当前蛋白身份：P04233
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A6A THE STRUCTURE OF AN INTERMEDIATE IN CLASS II MHC MATURATION: CLIP BOUND TO HLA-DR3 提交 1998-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
103–117（15 aa）
片段：CLIP FRAGMENT 87 - 101 OF INVARIANT CHAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；12% PEG 4K, 100 MM MGCL2, 100 MM ACETATE BUFFER, PH 4.5
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.325 |
| 1A6A THE STRUCTURE OF AN INTERMEDIATE IN CLASS II MHC MATURATION: CLIP BOUND TO HLA-DR3 提交 1998-02-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
103–117（15 aa）
片段：CLIP FRAGMENT 87 - 101 OF INVARIANT CHAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 4.5；12% PEG 4K, 100 MM MGCL2, 100 MM ACETATE BUFFER, PH 4.5
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.325 |
| 1ICF CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L 提交 1999-01-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 I
210–274（65 aa）
片段：THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.1；SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR CONTAINED 1ML OF 0.2 M NA-
ACETATE TRIHYDRATE, 30% W/V PEG 8K AND 0.1M MES, PH 6.1. DROP WAS COMPOSED OF
2 MICRO L OF RESERVOIR SOLUTION AND 2 MICRO L OF THE COMPLEX (10 MG/ML) IN
20MM NA-ACETATE AND 1MM EDTA, PH 5.0.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 1ICF CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L 提交 1999-01-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
210–274（65 aa）
片段：THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.1；SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR CONTAINED 1ML OF 0.2 M NA-
ACETATE TRIHYDRATE, 30% W/V PEG 8K AND 0.1M MES, PH 6.1. DROP WAS COMPOSED OF
2 MICRO L OF RESERVOIR SOLUTION AND 2 MICRO L OF THE COMPLEX (10 MG/ML) IN
20MM NA-ACETATE AND 1MM EDTA, PH 5.0.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 1ICF CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L 提交 1999-01-07 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 I
210–274（65 aa）
片段：THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
链 J
210–274（65 aa）
片段：THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.1；SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR CONTAINED 1ML OF 0.2 M NA-
ACETATE TRIHYDRATE, 30% W/V PEG 8K AND 0.1M MES, PH 6.1. DROP WAS COMPOSED OF
2 MICRO L OF RESERVOIR SOLUTION AND 2 MICRO L OF THE COMPLEX (10 MG/ML) IN
20MM NA-ACETATE AND 1MM EDTA, PH 5.0.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 1IIE HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN 提交 1999-02-02 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
118–192（75 aa）
片段：ECTOPLASMIC TRIMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 118-192)
链 B
118–192（75 aa）
片段：ECTOPLASMIC TRIMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 118-192)
链 C
118–192（75 aa）
片段：ECTOPLASMIC TRIMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 118-192)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；298 K；压力 1
|
分辨率未提供 |
| 1L3H NMR structure of P41icf, a potent inhibitor of human cathepsin L 提交 2002-02-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
210–274（65 aa）
片段：THYROGLOBULIN-LIKE DOMAIN
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.7；288 K；压力 ambient
NMR样品组成
1mM P41icf; 20mM phosphate buffer, 0.01mM NaN3 | 85% H20, 15% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3PDO Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP102-120 提交 2010-10-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
102–120（19 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, NaCitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.240 |
| 3PGC Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, flipped peptide orientation 提交 2010-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
106–120（15 aa）
片段：UNP residues 106-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；PEG 1500, MIB buffer, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.250 |
| 3PGC Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, flipped peptide orientation 提交 2010-11-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
106–120（15 aa）
片段：UNP residues 106-120
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；PEG 1500, MIB buffer, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.250 |
| 3PGD Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, canonical peptide orientation 提交 2010-11-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
106–120（15 aa）
片段：UNP residues 106-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3350, NaCitrate, BisTris propane, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.242 |
| 3PGD Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, canonical peptide orientation 提交 2010-11-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
106–120（15 aa）
片段：UNP residues 106-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3350, NaCitrate, BisTris propane, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.242 |
| 3QXA HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
103–117（15 aa）
片段：CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.235 |
| 3QXA HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
103–117（15 aa）
片段：CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.235 |
| 3QXD F54C HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
103–117（15 aa）
片段：CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 3QXD F54C HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
103–117（15 aa）
片段：CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 4AEN HLA-DR1 with covalently linked CLIP106-120 in reversed orientation 提交 2012-01-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
106–120（15 aa）
片段：RESIDUES 106-120
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS, PH 8.0
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.221 |
| 4AH2 HLA-DR1 with covalently linked CLIP106-120 in canonical orientation 提交 2012-02-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
106–120（15 aa）
片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 106-120,30-227
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；0.2 M LICL, 20% (W/V) PEG6000, 0.1 M HEPES, PH 7.0
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.240 |
| 4X5W HLA-DR1 with CLIP102-120(M107W) 提交 2014-12-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
102–120（19 aa）
片段：extracellular, UNP residues 102-120
|
突变：M107W | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M K/Na-tartrate, 20% (w/v) PEG3350, 0.1M BisTrisPropane, pH 8.5
|
分辨率 1.34 Å R-free 0.170 |
| 8VRW Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DR15 提交 2024-01-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 C
2–296（295 aa）
链 F
2–296（295 aa）
链 I
2–296（295 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8VSJ Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP 提交 2024-01-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 P
103–117（15 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.28 Å |
| 8VSP Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DQ 提交 2024-01-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 C
2–296（295 aa）
链 F
2–296（295 aa）
链 I
2–296（295 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9CYL Structure of LAG3 loop1 deletion bound to the MHC class II molecule I-A(b) 提交 2024-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 P
103–117（15 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293.15 K；1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 4.66 Å R-free 0.326 |
| 9CYM Structure of LAG3 bound to the MHC class II molecule I-A(b) 提交 2024-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 P
103–117（15 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris 8.0 and 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 3.84 Å R-free 0.307 |
| 9EJH Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
110–122（13 aa）
片段：UNP residues 110-122
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.232 |