9yb2

Localized reconstruction of the asymmetric unit of SINV/EEEV at 40C sample.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 209.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E1 glycoprotein

Eastern equine encephalitis virus

UniProt W8RHT7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 4 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 802–1238 链 B; UniProt 802–1238 链 C; UniProt 802–1238 链 D; UniProt 802–1238 未记录 Capsid protein × 4 (Q88793) E2 glycoprotein × 4 (E9KXL2) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 W8RHT7_EEEV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–437; UniProt 802–1238 作者链 B; PDB构建体 1–437; UniProt 802–1238 作者链 C; PDB构建体 1–437; UniProt 802–1238 作者链 D; PDB构建体 1–437; UniProt 802–1238

Capsid protein

Eastern equine encephalitis virus

UniProt Q88793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 4 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 102–261 链 Q; UniProt 102–261 链 R; UniProt 102–261 链 S; UniProt 102–261 片段:Capsid c-terminal domain E1 glycoprotein × 4 (W8RHT7) E2 glycoprotein × 4 (E9KXL2) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q88793_EEEV
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–160; UniProt 102–261 作者链 Q; PDB构建体 1–160; UniProt 102–261 作者链 R; PDB构建体 1–160; UniProt 102–261 作者链 S; PDB构建体 1–160; UniProt 102–261

E2 glycoprotein

Eastern equine encephalitis virus

UniProt E9KXL2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 12 其他聚合物 4 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 325–744 链 b; UniProt 325–744 链 c; UniProt 325–744 链 d; UniProt 325–744 片段:UNP residues 325-744 E1 glycoprotein × 4 (W8RHT7) Capsid protein × 4 (Q88793) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E9KXL2_EEEV
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 b; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 c; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744 作者链 d; PDB构建体 1–420; UniProt 325–744

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9yb2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9yb2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9yb2
沉积日期 deposition_date2025-09-16
结构标题 titleLocalized reconstruction of the asymmetric unit of SINV/EEEV at 40C sample.
关键词 keywordsEastern Equine Encephalitis Virus, Cryo-EM, Single Particle Averaging, localized reconstruction, asymmetric unit, 40C., VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier65.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron65.46
零角强度 I(0) i02890700000.00
分子量 molecular_weight450660.0 kDa
排除体积 excluded_volume562860 ų
包络体积 envelope_volume1009300 ų
水化壳体积 shell_volume129050 ų
包络直径 envelope_diameter213.0
壳层 Rg shell_rg68.05
包络 Rg envelope_rg62.26
形状 Rg shape_rg65.40
总 Rg total_rg65.72
总原子数 total_atoms31679
残基数 n_residues4067
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax209.6
Rg (实空间) rg_real65.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.54
I(0) (实空间) i0_real2.8910e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2893000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8689
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary87.3
偏度 Skewness skewness0.093
峰度 Kurtosis kurtosis-0.616
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha136800000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.444

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)