9zma

Crystal structure of Fab 7160 in complex with major repeat region (NANP6)from circumsporozoite protein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 164.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circumsporozoite protein

Plasmodium falciparum 3D7

UniProt Q7K740

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 129–152 未记录 Heavy Chain of Fab 7160 × 1 Light Chain of Fab 7160 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M magnesium nitrate (pH 5.8) and 20% (w/v) PEG 3350. 分辨率 2.33 Å R-free 0.236
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 129–152 未记录 Heavy Chain of Fab 7160 × 1 Light Chain of Fab 7160 × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M magnesium nitrate (pH 5.8) and 20% (w/v) PEG 3350. 分辨率 2.33 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSP_PLAF7
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–24; UniProt 129–152 作者链 J; PDB构建体 1–24; UniProt 129–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9zma

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9zma
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9zma
沉积日期 deposition_date2025-12-09
结构标题 titleCrystal structure of Fab 7160 in complex with major repeat region (NANP6)from circumsporozoite protein
关键词 keywordsAntibody for Malaria, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.82
零角强度 I(0) i0567786000.00
分子量 molecular_weight193760.0 kDa
排除体积 excluded_volume241680 ų
包络体积 envelope_volume324740 ų
水化壳体积 shell_volume64158 ų
包络直径 envelope_diameter173.0
壳层 Rg shell_rg46.01
包络 Rg envelope_rg44.51
形状 Rg shape_rg44.79
总 Rg total_rg44.99
总原子数 total_atoms13643
残基数 n_residues1742
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax164.4
Rg (实空间) rg_real44.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.49
I(0) (实空间) i0_real5.6780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal567500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8095
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.0
偏度 Skewness skewness0.637
峰度 Kurtosis kurtosis0.114
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60650000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.617; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.790; Smooth: 0.880

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)