9xou

CryoEM structure of LacY with Trimbody

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 156.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H3-PrAC-5350A,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–205 链 B； UniProt 2–205 链 C； UniProt 2–205	未记录	LacY-nanobody-TAIL × 3 Lactose permease × 3 （P02920）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9XOU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）链 C 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1WA3 Mechanism of the Class I KDPG aldolase 提交 2004-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）链 C 1–205（205 aa）	未记录	PYR PYRUVIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.075M SODIUM ACETATE, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 28%W/V PEG4000, pH 4.60	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1WA3 Mechanism of the Class I KDPG aldolase 提交 2004-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–205（205 aa）链 E 1–205（205 aa）链 F 1–205（205 aa）	未记录	PYR PYRUVIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.075M SODIUM ACETATE, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 28%W/V PEG4000, pH 4.60	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
5KP9 Structure of Nanoparticle Released from Enveloped Protein Nanoparticle 提交 2016-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 B 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
5KP9 Structure of Nanoparticle Released from Enveloped Protein Nanoparticle 提交 2016-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
5KP9 Structure of Nanoparticle Released from Enveloped Protein Nanoparticle 提交 2016-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
5KP9 Structure of Nanoparticle Released from Enveloped Protein Nanoparticle 提交 2016-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
5KP9 Structure of Nanoparticle Released from Enveloped Protein Nanoparticle 提交 2016-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
7B3Y Structure of a nanoparticle for a COVID-19 vaccine candidate 提交 2020-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 B 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8A8N Structure of self-assembling engineered protein nanocage (EPN) fused with hepatitis A pX protein 提交 2022-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 4-5 s.	分辨率 6.70 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8JGA Cryo-EM structure of Mi3 fused with FKBP 提交 2023-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
8JGC Cryo-EM structure of Mi3 fused with LOV2 提交 2023-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8SZZ CryoEM Structure of Computationally Designed Nanocage O32-ZL4 提交 2023-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 I 1–205（205 aa）链 J 1–205（205 aa）链 K 1–205（205 aa）链 L 1–205（205 aa）链 M 1–205（205 aa）链 N 1–205（205 aa）链 O 1–205（205 aa）链 U 1–205（205 aa）链 Y 1–205（205 aa）链 Z 1–205（205 aa）链 a 1–205（205 aa）链 b 1–205（205 aa）链 c 1–205（205 aa）链 d 1–205（205 aa）链 e 1–205（205 aa）链 f 1–205（205 aa）链 g 1–205（205 aa）链 h 1–205（205 aa）链 i 1–205（205 aa）链 j 1–205（205 aa）链 k 1–205（205 aa）链 l 1–205（205 aa）链 m 1–205（205 aa）链 n 1–205（205 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris/HCl pH 7.5, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8TVB Ghanaian virus fusion glycoprotein (GhV F) 提交 2023-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8TYC Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1 提交 2023-08-24	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 a 2–205（204 aa）链 b 2–205（204 aa）链 c 2–205（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8TYE Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal fusion-peptide-targeting antibody FP-1 提交 2023-08-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 a 2–205（204 aa）链 b 2–205（204 aa）链 c 2–205（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9FO3 Structure of a gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle including mi3 density only. 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 0 1–205（205 aa）链 1 1–205（205 aa）链 2 1–205（205 aa）链 3 1–205（205 aa）链 4 1–205（205 aa）链 5 1–205（205 aa）链 6 1–205（205 aa）链 7 1–205（205 aa）链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）链 E 1–205（205 aa）链 F 1–205（205 aa）链 G 1–205（205 aa）链 H 1–205（205 aa）链 I 1–205（205 aa）链 J 1–205（205 aa）链 K 1–205（205 aa）链 L 1–205（205 aa）链 M 1–205（205 aa）链 N 1–205（205 aa）链 O 1–205（205 aa）链 P 1–205（205 aa）链 Q 1–205（205 aa）链 R 1–205（205 aa）链 S 1–205（205 aa）链 T 1–205（205 aa）链 U 1–205（205 aa）链 V 1–205（205 aa）链 W 1–205（205 aa）链 X 1–205（205 aa）链 Y 1–205（205 aa）链 Z 1–205（205 aa）链 a 1–205（205 aa）链 b 1–205（205 aa）链 c 1–205（205 aa）链 d 1–205（205 aa）链 e 1–205（205 aa）链 f 1–205（205 aa）链 g 1–205（205 aa）链 h 1–205（205 aa）链 i 1–205（205 aa）链 j 1–205（205 aa）链 k 1–205（205 aa）链 l 1–205（205 aa）链 m 1–205（205 aa）链 n 1–205（205 aa）链 o 1–205（205 aa）链 p 1–205（205 aa）链 q 1–205（205 aa）链 r 1–205（205 aa）链 s 1–205（205 aa）链 t 1–205（205 aa）链 u 1–205（205 aa）链 v 1–205（205 aa）链 w 1–205（205 aa）链 x 1–205（205 aa）链 y 1–205（205 aa）链 z 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
9UAQ CryoEM structure of GFP-like protein from Aequorea coerulescens with Trimbody 提交 2025-04-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.29 Å
9UBR CryoEM structure of human Galectin-10 with iTrimbody 提交 2025-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）链 D 2–205（204 aa）链 E 2–205（204 aa）链 F 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
9UCL CryoEM structure of IgV domain of human Nectin-4 with Trimbody 提交 2025-04-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.43 Å

共 16 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WXS1_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 118–321； UniProt 2–205 作者链 B； PDB构建体 118–321； UniProt 2–205 作者链 C； PDB构建体 118–321； UniProt 2–205

Lactose permease

Escherichia coli K-12

UniProt P02920

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–417 链 H； UniProt 1–417 链 I； UniProt 1–417	未记录	H3-PrAC-5350A,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase × 3 （Q9WXS1） LacY-nanobody-TAIL × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9XOU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PV6 Crystal structure of lactose permease 提交 2003-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.337
1PV6 Crystal structure of lactose permease 提交 2003-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.337
1PV7 Crystal structure of lactose permease with TDG 提交 2003-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.296
1PV7 Crystal structure of lactose permease with TDG 提交 2003-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	突变：C154G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.296
2CFP Sugar Free Lactose Permease at acidic pH 提交 2006-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：YES	HG MERCURY (II) ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å R-free 0.328
2CFQ Sugar Free Lactose Permease at neutral pH 提交 2006-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：YES	HG MERCURY (II) ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.95 Å R-free 0.298
2V8N Wild-type Structure of Lactose Permease 提交 2007-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.60 Å R-free 0.333
2V8N Wild-type Structure of Lactose Permease 提交 2007-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 3.60 Å R-free 0.333
2Y5Y Crystal structure of LacY in complex with an affinity inactivator 提交 2011-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–417（417 aa）链 B 1–417（417 aa）	突变：YES 突变：YES	BA BARIUM ION × 2 TGA 2-sulfanylethyl beta-D-galactopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 3.38 Å R-free 0.303
4ZYR Crystal structure of E. coli Lactose permease G46W/G262W bound to p-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside (alpha-NPG) 提交 2015-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）	突变：G46W, G262W	9PG 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；1.0 M NaCl 0.05 M Tris (pH8.0) 26% PEG 600	分辨率 3.31 Å R-free 0.278
4ZYR Crystal structure of E. coli Lactose permease G46W/G262W bound to p-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside (alpha-NPG) 提交 2015-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–417（417 aa）	突变：G46W, G262W	9PG 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；1.0 M NaCl 0.05 M Tris (pH8.0) 26% PEG 600	分辨率 3.31 Å R-free 0.278
5GXB crystal structure of a LacY/Nanobody complex 提交 2016-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–417（417 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100mM MES pH 6.0, 100mM (NH4)2C4H4O6, 43% PEG 400	分辨率 3.30 Å R-free 0.346
6C9W Crystal Structure of a ligand bound LacY/Nanobody Complex 提交 2018-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–417（417 aa）片段：Full	突变：G46W, G262W	9PG 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside × 1 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；295 K；0.1 M MgCl2, 28% PEG1000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
8Y9Y Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+1C) 提交 2024-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 315–334（20 aa）	突变：T1M,R2A,L3K,A4K,G5T,C53A	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
8YA0 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C) 提交 2024-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 316–332（17 aa）	突变：R2A, L3K, A4K, G5T, C14T, F17L	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
8YA2 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+20C) 提交 2024-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 315–334（20 aa）	突变：T1M,R2A,L3K,A4K,G5T,E45C,C53A	MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YA3 Structure of the SecA-SecY complex with the substrate FtsQ-LacY(+7C) treated with DTT 提交 2024-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 315–334（20 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LACY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–417； UniProt 1–417 作者链 H； PDB构建体 1–417； UniProt 1–417 作者链 I； PDB构建体 1–417； UniProt 1–417

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9xou
沉积日期 deposition_date	2025-11-15
结构标题 title	CryoEM structure of LacY with Trimbody
关键词 keywords	STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.14 Å
零角强度 I(0) i0	1198320000.00
分子量 molecular_weight	316670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	406970 Å³
包络体积 envelope_volume	599000 Å³
水化壳体积 shell_volume	88371 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.9 Å
壳层 Rg shell_rg	58.15 Å
包络 Rg envelope_rg	56.03 Å
形状 Rg shape_rg	58.21 Å
总 Rg total_rg	57.84 Å
总原子数 total_atoms	22382
残基数 n_residues	2870
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.4 Å
Rg (实空间) rg_real	56.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8210e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1199000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8461
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	92.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.039
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.771
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	44750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H3-PrAC-5350A,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
分子量 formula_weight	36127.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	22382

MKEIAKIVAELLRGIARIIDDIKGRDREEEVEILAKAVEKTGKPEDVRLALEAAERGVTLDQAKAIAQILSMPNLTDEQKRGFVQSLLDDPSVSKEILAEAKKLNEHQAAKAEEAARKMEELFKKHKIVAVLRANSVEEAIEKAVAVFAGGVHLIEITFTVPDADTVIKALSVLKEKGAIIGAGTVTSVEQCRKAVESGAEFIVSPHLDEEISQFCKEKGVFYMPGVMTPTELVKAMKLGHTILKLFPGEVVGPQFVKAMKGPFPNVKFVPTGGVNLDNVCEWFKAGVLAVGVGSALVKGTPDEVREKAKAFVEKIRGCTEAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LacY-nanobody-TAIL
分子量 formula_weight	28210.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MQVQLVESGGRLVQAGDSLRLSCAASGRTFTTYLMGWFRQAPGKEREFVAAIRWSGGSTYYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKLEDTAVYYCAAAARPSYSGDYGYTEALRYDYWGQGTLVAVVKTVEDAFLALLALEQHLGVQPADLAALAEKLNLSQLLELGELLKAAGHPLAPQVEALLKEKLKAASAAEAAGVIFQALVKDEELGKKILEWAKEFGTEEAKKAIEIAEKAYELYKKYGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Lactose permease
分子量 formula_weight	49236.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

MYYLKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTWIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFSFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGAVGWALVASIVGIMFTINNQFVFWLGSGMALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSSTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFWYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGSFKYITSQFEVRFSATIYLVAFAFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPLSLLRRQVNEVAWSHPQFEKGSHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	371100

fit	/app/data/saxs_computation/xo/9xou/9xou.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xo/9xou/9xou.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xo/9xou/9xou.dat

CryoEM structure of LacY with Trimbody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H3-PrAC-5350A,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lactose permease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)