9rxs

Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.2 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3,Solute carrier family 22 member 12

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 375–458	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 18% PEG 10000, 20% Glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 375–458	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 18% PEG 10000, 20% Glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9RXS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EEI Solution Structure of Second PDZ domain of PDZ Domain Containing Protein 1 提交 2007-02-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–224（93 aa）片段：pdz domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 3.36mM PDZ domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D20, 90% H2O \| 10% D20, 90% H2O	分辨率未提供
2EEJ Solution Structure of Fourth PDZ domain of PDZ Domain Containing Protein 1 提交 2007-02-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 376–458（83 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 2.65mM PDZ domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D20, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
2VSP Crystal structure of the fourth PDZ domain of PDZ domain-containing protein 1 提交 2008-04-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 375–459（85 aa）片段：FOURTH PDZ DOMAIN, RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 50% PEG 300; 0.20M NACL; 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2	分辨率 2.41 Å R-free 0.267
3TMH Crystal structure of dual-specific A-kinase anchoring protein 2 in complex with cAMP-dependent protein kinase A type II alpha and PDZK1 提交 2011-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 375–459（85 aa）片段：UNP RESIDUES 375-459 链 E 375–459（85 aa）片段：UNP RESIDUES 375-459 链 I 375–459（85 aa）片段：UNP RESIDUES 375-459	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH 7, 20% PEG MME, Microbatch, temperature 293K	分辨率 3.80 Å R-free 0.328
4Q2P NHERF3 PDZ2 in Complex with a Phage-Derived Peptide 提交 2014-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 132–215（84 aa）片段：unp residues 132-215 链 B 132–215（84 aa）片段：unp residues 132-215 链 C 132–215（84 aa）片段：unp residues 132-215	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；292 K；30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.1 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.252
6EZI PDZK1 domain 4 in complex with C-terminal peptide of human PepT2. 提交 2017-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 374–460（87 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292.15 K；0.1 M Trisodium citrate pH 6.45 20% PEG 4000 20 %(v/v) isopropanol	分辨率 1.50 Å R-free 0.214
9RXN Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–106（101 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；50 mM Bicine pH 8.4, 12% PEG 600, 3.5% PEG 2000 MME	分辨率 1.36 Å R-free 0.161
9RXN Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 6–106（101 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；50 mM Bicine pH 8.4, 12% PEG 600, 3.5% PEG 2000 MME	分辨率 1.36 Å R-free 0.161
9RXO Structure of the PDZ2 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 131–215（85 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEG 1500	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
9RXO Structure of the PDZ2 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 131–215（85 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEG 1500	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
9RXP Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–458（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 2.5 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.231
9RXP Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 375–458（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 2.5 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.231
9RXR Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–106（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 700 mM NaCl, 18% PEG 4000	分辨率 1.69 Å R-free 0.210

共 10 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NHRF3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–85； UniProt 375–458 作者链 B； PDB构建体 2–85； UniProt 375–458

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3,Solute carrier family 22 member 12

Homo sapiens

UniProt Q96S37

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 547–553	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 18% PEG 10000, 20% Glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 547–553	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 18% PEG 10000, 20% Glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9RXS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8WJG Cryo-EM structure of URAT1(R477S) 提交 2023-09-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–538（538 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8WJQ Cryo-EM structure of URAT1(R477S)-Urate complex 提交 2023-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–538（538 aa）	未记录	URC URIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9B1F Human urate transporter 1 URAT1 in apo state 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9B1G Human urate transporter 1 URAT1 in complex with dotinurad 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1AIK dotinurad × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9B1H Human urate transporter 1 URAT1 in complex with lesinurad 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1AIL lesinurad × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9B1I Human urate transporter 1 URAT1 in complex with verinurad 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1AIJ verinurad × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9B1J Urate bound human URAT1 in the inward-facing state 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 URC URIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9B1K Urate bound human URAT1 in the occluded state 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	URC URIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9B1L Urate bound human URAT1 in the outward-facing state. 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	URC URIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9B1M Pyrazinoate bound human URAT1 in the inward-facing state (site1) 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 VGL PYRAZINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9B1N Pyrazinoate bound human URAT1 in the inward-facing state (site2) 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 VGL PYRAZINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9B1O Pyrazinoate bound human URAT1 in the inward-facing state (site3) 提交 2024-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–553（551 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 VGL PYRAZINE-2-CARBOXYLIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9IRW Structure of human URAT1 bound with urate 提交 2024-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	URC URIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
9IRX Structure of human URAT1 bound with benzbromarone 提交 2024-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	R75 [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9IRY Structure of human URAT1 bound with verinurad 提交 2024-07-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	A1AIJ verinurad × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9JDV Human URAT1 bound with Uric acid 提交 2024-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	URC URIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9JDY Human URAT1 bound with verinurad 提交 2024-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	A1AIJ verinurad × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
9JDZ Human URAT1 bound to lesinurad 提交 2024-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	A1AIL lesinurad × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9JE0 Human URAT1 bound to benzbromarone 提交 2024-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	R75 [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
9JE1 Human URAT1 bound to dotinurad 提交 2024-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	A1AIK dotinurad × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9RXN Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 549–553（5 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；50 mM Bicine pH 8.4, 12% PEG 600, 3.5% PEG 2000 MME	分辨率 1.36 Å R-free 0.161
9RXN Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 549–553（5 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；50 mM Bicine pH 8.4, 12% PEG 600, 3.5% PEG 2000 MME	分辨率 1.36 Å R-free 0.161
9RXO Structure of the PDZ2 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 549–553（5 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEG 1500	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
9RXO Structure of the PDZ2 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 549–553（5 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；26% PEG 1500	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
9RXP Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 549–553（5 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 2.5 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.231
9RXP Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 549–553（5 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 2.5 M ammonium sulfate	分辨率 1.43 Å R-free 0.231
9RXQ Structure of the PDZ1 domain from human NHERF1 with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 549–553（5 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；100 mM sodium acetate pH 4.8 200 mM ammonium acetate 24% PEG 4000	分辨率 1.38 Å R-free 0.183
9RXQ Structure of the PDZ1 domain from human NHERF1 with the C-terminal residues (KSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 549–553（5 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；100 mM sodium acetate pH 4.8 200 mM ammonium acetate 24% PEG 4000	分辨率 1.38 Å R-free 0.183
9RXR Structure of the PDZ1 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12) 提交 2025-07-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 547–553（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 700 mM NaCl, 18% PEG 4000	分辨率 1.69 Å R-free 0.210
9US8 Structure of human URAT1 bound with sulfinpyrazone 提交 2025-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–553（553 aa）	未记录	A1EAY Sulfinpyrazone × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å

共 26 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S22AC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 86–92； UniProt 547–553 作者链 B； PDB构建体 86–92； UniProt 547–553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rxs
沉积日期 deposition_date	2025-07-11
结构标题 title	Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12)
关键词 keywords	Scaffold protein, PDZ domain, urate transporter, solute carrier, protein-protein interaction, NHERFs, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.30 Å
零角强度 I(0) i0	7217560.00
分子量 molecular_weight	19858.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25114 Å³
包络体积 envelope_volume	32945 Å³
水化壳体积 shell_volume	15073 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.52 Å
包络 Rg envelope_rg	20.69 Å
形状 Rg shape_rg	19.34 Å
总 Rg total_rg	20.15 Å
总原子数 total_atoms	2839
残基数 n_residues	183
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.2 Å
Rg (实空间) rg_real	18.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8570e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5920e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7217000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6841
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.494
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.7610
最高正则化参数 α highest_alpha	1229000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.987; Stabil: 0.978; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3,Solute carrier family 22 member 12
分子量 formula_weight	9924.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3018

GKPKLCRLAKGENGYGFHLNAIRGLPGSFIKEVQKGGPADLAGLEDEDVIIEVNGVNVLDEPYEKVVDRIQSSGKNVTLLVCGKKVLKSTQF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	115

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	52.404 Å
晶胞边长 b length_b	52.404 Å
晶胞边长 c length_c	195.771 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	24.320 Å
R 因子 r_factor	0.2002
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2416

fit	/app/data/saxs_computation/rx/9rxs/9rxs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rx/9rxs/9rxs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rx/9rxs/9rxs.dat

Structure of the PDZ4 domain from human PDZK1 (NHERF3) with the C-terminal residues (VLKSTQF) of human URAT1 transporter (SLC22A12)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3,Solute carrier family 22 member 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3,Solute carrier family 22 member 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)