SAXSdb — 9v55

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein TolC

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 C1； UniProt 1–493 链 C2； UniProt 1–493 链 C3； UniProt 1–493	未记录	Uncharacterized lipoprotein YbjP × 3 （P75818） Multidrug efflux pump subunit AcrA × 6 （P0AE06）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9V55	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EK9 2.1A X-RAY STRUCTURE OF TOLC: AN INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN AND EFFLUX PUMP COMPONENT FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2000-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–452（428 aa）链 B 25–452（428 aa）链 C 25–452（428 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 2000 MME, PEG 400, Sodium Chloride, Magnesium Chloride, dodecyl glucopyrsanoside, hexyl glucopyranoside, heptyl gluocopyranoside, octyl glucopyranoside, 1,2,3-heptanetriol, Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
1TQQ Structure of TolC in complex with hexamminecobalt 提交 2004-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–495（471 aa）链 B 25–495（471 aa）链 C 25–495（471 aa）	未记录	NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；0.6% detergent mixture of n-dodecyl-beta-D glucopyranoside, n-hexyl-beta-D glucopyranoside, n-heptyl-beta-D glucopyranoside and n-octyl-beta-D glucopyranoside, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, 7% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether, 10% polyethylene glycol 400, 10mM NaCl, 20mM MgCl2, 20mM Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.305
2VDD Crystal Structure of the Open State of TolC Outer Membrane Component of Mutlidrug Efflux Pumps 提交 2007-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 B 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 C 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 0.1M HEPES 7.5, 5% ISOPROPANOL, 10% PEG4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.295
2VDE Crystal Structure of the Open State of TolC Outer Membrane Component of Mutlidrug Efflux Pumps 提交 2007-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 B 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 C 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M CAPS PH10.5, 30% PEG400	分辨率 3.20 Å R-free 0.315
2WMZ Structure of a mutated TolC 提交 2009-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–450（428 aa）片段：MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450 链 B 23–450（428 aa）片段：MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450 链 C 23–450（428 aa）片段：MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50 MM TRIS PH 8.2, 50 MM NACL, 14% PEG2000, 0.075% N-DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE, 0.3% N-OCTYL BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
2XMN High resolution snapshots of defined TolC open states present an iris- like movement of periplasmic entrance helices 提交 2010-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–450（428 aa）片段：RESIDUES 23-450 链 B 23–450（428 aa）片段：RESIDUES 23-450 链 C 23–450（428 aa）片段：RESIDUES 23-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；PH 7.4	分辨率 2.85 Å R-free 0.309
5NG5 multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance 提交 2017-03-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 1–493（493 aa）链 F 1–493（493 aa）链 I 1–493（493 aa）	未记录	5QF 6-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylsulfanyl]-8-[4-(2-methoxyethyl)piperazin-1-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridine-5-carbonitrile × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh)	分辨率 6.50 Å
5NIK Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump 提交 2017-03-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
5NIL Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump-MacB section 提交 2017-03-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
5O66 Asymmetric AcrABZ-TolC 提交 2017-06-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–493（493 aa）链 B 1–493（493 aa）链 C 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
5V5S multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance 提交 2017-03-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 23–464（442 aa）链 B 23–464（442 aa）链 C 23–464（442 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh)	分辨率 6.50 Å
6WXH Colicin E1 fragment in nanodisc-embedded TolC 提交 2020-05-10	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–493（493 aa）链 B 1–493（493 aa）链 C 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
6WXI Colicin E1 fragment in nanodisc-embedded TolC 提交 2020-05-10	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–493（493 aa）链 B 1–493（493 aa）链 C 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å
8ZAL EmrAB-TolC MFS-type tripartite multidrug efflux pump EA 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 23–450（428 aa）链 H 23–450（428 aa）链 I 23–450（428 aa）	突变：V169L 突变：V169L 突变：V169L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
8ZAR EmrAB-TolC MFS-type tripartite multidrug efflux pump FA 提交 2024-04-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–493（493 aa）链 H 1–493（493 aa）链 I 1–493（493 aa）	突变：V191L 突变：V191L 突变：V191L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
9QGY Structure of the YbjP lipoprotein bound to the MacAB-TolC tripartite efflux pump 提交 2025-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.48 Å
9TG4 Structure of the YbjP lipoprotein bound to the AcrABZ-TolC efflux pump 提交 2025-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9V52 Structure of TolC and YbjP closed state complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C1 1–493（493 aa）链 C2 1–493（493 aa）链 C3 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.56 Å
9V53 Structure of TolC, YbjP, and AcrABZ complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 C1 1–493（493 aa）链 C2 1–493（493 aa）链 C3 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.39 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C1； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493 作者链 C2； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493 作者链 C3； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493

Uncharacterized lipoprotein YbjP

Escherichia coli K-12

UniProt P75818

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 P1； UniProt 1–171 链 P2； UniProt 1–171 链 P3； UniProt 1–171	未记录	Outer membrane protein TolC × 3 （P02930） Multidrug efflux pump subunit AcrA × 6 （P0AE06）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9V55	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9QGY Structure of the YbjP lipoprotein bound to the MacAB-TolC tripartite efflux pump 提交 2025-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 D 19–171（153 aa）链 E 19–171（153 aa）链 F 19–171（153 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.48 Å
9TG4 Structure of the YbjP lipoprotein bound to the AcrABZ-TolC efflux pump 提交 2025-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 P 28–171（144 aa）链 Q 28–171（144 aa）链 R 28–171（144 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9V52 Structure of TolC and YbjP closed state complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P1 1–171（171 aa）链 P2 1–171（171 aa）链 P3 1–171（171 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.56 Å
9V53 Structure of TolC, YbjP, and AcrABZ complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 P1 1–171（171 aa）链 P2 1–171（171 aa）链 P3 1–171（171 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.39 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YBJP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P1； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171 作者链 P2； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171 作者链 P3； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

Multidrug efflux pump subunit AcrA

Escherichia coli K-12

UniProt P0AE06

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A1； UniProt 1–397 链 A2； UniProt 1–397 链 A3； UniProt 1–397 链 a1； UniProt 1–397 链 a2； UniProt 1–397 链 a3； UniProt 1–397	未记录	Outer membrane protein TolC × 3 （P02930） Uncharacterized lipoprotein YbjP × 3 （P75818）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.26 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9V55	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2F1M Conformational flexibility in the multidrug efflux system protein AcrA 提交 2005-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–312（268 aa）片段：residues 45-312 链 B 45–312（268 aa）片段：residues 45-312	突变：F223M, L224M, L287M, L288M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F223M, L224M, L287M, L288M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；277 K；30% 2-methyl-2,4-pentadiol (MPD), 20 mM MgCl2, 100 mM citrate pH 5.4, 1 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.40	分辨率 2.71 Å R-free 0.275
2F1M Conformational flexibility in the multidrug efflux system protein AcrA 提交 2005-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 45–312（268 aa）片段：residues 45-312 链 D 45–312（268 aa）片段：residues 45-312	突变：F223M, L224M, L287M, L288M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F223M, L224M, L287M, L288M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；277 K；30% 2-methyl-2,4-pentadiol (MPD), 20 mM MgCl2, 100 mM citrate pH 5.4, 1 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.40	分辨率 2.71 Å R-free 0.275
5NG5 multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance 提交 2017-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 25–397（373 aa）链 B 25–397（373 aa）链 D 25–397（373 aa）链 E 25–397（373 aa）链 G 25–397（373 aa）链 H 25–397（373 aa）	未记录	5QF 6-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylsulfanyl]-8-[4-(2-methoxyethyl)piperazin-1-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridine-5-carbonitrile × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh)	分辨率 6.50 Å
9TG4 Structure of the YbjP lipoprotein bound to the AcrABZ-TolC efflux pump 提交 2025-11-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 D 1–397（397 aa）链 E 1–397（397 aa）链 F 1–397（397 aa）链 G 1–397（397 aa）链 H 1–397（397 aa）链 I 1–397（397 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9V53 Structure of TolC, YbjP, and AcrABZ complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A1 1–397（397 aa）链 A2 1–397（397 aa）链 A3 1–397（397 aa）链 a1 1–397（397 aa）链 a2 1–397（397 aa）链 a3 1–397（397 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.39 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACRA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A1； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 A2； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 A3； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 a1； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 a2； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 a3； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v55
沉积日期 deposition_date	2025-05-25
结构标题 title	Structure of TolC, YbjP, and AcrA complex
关键词 keywords	Multidrug efflux pump, TolC, YbjP, AcrA, AcrB, lipoprotein, antibiotic resistance, Gram-negative, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	79.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	80.73 Å
零角强度 I(0) i0	2503220000.00
分子量 molecular_weight	412770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	513830 Å³
包络体积 envelope_volume	887490 Å³
水化壳体积 shell_volume	102210 Å³
包络直径 envelope_diameter	285.1 Å
壳层 Rg shell_rg	61.62 Å
包络 Rg envelope_rg	80.36 Å
形状 Rg shape_rg	80.67 Å
总 Rg total_rg	80.58 Å
总原子数 total_atoms	29061
残基数 n_residues	3816
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	214.7 Å
Rg (实空间) rg_real	75.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2480000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8621
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.407
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.816
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1867
最高正则化参数 α highest_alpha	225900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.845; Stabil: 0.978; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.008

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein TolC
分子量 formula_weight	53783.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C1,C2,C3
原子数 atom_count	29061

MKKLLPILIGLSLSGFSSLSQAENLMQVYQQARLSNPELRKSAADRDAAFEKINEARSPLLPQLGLGADYTYSNGYRDANGINSNATSASLQLTQSIFDMSKWRALTLQEKAAGIQDVTYQTDQQTLILNTATAYFNVLNAIDVLSYTQAQKEAIYRQLDQTTQRFNVGLVAITDVQNARAQYDTVLANEVTARNNLDNAVEQLRQITGNYYPELAALNVENFKTDKPQPVNALLKEAEKRNLSLLQARLSQDLAREQIRQAQDGHLPTLDLTASTGISDTSYSGSKTRGAAGTQYDDSNMGQNKVGLSFSLPIYQGGMVNSQVKQAQYNFVGASEQLESAHRSVVQTVRSSFNNINASISSINAYKQAVVSAQSSLDAMEAGYSVGTRTIVDVLDATTTLYNAKQELANARYNYLINQLNIKSALGTLNEQDLLALNNALSKPVSTNPENVAPQTPEQNAIADGYAPDSPAPVVQQTSARTTTSNGHNPFRN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized lipoprotein YbjP
分子量 formula_weight	19013.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P1,P2,P3

MRYSKLTMLIPCALLLSACTTVTPAYKDNGTRSGPCVEGGPDNVAQQFYDYRILHRSNDITALRPYLSDKLATLLSDASRDNNHRELLTNDPFSSRTTLPDSAHVASASTIPNRDARNIPLRVDLKQGDQGWQDEVLMIQEGQCWVIDDVRYLGGSVHATAGTLRQSIENR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Multidrug efflux pump subunit AcrA
分子量 formula_weight	42237.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A1,A2,A3,a2,a1,a3

MNKNRGFTPLAVVLMLSGSLALTGCDDKQAQQGGQQMPAVGVVTVKTEPLQITTELPGRTSAYRIAEVRPQVSGIILKRNFKEGSDIEAGVSLYQIDPATYQATYDSAKGDLAKAQAAANIAQLTVNRYQKLLGTQYISKQEYDQALADAQQANAAVTAAKAAVETARINLAYTKVTSPISGRIGKSNVTEGALVQNGQATALATVQQLDPIYVDVTQSSNDFLRLKQELANGTLKQENGKAKVSLITSDGIKFPQDGTLEFSDVTVDQTTGSITLRAIFPNPDHTLLPGMFVRARLEEGLNPNAILVPQQGVTRTPRGDATVLVVGADDKVETRPIVASQAIGDKWLVTEGLKAGDRVVISGLQKVRPGVQVKAQEVTADNNQQAASGAQPEQSKS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.26 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17043

fit	/app/data/saxs_computation/v5/9v55/9v55.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v5/9v55/9v55.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v5/9v55/9v55.dat

Structure of TolC, YbjP, and AcrA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein TolC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized lipoprotein YbjP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Multidrug efflux pump subunit AcrA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)