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9ugu

Cryo-EM Structure of Apo-G6PT1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 72.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucose-6-phosphate exchanger SLC37A4

Homo sapiens

UniProt O43826

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–429 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.07 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9UGU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
21NP Structure of human SLC37A4 bound to chlorogenic acid in a lipid nanodisc 提交 2025-12-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 A1EG7 (1S,3R,4R,5R)-3-[(E)-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-enoyl]oxy-1,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
21NQ Structure of human SLC37A4-apo 提交 2025-12-21 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
21OR Structure of human SLC37A4 bound to G6P 提交 2025-12-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 BG6 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9KUY Cryo-EM structure of human G6PT in apo state 提交 2024-12-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9KV0 Cryo-EM structure of human G6PT in complex with chlorogenic acid 提交 2024-12-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 A1EG7 (1S,3R,4R,5R)-3-[(E)-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-enoyl]oxy-1,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9KVV Cryo-EM structure of human G6PT in complex with G6P 提交 2024-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 BG6 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9LL0 Cryo-EM structure of G6PT1 in complex with Glucose-6-phosphate 提交 2025-01-17 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 5–424（420 aa）
未记录 BG6 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9LL1 Cryo-EM structure of G6PT1 in complex with Chlorogenic acid 提交 2025-01-17 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 A1EG7 (1S,3R,4R,5R)-3-[(E)-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]prop-2-enoyl]oxy-1,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
9LNB Cryo-EM structure of lumen facing G6PT1 in the apo state 提交 2025-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–429（429 aa）
链 B 1–429（429 aa）
未记录 LMN Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9LVW Cryo-EM structure of G6PT1 in complex with phosphate ion 提交 2025-02-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 LMN Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
9UGX Cryo-EM Structure of G6PT1-apo monomer in pi buffer 提交 2025-04-13 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9UGY Cryo-EM Structure of G6PT1 bound with GlcN6P 提交 2025-04-14 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 GLP 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9W1N Human SLC37A4 antiparallel dimer 提交 2025-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–429（429 aa）
链 B 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9W1O Phosphate-bound human SLC37A4 antiparallel dimer 提交 2025-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–429（429 aa）
链 B 1–429（429 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9W1P G6P-bound human SLC37A4 lateral dimer 提交 2025-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–415（415 aa）
链 B 1–415（415 aa）
未记录 G6P 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9W1Q Human SLC37A4 lateral dimer 提交 2025-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–415（415 aa）
链 B 1–415（415 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9W1R S-4048-bound human SLC37A4 monomer 提交 2025-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–415（415 aa）
未记录 A1EUP (1~{S},3~{R},4~{R},5~{R})-1-[[(1~{R},2~{S})-2-(4-chlorophenyl)cyclopropyl]methoxy]-3-[(~{Z})-3-imidazo[4,5-b]pyridin-1-yl-3-phenyl-prop-2-enoyl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9WS8 Cryo-EM Structure of G6PT1 treated with G6P 提交 2025-09-12 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
9WT2 Cryo-EM structure of Pi-free G6PT1 treated with GlcN6P 提交 2025-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–429（429 aa）
链 B 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9X8X Cryo-EM Structure of G6PT1 bound with lower pi 提交 2025-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–429（429 aa）
链 C 1–429（429 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
9X95 Cryo-EM Structure of G6PT1 without GlcN6P 提交 2025-10-20 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9X97 Cryo-EM Structure of G6PT1 bound with upper pi 提交 2025-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–429（429 aa）
链 C 1–429（429 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
9XCA CryoEM structure of the G6PT dimer 提交 2025-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–429（429 aa）
链 C 1–429（429 aa）
未记录 LMN Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
9XCB cryoEM structure of G6PT monomer 提交 2025-10-25 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–429（429 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G6PT1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–429； UniProt 1–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ugu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ugu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ugu
沉积日期 deposition_date2025-04-13
结构标题 titleCryo-EM Structure of Apo-G6PT1
关键词 keywordsG6P, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.84 Å
零角强度 I(0) i029663000.00
分子量 molecular_weight45007.0 kDa
排除体积 excluded_volume57576 ų
包络体积 envelope_volume65997 ų
水化壳体积 shell_volume24988 ų
包络直径 envelope_diameter75.5 Å
壳层 Rg shell_rg28.81 Å
包络 Rg envelope_rg22.07 Å
形状 Rg shape_rg21.83 Å
总 Rg total_rg22.77 Å
总原子数 total_atoms3175
残基数 n_residues416
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.0 Å
Rg (实空间) rg_real22.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29660000.0000
解质量估计 total_estimate0.8284
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3 Å
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5610000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)