9yhd

Crystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain D31N mutant (P41 crystal form) in complex with ADP-ribose

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 3

Chikungunya virus

UniProt Q8JUX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain 突变:D31N 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;292 K;0.1 M Sodium malonate dibasic monohydrate pH 7, 24% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.249
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain 突变:D31N 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;292 K;0.1 M Sodium malonate dibasic monohydrate pH 7, 24% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.249
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain 突变:D31N 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;292 K;0.1 M Sodium malonate dibasic monohydrate pH 7, 24% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.249
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1334–1493 片段:macrodomain 突变:D31N APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;292 K;0.1 M Sodium malonate dibasic monohydrate pH 7, 24% (w/v) PEG 3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 163 个其他 PDB 条目、601 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLN_CHIKS
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–168; UniProt 1334–1493 作者链 B; PDB构建体 9–168; UniProt 1334–1493 作者链 C; PDB构建体 9–168; UniProt 1334–1493 作者链 D; PDB构建体 9–168; UniProt 1334–1493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9yhd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9yhd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9yhd
沉积日期 deposition_date2025-09-30
最后修订 last_revision2025-11-26
结构标题 titleCrystal structure of Chikungunya virus nsP3 macrodomain D31N mutant (P41 crystal form) in complex with ADP-ribose
关键词 keywordsChikungunya virus, ADP-ribose, AViDD, Advanced Light Source 8.3.1, VIRAL PROTEIN, HYDROLASE; VIRAL PROTEIN,HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.96
零角强度 I(0) i085514800.00
分子量 molecular_weight70587.0 kDa
排除体积 excluded_volume87464 ų
包络体积 envelope_volume109450 ų
水化壳体积 shell_volume32246 ų
包络直径 envelope_diameter96.0
壳层 Rg shell_rg35.46
包络 Rg envelope_rg28.76
形状 Rg shape_rg28.94
总 Rg total_rg29.62
总原子数 total_atoms9837
残基数 n_residues640
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.6
Rg (实空间) rg_real29.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real8.5510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85520000.0000
解质量估计 total_estimate0.9079
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary42.8
偏度 Skewness skewness0.157
峰度 Kurtosis kurtosis-0.672
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37210000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.908

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)