKVGAAIVRWPGPILVGAVALALVGLLTLPGYRTNYNDRNYLPADLPANEGYAAAERHFSQARMNPEVLMVESDHDMRNSADFLVINKIAKAIFAVEGISRVQAITRPDGKPIESFYLPPEVFDNPDFQRGLEQFLSPDGHAVRFIISHEGDPMSQAGIARIAKIKTAAKEAIKGTPLEGSAIYLGGTAAMFKDLSDGNTYDLMIAGISALCLIFIIMLITTRSVVAAAVIVGTVVLSLGASFGLSVLIWQHILGIELHWLVLAMAVIILLAVGADYNLLLVARLKEEIHAGINTGIIRAMGGSGSVVTAAGLVFAFTMMSFAVSELTVMAQVGTTIGMGLLFDTLIVRSFMTPSIAALLGKWFWWPQVVRQRPIPQPW

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Meromycolate extension acyl carrier protein
分子量 formula_weight	8808.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

ATQEEIIAGLAEIIEEVTGIEPSEVTPEKSFVDDLDIDXLSMVEIAVQTEDKYGVKIPDEDLAGLRTVGDVVAYIQKL

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	746.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	27426

M.tuberculosis MmpS5L5-acpM complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Siderophore export accessory protein MmpS5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Siderophore exporter MmpL5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Meromycolate extension acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rfu__assembly_1__model_1

9rfu__assembly_1__model_1 | I(q)

9rfu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

M.tuberculosis MmpS5L5-acpM complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Siderophore export accessory protein MmpS5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Siderophore exporter MmpL5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Meromycolate extension acyl carrier protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rfu__assembly_1__model_1

9rfu__assembly_1__model_1 | I(q)

9rfu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)