9ya3

Cryo-EM structure of the apical region of subpellicular microtubule (SPMT) from Toxoplasma gondii (8-nm repeat)

Method: ELECTRON MICROSCOPY
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule associated protein SPM1

物种未注明

UniProt A0A7J6K285

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 × 3 (A0A151H4L4) Tubulin alpha chain × 26 (P10873) Tubulin beta chain × 26 (I7BFC9) TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 × 3 (A0A7J6K913) TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 × 4 (A0A125YLA3) TRXL1, TGME49_232410 × 22 (Q8MPF4) TRXL2, TGME49_225790 × 2 (A0A7J6K232) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A7J6K285_TOXGO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 1; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 10; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 11; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 12; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 13; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 14; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 15; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 16; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 17; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 18; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 19; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 2; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 22; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 23; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 3; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 4; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 5; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 6; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 7; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 8; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351 作者链 9; PDB构建体 1–351; UniProt 1–351

TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380

物种未注明

UniProt A0A151H4L4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 Microtubule associated protein SPM1 × 22 (A0A7J6K285) Tubulin alpha chain × 26 (P10873) Tubulin beta chain × 26 (I7BFC9) TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 × 3 (A0A7J6K913) TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 × 4 (A0A125YLA3) TRXL1, TGME49_232410 × 22 (Q8MPF4) TRXL2, TGME49_225790 × 2 (A0A7J6K232) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A151H4L4_TOXGO
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–583; UniProt 1–583 作者链 B; PDB构建体 1–583; UniProt 1–583 作者链 C; PDB构建体 1–583; UniProt 1–583

Tubulin alpha chain

物种未注明

UniProt P10873

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 Microtubule associated protein SPM1 × 22 (A0A7J6K285) TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 × 3 (A0A151H4L4) Tubulin beta chain × 26 (I7BFC9) TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 × 3 (A0A7J6K913) TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 × 4 (A0A125YLA3) TRXL1, TGME49_232410 × 22 (Q8MPF4) TRXL2, TGME49_225790 × 2 (A0A7J6K232) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA_TOXGO
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A0; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 A2; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 A4; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 A6; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 A8; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 B0; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 B2; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 B4; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 B6; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 B8; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 C0; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 C2; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 C4; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 C6; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 C8; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 D0; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 D2; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 D4; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 D6; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 D8; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 E0; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 E2; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 E4; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 E6; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 E8; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453 作者链 F0; PDB构建体 1–453; UniProt 1–453

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt I7BFC9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 Microtubule associated protein SPM1 × 22 (A0A7J6K285) TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 × 3 (A0A151H4L4) Tubulin alpha chain × 26 (P10873) TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 × 3 (A0A7J6K913) TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 × 4 (A0A125YLA3) TRXL1, TGME49_232410 × 22 (Q8MPF4) TRXL2, TGME49_225790 × 2 (A0A7J6K232) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I7BFC9_TOXGO
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A1; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 A3; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 A5; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 A7; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 A9; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 B1; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 B3; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 B5; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 B7; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 B9; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 C1; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 C3; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 C5; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 C7; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 C9; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 D1; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 D3; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 D5; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 D7; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 D9; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 E1; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 E3; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 E5; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 E7; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 E9; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449 作者链 F1; PDB构建体 1–449; UniProt 1–449

TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760

物种未注明

UniProt A0A7J6K913

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 Microtubule associated protein SPM1 × 22 (A0A7J6K285) TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 × 3 (A0A151H4L4) Tubulin alpha chain × 26 (P10873) Tubulin beta chain × 26 (I7BFC9) TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 × 4 (A0A125YLA3) TRXL1, TGME49_232410 × 22 (Q8MPF4) TRXL2, TGME49_225790 × 2 (A0A7J6K232) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A7J6K913_TOXGO
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336 作者链 F; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336 作者链 G; PDB构建体 1–336; UniProt 1–336

TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130

物种未注明

UniProt A0A125YLA3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 Microtubule associated protein SPM1 × 22 (A0A7J6K285) TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 × 3 (A0A151H4L4) Tubulin alpha chain × 26 (P10873) Tubulin beta chain × 26 (I7BFC9) TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 × 3 (A0A7J6K913) TRXL1, TGME49_232410 × 22 (Q8MPF4) TRXL2, TGME49_225790 × 2 (A0A7J6K232) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A125YLA3_TOXGM
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–446; UniProt 1–446 作者链 I; PDB构建体 1–446; UniProt 1–446 作者链 J; PDB构建体 1–446; UniProt 1–446 作者链 K; PDB构建体 1–446; UniProt 1–446

TRXL1, TGME49_232410

物种未注明

UniProt Q8MPF4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 Microtubule associated protein SPM1 × 22 (A0A7J6K285) TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 × 3 (A0A151H4L4) Tubulin alpha chain × 26 (P10873) Tubulin beta chain × 26 (I7BFC9) TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 × 3 (A0A7J6K913) TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 × 4 (A0A125YLA3) TRXL2, TGME49_225790 × 2 (A0A7J6K232) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8MPF4_TOXGO
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 b; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 c; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 d; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 e; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 f; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 g; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 h; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 i; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 j; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 m; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 n; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 o; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 p; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 q; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 r; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 s; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 t; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 u; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 v; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 w; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220 作者链 x; PDB构建体 1–220; UniProt 1–220

TRXL2, TGME49_225790

物种未注明

UniProt A0A7J6K232

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 108 Microtubule associated protein SPM1 × 22 (A0A7J6K285) TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380 × 3 (A0A151H4L4) Tubulin alpha chain × 26 (P10873) Tubulin beta chain × 26 (I7BFC9) TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760 × 3 (A0A7J6K913) TLAP2 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_232130 × 4 (A0A125YLA3) TRXL1, TGME49_232410 × 22 (Q8MPF4) GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 26 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 26 MAGNESIUM ION × 26 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A7J6K232_TOXGO
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 k; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166 作者链 l; PDB构建体 1–166; UniProt 1–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ya3
沉积日期 deposition_date2025-09-15
结构标题 titleCryo-EM structure of the apical region of subpellicular microtubule (SPMT) from Toxoplasma gondii (8-nm repeat)
关键词 keywords;Tubulin, Microtubule, Microtubule Inner Protein, Microtubule-associated Protein, Toxoplasma gondii, conoid, conoid fiber, subpellicular microtubule, SPMT, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ya3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ya3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 1011 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ya3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)0.00 Å
Rg(电子密度)120.50 Å
总 Rg120.60 Å
原子数228257
残基数28883
排除体积4037400 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9ya3__assembly_1__model_1 108-meric (108) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

▶

7. 引用文献 (1)