当前蛋白身份：P04911
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1ID3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS FUNDAMENTAL DIFFERENCES IN INTER-NUCLEOSOME INTERACTIONS 提交 2001-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–131（131 aa）
链 G
1–131（131 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, Potassium chloride, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.292 |
| 3T7K Complex structure of Rtt107p and phosphorylated histone H2A 提交 2011-07-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
125–132（8 aa）
片段：phosphorylated C-terminal peptide
链 D
125–132（8 aa）
片段：phosphorylated C-terminal peptide
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；283 K；14%(w/v) PEG 1500, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.258 |
| 3T7K Complex structure of Rtt107p and phosphorylated histone H2A 提交 2011-07-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
125–132（8 aa）
片段：phosphorylated C-terminal peptide
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；283 K；14%(w/v) PEG 1500, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.258 |
| 3T7K Complex structure of Rtt107p and phosphorylated histone H2A 提交 2011-07-30 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
125–132（8 aa）
片段：phosphorylated C-terminal peptide
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；283 K；14%(w/v) PEG 1500, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.258 |
| 4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–132（132 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.225 |
| 4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–132（132 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.225 |
| 4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.225 |
| 4WNN SPT16-H2A-H2B FACT HISTONE Complex 提交 2014-10-13 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–132（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；Crystals of ~ 60 x 60 mm formed within 10 days in 0.1M SPG (succinic acid:sodium dihydrogen phosphate:glycine ) pH 7, 25 % PEG 1500 (A4 of the PACT suite commercial screen (Qiagen).
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.225 |
| 5BT1 histone chaperone Hif1 playing with histone H2A-H2B dimer 提交 2015-06-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–132（132 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；0.1M Magnesium formate dihydrate, 15% PEG3350
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分辨率 2.62 Å R-free 0.262 |
| 6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–132（132 aa）
链 F
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–132（132 aa）
链 F
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 g
17–121（105 aa）
链 i
17–118（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.15 Å |
| 7K78 antibody and nucleosome complex 提交 2020-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–132（132 aa）
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.10 Å |
| 7K7G nucleosome and Gal4 complex 提交 2020-09-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–132（132 aa）
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7SSA Cryo-EM structure of pioneer factor Cbf1 bound to the nucleosome 提交 2021-11-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–132（131 aa）
链 G
2–132（131 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric（25） 与全部聚合物一致 |
链 c
1–132（132 aa）
链 g
1–132（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 c
1–132（132 aa）
链 g
1–132（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric（19） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric（29） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–132（132 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–132（132 aa）
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.91 Å |
| 9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–132（132 aa）
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.16 Å |
| 9CAU DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–132（132 aa）
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 4.18 Å |
| 9CB7 DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, Ino80-Nucleosome 提交 2024-06-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–132（132 aa）
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 4.04 Å |
| 9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 E
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–132（132 aa）
链 G
1–132（132 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.20 Å |