SAXSdb — 9s4q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein NNF1

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 Nn； UniProt 1–201	未记录	Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9S53 Cryo-EM structure of the base of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Nn 1–201（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Nn 1–201（201 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NNF1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Nn； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

Kinetochore-associated protein MTW1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P39731

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 Mt； UniProt 1–289	未记录	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9S53 Cryo-EM structure of the base of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Mt 1–289（289 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Mt 1–289（289 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTW1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Mt； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q04431

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 Zw； UniProt 1–385	未记录	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Zw 1–385（385 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZWINT_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Zw； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385

Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P53148

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 Kl； UniProt 445–917	未记录	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4BL0 Crystal structure of yeast Bub3-Bub1 bound to phospho-Spc105 提交 2013-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 165–183（19 aa）片段：MELT172, RESIDUES 165-183	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M K/ NA TARTRATE, 0.1M BIS TRIS PROPANE PH 7.5, 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.192
4BL0 Crystal structure of yeast Bub3-Bub1 bound to phospho-Spc105 提交 2013-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 165–183（19 aa）片段：MELT172, RESIDUES 165-183	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M K/ NA TARTRATE, 0.1M BIS TRIS PROPANE PH 7.5, 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.192
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Kl 445–917（473 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KNL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 Kl； PDB构建体 2–474； UniProt 445–917

Kinetochore-associated protein DSN1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P40568

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 Ds； UniProt 1–576	未记录	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 560–572（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
9S53 Cryo-EM structure of the base of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Ds 1–576（576 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Ds 1–576（576 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DSN1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Ds； PDB构建体 1–576； UniProt 1–576

Kinetochore protein SPC24

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q04477

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 24； UniProt 1–213	未记录	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FTX Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 154–213（60 aa）片段：Spc24p globular domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2FV4 NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 138–213（76 aa）片段：SPC24P GLOBULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.	分辨率未提供
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 155–213（59 aa）片段：Spc24p C-terminal domain, residues 155-213	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 155–213（59 aa）片段：Spc24p C-terminal domain, residues 155-213	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 155–213（59 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–213（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
5TD8 Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex 提交 2016-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–62（62 aa）链 C 162–213（52 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–213（52 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–48（48 aa）链 C 162–212（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–48（48 aa）链 G 162–212（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 24 1–213（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC24_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 24； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

Kinetochore protein SPC25

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P40014

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 25； UniProt 1–221	未记录	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore-associated protein NSL1 × 1 （Q12143）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FTX Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–221（89 aa）片段：Spc25p globular domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
2FV4 NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 128–221（94 aa）片段：SPC25P GLOBULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O. NMR样品组成 1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O \| 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.	分辨率未提供
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 133–221（89 aa）片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 133–221（89 aa）片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.01 Å R-free 0.258
5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–221（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.242
5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–221（84 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0	分辨率 2.83 Å R-free 0.266
5TD8 Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex 提交 2016-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–45（45 aa）链 D 138–221（84 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0	分辨率 7.53 Å R-free 0.328
8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–221（84 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000, 1M sodium chloride 100 mM PIPES pH 6.1	分辨率 3.02 Å R-free 0.271
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–31（31 aa）链 D 138–220（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–31（31 aa）链 H 138–220（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5	分辨率 3.95 Å R-free 0.327
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 25 1–221（221 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPC25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 25； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221

Kinetochore-associated protein NSL1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12143

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 Ns； UniProt 1–216	未记录	Kinetochore-associated protein NNF1 × 1 （P47149） Kinetochore-associated protein MTW1 × 1 （P39731） Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 × 1 （Q04431） Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 × 1 （P53148） Kinetochore-associated protein DSN1 × 1 （P40568） Kinetochore protein SPC24 × 1 （Q04477） Kinetochore protein SPC25 × 1 （P40014）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9S4Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9S53 Cryo-EM structure of the base of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Ns 1–216（216 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 Ns 1–216（216 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Ns； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9s4q
沉积日期 deposition_date	2025-07-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain
关键词 keywords	Kinetochore, chromosome segregation, mitosis, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	67.88 Å
零角强度 I(0) i0	270280000.00
分子量 molecular_weight	137790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173170 Å³
包络体积 envelope_volume	290790 Å³
水化壳体积 shell_volume	42703 Å³
包络直径 envelope_diameter	230.9 Å
壳层 Rg shell_rg	50.58 Å
包络 Rg envelope_rg	66.54 Å
形状 Rg shape_rg	67.85 Å
总 Rg total_rg	67.46 Å
总原子数 total_atoms	19471
残基数 n_residues	1193
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	211.1 Å
Rg (实空间) rg_real	67.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	268500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.3827
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.547
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.846
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	10330000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.256; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.164; Smooth: 0.004

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NNF1
分子量 formula_weight	23668.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Nn
原子数 atom_count	19471

MVNSHGIRYIRLKQVFNRALDQSISKLQSWDKVSSCFPQYVNSKQGAINVANCQRQLTEFWTELCQREFKEIMEERNVEQKLNELDELILEAKERYTDRDQDEVNKGPAIDELSSKELVECHLYSQRMHAIHEIDERLAKVNEMNDQLAQELKDLETQVEVEKNEIGKMYDEYLGSHTDQPANVLLVQSLNDMVLELKENY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein MTW1
分子量 formula_weight	33291.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Mt

MSAPTMRSTSILTEHLGYPPISLVDDIINAVNEIMYKCTAAMEKYLLSKSKIGEEDYGEEIKSGVAKLESLLENSVDKNFDKLELYVLRNVLRIPEEYLDANVFRLENQKDLVIVDENELKKSEEKLREKVNDVELAFKKNEMLLKRVTKVKRLLFTIRGFKQKLNELLKCKDDVQLQKILESLKPIDDTMTLLTDSLRKLYVDSESTSSTEEVEALLQRLKTNGKQNNKDFRTRYIDIRTNNVLRKLGLLGDKEDEKQSAKPDARTQAGDIVSIDIEEPQLDLLDDVL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28
分子量 formula_weight	48468.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Zw

MDTGSASIKDYETVLTDIEDSIAVSSEEVLNNQELRLKNTLHEITSSILAINEENKFVNPLRNDESLDVEGKEVFVNPKILSAKIKEFNKLMELLKLTYLEQETLDYFFRFTLSSTKPLQLDSEKDPQFVKLNERVNDLKEEISNVQESKIEQIKAEIQETGHNFAERQDLINELYLEATGDIENCWDSLNELKNLTNKEDKNMMGEKDTILNSSDSDDFVEETYTNWQKLLFLQKQNQRLTKELKEMHEVKNQIIRKGEQSKKEDSGHLMANESELCQSINLLTKFWEKHFLLKGSKTTILNFEIFTQLGKVQFEIKDMQYIIAISLSDLKRPMIKDITILQKAGGNIVTDIEASSKFNNKYRNNTKVQIFEVMDDIISELTNEENLYFQSWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105
分子量 formula_weight	55581.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Kl

MSGIALPTQDYTLREFINEVGVGFLDTKLIDDLDKKVNFPLNSFNFVENQRIDNVFSAFYIDIPILEVEAFRCKELWRSINESKDKFKDFEAQIDKSHPPLLLQEYFSSDEKMKQLMRDQLQLVKGYSKLEAAMEWYEWRKKQLNGLELILAENLNTLKREYEKLNEEVEKVNSIRGKIRKLNEAIKEEIRSLKNLPSDSYKPTLMNRIKIEAFKQELMEHSISLSSSNDFTQEMRSLKLAIAKKSNDILTLRSEVASIDKKIEKRKLFTRFDLPKLRDTLKILESLTGVRFLKFSKATLSIAFLQLDDLRVDINLANFKNNPLSSMKVMNDSNNDDMSYHLFTMLLKNVEAEHQDSMLSNLFFAMKKWRPLLKYIKLLKLLFPVKITQTEEEEALLQFKDYDRRNKTAFFYVISLVSFAQGVFSENGQIPMKVHISTQQDYSPSREVLSDRITHKISGVLPSFTKSRIHLEFT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein DSN1
分子量 formula_weight	65777.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ds

MSLEPTQTVSGTPPMLHQRTHKQVYPLRMETIPILESDSKATLQSNEPTQKDEEETEYFENKQSVSNLSPDLKFKRHKNKHIQGFPTLGERLDNLQDIKKAKRVENFNSSAPIADDNHSGDATANATANATANATANVNASAMPAPYMPYYYYYHPMNAPTPAMIPYPGSPMHSIMPNSSLQPFYSQPTAAGGPDMTTPQNISSSQQLLPAPQLFPYGSFHQQQLQQPHYIQRTRERKKSIGSQRGRRLSMLASQANGGSTIISPHKDIPEEDFYTVVGNASFGKNLQIRQLFNWCLMRSLHKLELKAKNQEEEGELEHLTKKSKLESTKAETDYVDPKRLAMVIIKEFVDDLKKDHIAIDWEDEEKYEDEDEEKILDNTENYDDTELRQLFQENDDDDDDDDEVDYSEIQRSRRKFSERRKALPKEPKKLLPNSKNVENTKNLSILTSKVNAIKNEVKEWAVTLDTSRPDLEWQELTSFSSQPLEPLSDTEEPDLAIADVETKLETKVDELRYQSHILNSHSLALNEITNSKVNKLNIETMRKISSETDDDHSQVINPQQLLKGLSLSFSKKLDL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC24
分子量 formula_weight	24639.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	24

MSQKDNLLDNPVEFLKEVRESFDIQQDVDAMKRIRHDLDVIKEESEARISKEHSKVSESNKKLNAERINVAKLEGDLEYTNEESNEFGSKDELVKLLKDLDGLERNIVSLRSELDEKMKLYLKDSEIISTPNGSKIKAKVIEPELEEQSAVTPEANENILKLKLYRSLGVILDLENDQVLINRKNDGNIDILPLDNNLSDFYKTKYIWERLGK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Kinetochore protein SPC25
分子量 formula_weight	25280.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	25

MASIDAFSDLERRMDGFQKDVAQVLARQQNHARQQLQQFQAEMRQLHNQHQHLIDELQRLATQRTALQQQIHAAQQATNTTREQWRSYHERESELSRRQSTLAAQSRELDSLLQQRGKECVQLRARWAAQSGNDAAEVALYERLLQLRVLPGASDVHDVRFVFGDDSRCWIEVAMHGDHVIGNSHPALDPKSRATLEHVLTVQGDLAAFLVVARDMLLASL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Kinetochore-associated protein NSL1
分子量 formula_weight	25448.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Ns

MSQGQSKKLDVTVEQLRSIYHQFHDILEEKTDLHLPKKEYDDDAVRREVQIQLQEFLLSAMTMASKSLEVVNADTVGKTVKQLIMESQEKYMEPFDLDLNEQVRKMYQEWEDETVKVAQLRQTGPAKINEVYNNSKDEYLAQLDGRIGVLQARMMQQQSADHDDSTDDADDHINWEHIKQDYVASLNELYQTQQDLPKVRYNVEKVKRLMDFLEED

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	113688

fit	/app/data/saxs_computation/s4/9s4q/9s4q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s4/9s4q/9s4q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s4/9s4q/9s4q.dat

Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinetochore-associated protein NNF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein MTW1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein DSN1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore protein SPC24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore protein SPC25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kinetochore-associated protein NSL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)