当前蛋白身份：P05759
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3J6X S. cerevisiae 80S ribosome bound with Taura syndrome virus (TSV) IRES, 5 degree rotation (Class II) 提交 2014-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 31
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin；pH 7.5；45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin
cryo-EM玻璃化条件
Fresh glow discharge, 7 second blot；冷冻剂 ETHANE；Fresh glow discharge, 7 second blot before plunging into liquid ehtane (FEI VITROBOT MARK II).
|
分辨率 6.10 Å |
| 3J6Y S. cerevisiae 80S ribosome bound with Taura syndrome virus (TSV) IRES, 2 degree rotation (Class I) 提交 2014-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 31
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin；pH 7.5；45 mM HEPES/KOH, 10 mM MgCl2, 100 mM KCl, 2.5 mM spermine, 2 mM BME, 0.5 U/uL RNasin
cryo-EM玻璃化条件
Fresh glow discharge, 7 second blot；冷冻剂 ETHANE；Fresh glow discharge, 7 second blot before plunging into liquid ehtane (FEI VITROBOT MARK II).
|
分辨率 6.10 Å |
| 3J77 Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class II - rotated ribosome with 1 tRNA) 提交 2014-05-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 31
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II)
|
分辨率 6.20 Å |
| 3J78 Structures of yeast 80S ribosome-tRNA complexes in the rotated and non-rotated conformations (Class I - non-rotated ribosome with 2 tRNAs) 提交 2014-05-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 31
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2；pH 7.5；20 mM Tris-HCl, 50 mM NH4Cl, 20 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II)
|
分辨率 6.30 Å |
| 4U3M Crystal structure of Anisomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.245 |
| 4U3M Crystal structure of Anisomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.245 |
| 4U3N Crystal structure of CCA trinucleotide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 677 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.237 |
| 4U3N Crystal structure of CCA trinucleotide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.237 |
| 4U3U Crystal structure of Cycloheximide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.245 |
| 4U3U Crystal structure of Cycloheximide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-22 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.245 |
| 4U4N Crystal structure of Edeine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 557 EDE EDEINE B × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4U4N Crystal structure of Edeine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 574 EDE EDEINE B × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4U4O Crystal structure of Geneticin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
片段：UNP residues 77-152
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 GET GENETICIN × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.267 |
| 4U4O Crystal structure of Geneticin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
片段：UNP residues 77-152
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.60 Å R-free 0.267 |
| 4U4Q Crystal structure of Homoharringtonine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.255 |
| 4U4Q Crystal structure of Homoharringtonine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 733 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 HMT (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.255 |
| 4U4R Crystal structure of Lactimidomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.246 |
| 4U4R Crystal structure of Lactimidomycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3H3 4-{(2R,5S,6E)-2-hydroxy-5-methyl-7-[(2R,3S,4E,6Z,10E)-3-methyl-12-oxooxacyclododeca-4,6,10-trien-2-yl]-4-oxooct-6-en-1-yl}piperidine-2,6-dione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.246 |
| 4U4U Crystal structure of Lycorine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 679 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 3KD (1S,2S,12bS,12cS)-2,4,5,7,12b,12c-hexahydro-1H-[1,3]dioxolo[4,5-j]pyrrolo[3,2,1-de]phenanthridine-1,2-diol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.259 |
| 4U4U Crystal structure of Lycorine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-MERIC（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 733 OHX osmium (III) hexammine × 576 ZN ZINC ION × 8 3KD (1S,2S,12bS,12cS)-2,4,5,7,12b,12c-hexahydro-1H-[1,3]dioxolo[4,5-j]pyrrolo[3,2,1-de]phenanthridine-1,2-diol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.259 |
| 4U4Y Crystal structure of Pactamycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 PCY Pactamycin × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.245 |
| 4U4Y Crystal structure of Pactamycin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 PCY Pactamycin × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.245 |
| 4U4Z Crystal structure of Phyllanthoside bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric（80） 待复核 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 677 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 3K5 3-O-acetyl-2-O-(3-O-acetyl-6-deoxy-beta-D-glucopyranosyl)-6-deoxy-1-O-{[(2R,2'S,3a'R,4''S,5''R,6'S,7a'S)-5''-methyl-4''-{[(2E)-3-phenylprop-2-enoyl]oxy}decahydrodispiro[oxirane-2,3'-[1]benzofuran-2',2''-pyran]-6'-yl]carbonyl}-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4U4Z Crystal structure of Phyllanthoside bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：95-meric（95） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3K5 3-O-acetyl-2-O-(3-O-acetyl-6-deoxy-beta-D-glucopyranosyl)-6-deoxy-1-O-{[(2R,2'S,3a'R,4''S,5''R,6'S,7a'S)-5''-methyl-4''-{[(2E)-3-phenylprop-2-enoyl]oxy}decahydrodispiro[oxirane-2,3'-[1]benzofuran-2',2''-pyran]-6'-yl]carbonyl}-beta-D-glucopyranose × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4U50 Crystal structure of Verrucarin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3L2 (4S,5R,10E,12Z,16R,16aS,17S,18R,19aR,23aR)-4-hydroxy-5,16a,21-trimethyl-4,5,6,7,16,16a,22,23-octahydro-3H,18H,19aH-spiro[16,18-methano[1,6,12]trioxacyclooctadecino[3,4-d]chromene-17,2'-oxirane]-3,9,14-trione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.262 |
| 4U50 Crystal structure of Verrucarin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 576 ZN ZINC ION × 8 3L2 (4S,5R,10E,12Z,16R,16aS,17S,18R,19aR,23aR)-4-hydroxy-5,16a,21-trimethyl-4,5,6,7,16,16a,22,23-octahydro-3H,18H,19aH-spiro[16,18-methano[1,6,12]trioxacyclooctadecino[3,4-d]chromene-17,2'-oxirane]-3,9,14-trione × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.262 |
| 4U51 Crystal structure of Narciclasine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 3KF (2S,3R,4S,4aR)-2,3,4,7-tetrahydroxy-3,4,4a,5-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-j]phenanthridin-6(2H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.253 |
| 4U51 Crystal structure of Narciclasine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 572 ZN ZINC ION × 8 3KF (2S,3R,4S,4aR)-2,3,4,7-tetrahydroxy-3,4,4a,5-tetrahydro[1,3]dioxolo[4,5-j]phenanthridin-6(2H)-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.253 |
| 4U52 Crystal structure of Nagilactone C bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 679 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3J2 Nagilactone C × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.258 |
| 4U52 Crystal structure of Nagilactone C bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 734 OHX osmium (III) hexammine × 575 ZN ZINC ION × 8 3J2 Nagilactone C × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.258 |
| 4U53 Crystal structure of Deoxynivalenol bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 676 OHX osmium (III) hexammine × 556 ZN ZINC ION × 8 3J6 (3beta,7alpha)-3,7,15-trihydroxy-12,13-epoxytrichothec-9-en-8-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4U53 Crystal structure of Deoxynivalenol bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 730 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 3J6 (3beta,7alpha)-3,7,15-trihydroxy-12,13-epoxytrichothec-9-en-8-one × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4U55 Crystal structure of Cryptopleurine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 557 3K8 (14aR)-2,3,6-trimethoxy-11,12,13,14,14a,15-hexahydro-9H-dibenzo[f,h]pyrido[1,2-b]isoquinoline × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.246 |
| 4U55 Crystal structure of Cryptopleurine bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-MERIC（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 3K8 (14aR)-2,3,6-trimethoxy-11,12,13,14,14a,15-hexahydro-9H-dibenzo[f,h]pyrido[1,2-b]isoquinoline × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.246 |
| 4U56 Crystal structure of Blasticidin S bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric（80） 待复核 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 675 OHX osmium (III) hexammine × 558 ZN ZINC ION × 8 BLS BLASTICIDIN S × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.260 |
| 4U56 Crystal structure of Blasticidin S bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-24 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 732 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 BLS BLASTICIDIN S × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.260 |
| 4U6F Crystal structure of T-2 toxin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 678 OHX osmium (III) hexammine × 557 ZN ZINC ION × 8 ZBA 12,13-Epoxytrichothec-9-ene-3,4,8,15-tetrol-4,15-diacetate-8-isovalerate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.247 |
| 4U6F Crystal structure of T-2 toxin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2014-07-28 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 731 OHX osmium (III) hexammine × 574 ZN ZINC ION × 8 ZBA 12,13-Epoxytrichothec-9-ene-3,4,8,15-tetrol-4,15-diacetate-8-isovalerate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.247 |
| 4V88 The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 A resolution. 提交 2011-10-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 Af
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 657 MG MAGNESIUM ION × 1035 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.229 |
| 4V88 The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 A resolution. 提交 2011-10-11 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 Cf
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 688 MG MAGNESIUM ION × 1170 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.229 |
| 4V8Y Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 A5
1–152（152 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 191 OHX osmium (III) hexammine × 197 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 4.30 Å |
| 4V8Z Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 A5
1–152（152 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 226 OHX osmium (III) hexammine × 210 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
|
分辨率 6.60 Å |
| 5DAT Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing eIF5A 提交 2015-08-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：86-MERIC（86） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 580 OHX osmium (III) hexammine × 601 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.252 |
| 5DAT Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing eIF5A 提交 2015-08-20 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：86-MERIC（86） 待复核 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 528 OHX osmium (III) hexammine × 565 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.252 |
| 5DC3 Complex of yeast 80S ribosome with non-modified eIF5A 提交 2015-08-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric（81） 待复核 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.301 |
| 5DC3 Complex of yeast 80S ribosome with non-modified eIF5A 提交 2015-08-23 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：81-meric（81） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.301 |
| 5DGE Coping with proline stalling: structural basis of hypusine-induced protein synthesis by the eukaryotic ribosome 提交 2015-08-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 155 PDB 声明：165-meric（165） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1093 OHX osmium (III) hexammine × 1169 ZN ZINC ION × 16 SPS SPARSOMYCIN × 2 PRO PROLINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.263 |
| 5DGF Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：TRIMERIC（83） 待复核 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 OHX osmium (III) hexammine × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.310 |
| 5DGF Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：TRIMERIC（81） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 OHX osmium (III) hexammine × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.310 |
| 5DGV Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：81-MERIC（81） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.284 |
| 5DGV Complex of yeast 80S ribosome with hypusine-containing/non-modified eIF5A and/or a peptidyl-tRNA analog 提交 2015-08-28 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-MERIC（81） 待复核 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SPS SPARSOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.284 |
| 5FCI Structure of the vacant uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 待复核 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 874 MG MAGNESIUM ION × 994 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.284 |
| 5FCI Structure of the vacant uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 561 MG MAGNESIUM ION × 626 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.284 |
| 5FCJ Structure of the anisomycin-containing uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric（82） 待复核 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 517 OHX osmium (III) hexammine × 534 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Tris-Acetate pH7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |
| 5FCJ Structure of the anisomycin-containing uL3 W255C mutant 80S yeast ribosome 提交 2015-12-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 462 OHX osmium (III) hexammine × 500 ZN ZINC ION × 8 ANM ANISOMYCIN × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；Tris-Acetate pH7.0, KSCN, Mg-Acetate, Glycerol, Spermidine, PEG20000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.291 |
| 5I4L Crystal structure of Amicoumacin A bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-02-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 481 MG MAGNESIUM ION × 493 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.251 |
| 5I4L Crystal structure of Amicoumacin A bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-02-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 512 MG MAGNESIUM ION × 526 ZN ZINC ION × 8 UAM Amicoumacin A × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.251 |
| 5JUO Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure I (fully rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 CC
1–152（152 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 5JUP Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure II (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 CC
1–152（152 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5JUS Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure III (mid-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 CC
1–152（152 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
|
分辨率 4.20 Å |
| 5JUT Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure IV (almost non-rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 CC
1–152（152 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 5JUU Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure V (least rotated 40S subunit) 提交 2016-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 CC
1–152（152 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 7 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.218 |
| 5L6H Uba1 in complex with Ub-ABPA3 covalent adduct 提交 2016-05-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
链 E
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 6O2 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-[(3-ethynylphenyl)amino]purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl sulfamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.218 |
| 5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 9 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.220 |
| 5L6I Uba1 in complex with Ub-MLN4924 covalent adduct 提交 2016-05-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
链 E
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 GOL GLYCEROL × 7 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.220 |
| 5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.224 |
| 5L6J Uba1 in complex with Ub-MLN7243 covalent adduct 提交 2016-05-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 9 61T [(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R})-2,3-bis(oxidanyl)-4-[[2-[3-(trifluoromethylsulfanyl)phenyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl]amino]cyclopentyl]methyl sulfamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris, 15% peg 3350
|
分辨率 2.68 Å R-free 0.224 |
| 5LYB Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCPmn 提交 2016-09-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1026 OHX osmium (III) hexammine × 659 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, MgOAc2, glycerol, spermidine, PEG20K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.249 |
| 5LYB Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCPmn 提交 2016-09-26 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1166 OHX osmium (III) hexammine × 686 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；Tris-Acetate pH 7.0, KSCN, MgOAc2, glycerol, spermidine, PEG20K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.249 |
| 5M1J Nonstop ribosomal complex bound with Dom34 and Hbs1 提交 2016-10-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 f2
82–152（71 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1058 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 5CR N-acetyl-L-phenylalanine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 5MC6 Cryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae 提交 2016-11-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric（87） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 5MEI Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome 提交 2016-11-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：78-meric（78） 待复核 |
链 g
82–152（71 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 517 MG MAGNESIUM ION × 673 7MB Agelastatin A × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.239 |
| 5MEI Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome 提交 2016-11-15 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 e1
102–152（51 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 553 MG MAGNESIUM ION × 733 7MB Agelastatin A × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.239 |
| 5NDG Crystal structure of geneticin (G418) bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 597 GET GENETICIN × 9 ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.253 |
| 5NDG Crystal structure of geneticin (G418) bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-08 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 e1
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 624 GET GENETICIN × 12 ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.253 |
| 5NDW Crystal structure of aminoglycoside TC007 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 e1
80–152（73 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 671 8UZ TC007 × 10 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.235 |
| 5NDW Crystal structure of aminoglycoside TC007 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-03-09 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
80–152（73 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 694 8UZ TC007 × 15 ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.235 |
| 5OBM Crystal structure of Gentamicin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-06-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-MERIC（79） 与全部聚合物一致 |
链 E1
81–152（72 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 855 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 22 ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.238 |
| 5OBM Crystal structure of Gentamicin bound to the yeast 80S ribosome 提交 2017-06-28 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：82-MERIC（82） 与全部聚合物一致 |
链 e1
81–152（72 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1211 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 47 ZN ZINC ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.238 |
| 5ON6 Crystal structure of haemanthamine bound to the 80S ribosome 提交 2017-08-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：78-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 g
82–152（71 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 515 MG MAGNESIUM ION × 703 HN8 Haemanthamine × 1 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 5ON6 Crystal structure of haemanthamine bound to the 80S ribosome 提交 2017-08-03 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：80-meric（80） 待复核 |
链 e1
102–152（51 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 549 MG MAGNESIUM ION × 758 HN8 Haemanthamine × 1 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 5TBW Crystal structure of chlorolissoclimide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-09-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 g
82–152（71 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 518 MG MAGNESIUM ION × 666 7AL Chlorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.227 |
| 5TBW Crystal structure of chlorolissoclimide bound to the yeast 80S ribosome 提交 2016-09-13 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 e1
102–152（51 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 556 MG MAGNESIUM ION × 728 7AL Chlorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；Tris-acetate pH7.0, potassium thiocyanate, magnesium acetate, glycerol, spermidine, PEG 20000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.227 |
| 5TGA Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 659 MG MAGNESIUM ION × 1026 ZN ZINC ION × 8 PRO PROLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG20000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.265 |
| 5TGA Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-27 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 686 MG MAGNESIUM ION × 1166 ZN ZINC ION × 8 PRO PROLINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG20000
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.265 |
| 5TGM Crystal structure of the S.cerevisiae 80S ribosome in complex with the A-site bound aminoacyl-tRNA analog ACCA-Pro 提交 2016-09-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 154 PDB 声明：164-meric（164） 与全部聚合物一致 |
链 E1
77–152（76 aa）
链 e1
77–152（76 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 1095 MG MAGNESIUM ION × 1191 ZN ZINC ION × 16 PHE PHENYLALANINE × 2 LEU LEUCINE × 2 SPS SPARSOMYCIN × 2 8AN 3'-amino-3'-deoxyadenosine 5'-(dihydrogen phosphate) × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG20000
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.312 |
| 5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 5U4P Protein-protein complex between 26S proteasome regulatory subunit RPN8, RPN11, and Ubiquitin S31 提交 2016-12-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；291 K；1.5 M ammonium tartrate
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.234 |
| 5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致 |
链 Sg
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.70 Å |
| 6EML Cryo-EM structure of a late pre-40S ribosomal subunit from Saccharomyces cerevisiae 提交 2017-10-02 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 N
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6GQ1 Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP/sordarin) 提交 2018-06-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 AW
116–152（37 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
|
分辨率 4.40 Å |
| 6GQB Cryo-EM reconstruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GDP+AlF4/sordarin) 提交 2018-06-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 AW
116–152（37 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 SO1 [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GQV Cryo-EM recosntruction of yeast 80S ribosome in complex with mRNA, tRNA and eEF2 (GMPPCP) 提交 2018-06-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 AW
116–152（37 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 4, blot waiting time 30 s
|
分辨率 4.00 Å |
| 6HHQ Crystal structure of compound C45 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2018-08-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 g
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 513 MG MAGNESIUM ION × 717 G5B (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{S},4~{a}~{R},6~{S},7~{S},8~{a}~{R})-6,7-bis(chloranyl)-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 6HHQ Crystal structure of compound C45 bound to the yeast 80S ribosome 提交 2018-08-28 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 e1
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 544 MG MAGNESIUM ION × 792 G5B (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{S},4~{a}~{R},6~{S},7~{S},8~{a}~{R})-6,7-bis(chloranyl)-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 6I7O The structure of a di-ribosome (disome) as a unit for RQC and NGD quality control pathways recognition. 提交 2018-11-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：163-meric（163） 与全部聚合物一致 |
链 N
80–152（73 aa）
链 Nb
80–152（73 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 6Q8Y Cryo-EM structure of the mRNA translating and degrading yeast 80S ribosome-Xrn1 nuclease complex 提交 2018-12-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 N
102–152（51 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6RBE State 2 of yeast Tsr1-TAP Rps20-Deltaloop pre-40S particles 提交 2019-04-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 f
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot 1.7-1.9 seconds before plunging
|
分辨率 3.80 Å |
| 6S47 Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with ABCF protein New1 提交 2019-06-26 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 Bg
2–152（151 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 6SNT Yeast 80S ribosome stalled on SDD1 mRNA. 提交 2019-08-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 f
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 87 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6SV4 The cryo-EM structure of SDD1-stalled collided trisome. 提交 2019-09-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 225 PDB 声明：242-meric（242） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–152（152 aa）
链 Nb
1–152（152 aa）
链 Nc
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6T4Q Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CCG inhibitory codon combination. 提交 2019-10-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
80–152（73 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 291 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 6T7I Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CGA inhibitory codon combination. 提交 2019-10-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6T7T Structure of yeast 80S ribosome stalled on poly(A) tract. 提交 2019-10-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6T83 Structure of yeast disome (di-ribosome) stalled on poly(A) tract. 提交 2019-10-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 149 PDB 声明：159-meric（159） 与全部聚合物一致 |
链 6
1–152（152 aa）
链 fb
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6TB3 yeast 80S ribosome in complex with the Not5 subunit of the CCR4-NOT complex 提交 2019-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 N
80–152（73 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 327 ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6TNU Yeast 80S ribosome in complex with eIF5A and decoding A-site and P-site tRNAs. 提交 2019-12-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：83-meric（83） 与全部聚合物一致 |
链 N
80–152（73 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 SPD SPERMIDINE × 1 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6WDR Subunit joining exposes nascent pre-40S rRNA for processing and quality control 提交 2020-04-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 f
82–152（71 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WOO CryoEM structure of yeast 80S ribosome with Met-tRNAiMet, eIF5B, and GDP 提交 2020-04-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 ff
94–150（57 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U6A N-carboxy-L-threonine × 1 MET METHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6Z6J Cryo-EM structure of yeast Lso2 bound to 80S ribosomes under native condition 提交 2020-05-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
1–152（152 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6Z6K Cryo-EM structure of yeast reconstituted Lso2 bound to 80S ribosomes 提交 2020-05-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
1–152（152 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6ZCE Structure of a yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex 提交 2020-06-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 g
1–152（152 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 6ZQH Yeast Uba1 in complex with ubiquitin 提交 2020-07-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–76（76 aa）
|
未记录 | BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.227 |
| 6ZQH Yeast Uba1 in complex with ubiquitin 提交 2020-07-09 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–76（76 aa）
|
未记录 | BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium formate, PEG 3350
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.227 |
| 6ZU9 Structure of a yeast ABCE1-bound 48S initiation complex 提交 2020-07-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric（44） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 7A1G Structure of a crosslinked yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex 提交 2020-08-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 N
80–152（73 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7B7D Yeast 80S ribosome bound to eEF3 and A/A- and P/P-tRNAs 提交 2020-12-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 N
80–152（73 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7MPI Stm1 bound vacant 80S structure isolated from cbf5-D95A 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 Bf
93–152（60 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 366 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 7MPJ Stm1 bound vacant 80S structure isolated from wild-type 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 Bf
93–152（60 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 745 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7N8B Cycloheximide bound vacant 80S structure isolated from cbf5-D95A 提交 2021-06-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 Bf
93–152（60 aa）
|
未记录 | 3HE 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione × 1 MG MAGNESIUM ION × 374 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 7NRC Structure of the yeast Gcn1 bound to a leading stalled 80S ribosome with Rbg2, Gir2, A- and P-tRNA and eIF5A 提交 2021-03-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7NRD Structure of the yeast Gcn1 bound to a colliding stalled 80S ribosome with MBF1, A/P-tRNA and P/E-tRNA 提交 2021-03-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 7ZUX Collided ribosome in a disome unit from S. cerevisiae 提交 2022-05-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 Df
80–152（73 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 86 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7ZW0 FAP-80S Complex - Rotated state 提交 2022-05-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：86-meric（86） 与全部聚合物一致 |
链 sN
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 324 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 34 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8BQD Yeast 80S ribosome in complex with Map1 (conformation 1) 提交 2022-11-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 N
80–152（73 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8BQX Yeast 80S ribosome in complex with Map1 (conformation 2) 提交 2022-11-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 N
80–152（73 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8C83 Cryo-EM structure of in vitro reconstituted Otu2-bound Ub-40S complex 提交 2023-01-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 y
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8CAH Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 43S pre-initiation complex 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：48-meric（48） 与全部聚合物一致 |
链 N
77–152（76 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 80 ZN ZINC ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8CAS Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 48S initiation complex (partial) 提交 2023-01-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 O
77–152（76 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8K2D Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, eEF2, Stm1 and eIF5A 提交 2023-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：84-meric（84） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
1–152（152 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 T1C TIGECYCLINE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8K82 Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, Not5 and P-site tRNA 提交 2023-07-28 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric（85） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 316 T1C TIGECYCLINE × 6 SPD SPERMIDINE × 1 ZN ZINC ION × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8P4V 80S yeast ribosome in complex with HaterumaimideQ 提交 2023-05-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 g
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 461 MG MAGNESIUM ION × 711 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 X1K (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},8~{a}~{S})-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 8 OS OSMIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.251 |
| 8P4V 80S yeast ribosome in complex with HaterumaimideQ 提交 2023-05-23 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 e1
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 492 MG MAGNESIUM ION × 766 K POTASSIUM ION × 5 SPD SPERMIDINE × 1 X1K (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},8~{a}~{S})-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
|
分辨率 3.16 Å R-free 0.251 |
| 8P85 80S yeast ribosome in complex with Fluorolissoclimide 提交 2023-08-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric（78） 与全部聚合物一致 |
链 g
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 484 MG MAGNESIUM ION × 717 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 VDU fluorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.223 |
| 8P85 80S yeast ribosome in complex with Fluorolissoclimide 提交 2023-08-31 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 e1
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 519 MG MAGNESIUM ION × 785 K POTASSIUM ION × 2 SPD SPERMIDINE × 1 VDU fluorolissoclimide × 1 ZN ZINC ION × 9 5XU (2~{S})-2-azanylpropanal × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.223 |
| 8P9A 80S yeast ribosome in complex with Methyllissoclimide 提交 2023-06-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 150 PDB 声明：158-meric（158） 与全部聚合物一致 |
链 e1
1–152（152 aa）
链 g
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 930 MG MAGNESIUM ION × 1464 SPD SPERMIDINE × 2 XBI (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},7~{S},8~{a}~{S})-5,5,7,8~{a}-tetramethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 2 ZN ZINC ION × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；ll lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
|
分辨率 2.90 Å |
| 8PNN 80S yeast ribosome in complex with Bromolissoclimide 提交 2023-06-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric（78） 与全部聚合物一致 |
链 g
1–152（152 aa）
|
未记录 | OHX osmium (III) hexammine × 456 MG MAGNESIUM ION × 707 ZN ZINC ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 ZWB (3~{R})-3-[(1~{S})-2-[(1~{R},3~{S},4~{a}~{S},7~{S},8~{a}~{S})-7-bromanyl-5,5,8~{a}-trimethyl-2-methylidene-3-oxidanyl-3,4,4~{a},6,7,8-hexahydro-1~{H}-naphthalen-1-yl]-1-oxidanyl-ethyl]pyrrolidine-2,5-dione × 1 SPD SPERMIDINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；lissoclimides/80S complexes were formed in 5.5 mM Tris-acetate at pH 7.0, 3 mM K(OAc) at pH 7.2, 5.5 mM NH4(OAc), 2 mM Mg(OAc)2, 1.3 mM DTT by incubation of 80S ribosomes (1.5 uM) with 30-fold molar excess of lissoclimide congeners for 15 min at 30 C. Crystals were grown at 4 C by hanging-drop vapor diffusion
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.230 |
| 8XU8 State 2c(S2c) of yeast 80S ribosome bound to compact eEF2 and 2 tRNAs during peptidyl transferation 提交 2024-01-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 4.5；YPD
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8Y0U dormant ribosome with STM1 提交 2024-01-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：77-meric（77） 与全部聚合物一致 |
链 Sf
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 281 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50mM HEPES, pH7.5, 100mM KOAc, 5mM Mg(OAc)2, 1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 8YLD State 4a (S4a) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and open eEF3 and eEF2 during translocation 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8YLR State 6 (S6) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs and eEF2 and eEF3 during tranlocation 提交 2024-03-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8Z70 State 1 (S1) of yeast 80S ribosome bound to 2 tRNAs during mRNA decoding 提交 2024-04-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8Z71 State 1a (S1a) of yeast 80S ribosome bound to open eEF3 and 2 tRNAs and eEF1A during mRNA decoding 提交 2024-04-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 4.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8ZGR 80S ribosome with A/A tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-09 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：79-meric（79） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8ZGY 80S ribosome with P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：80-meric（80） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8ZH3 80S ribosome with A/P-P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8ZHB 80S ribosome with A/A P/E tRNA and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：81-meric（81） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8ZHC pre-frameshift complex of yeast 80S ribosome with eRF1 and mRNA of WNV 提交 2024-05-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：82-meric（82） 与全部聚合物一致 |
链 SN
80–152（73 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9EYH Ubiquitin conjugating enzyme Ubc6 UBC domain with isopeptide-linked ubiquitin 提交 2024-04-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–76（76 aa）
链 D000
1–76（76 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG smear, sodium acetate, sodium chloride
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.266 |
| 9F9S Yeast SDD1 Disome with Mbf1 提交 2024-05-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 152 PDB 声明：164-meric（164） 与全部聚合物一致 |
链 RF
1–152（152 aa）
链 SF
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 295 ZN ZINC ION × 13 K POTASSIUM ION × 16 SPD SPERMIDINE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9N70 SSU processome maturation and disassembly, State E 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric（72） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.17 Å |
| 9N72 SSU processome maturation and disassembly, State F 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric（73） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.94 Å |
| 9N73 SSU processome maturation and disassembly, State G 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：74-meric（74） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.96 Å |
| 9N74 SSU processome maturation and disassembly, State H 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 39 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 9N75 SSU processome maturation and disassembly, State I 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric（68） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 59 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9N76 SSU processome maturation and disassembly, State J 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：67-meric（67） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 38 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9N77 SSU processome maturation and disassembly, State K 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric（64） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 48 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.94 Å |
| 9N78 SSU processome maturation and disassembly, State L 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 OU
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å |
| 9PN5 Composite map of hypomethylated 80S ribosome treated with hygromycin B 提交 2025-07-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric（78） 与全部聚合物一致 |
链 Bf
1–152（152 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 174 K POTASSIUM ION × 27 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.75 Å |