当前蛋白身份：P32561
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7YI0 Cryo-EM structure of Rpd3S complex 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7YI2 Cryo-EM structure of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7YI3 Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 8GA8 Structure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex 提交 2023-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 B
1–433（433 aa）
链 E
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8HPO Cryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast 提交 2022-12-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白数一致 |
链 F
1–433（433 aa）
链 G
1–433（433 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 L
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 L
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 8KC7 Rpd3S histone deacetylase complex 提交 2023-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–433（433 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8W9C Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast 提交 2023-09-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric（18） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–433（433 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 C
9–393（385 aa）
链 D
9–393（385 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 C
9–386（378 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |