当前蛋白身份：P38919
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2HXY Crystal structure of human apo-eIF4AIII 提交 2006-08-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–410（389 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；Ammonium Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.308 |
| 2HXY Crystal structure of human apo-eIF4AIII 提交 2006-08-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
22–410（389 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；Ammonium Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.308 |
| 2HXY Crystal structure of human apo-eIF4AIII 提交 2006-08-04 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
22–410（389 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；Ammonium Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.308 |
| 2HXY Crystal structure of human apo-eIF4AIII 提交 2006-08-04 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
22–410（389 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；Ammonium Citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.308 |
| 2HYI Structure of the human exon junction complex with a trapped DEAD-box helicase bound to RNA 提交 2006-08-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
0–410（411 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.8；297 K；7% PEG3350
50 mM Tris
200 mM NaAcetate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.231 |
| 2HYI Structure of the human exon junction complex with a trapped DEAD-box helicase bound to RNA 提交 2006-08-06 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 I
0–410（411 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.8；297 K；7% PEG3350
50 mM Tris
200 mM NaAcetate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.231 |
| 2J0Q The crystal structure of the Exon Junction Complex at 3.2 A resolution 提交 2006-08-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–410（410 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
10% PEG 4000, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 10 MM CACL2, NA CACODYLATE PH 6.5 .
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.277 |
| 2J0Q The crystal structure of the Exon Junction Complex at 3.2 A resolution 提交 2006-08-04 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–410（410 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
10% PEG 4000, 200 MM AMMONIUM ACETATE, 10 MM CACL2, NA CACODYLATE PH 6.5 .
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.277 |
| 2J0S The crystal structure of the Exon Junction Complex at 2.2 A resolution 提交 2006-08-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–410（410 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
8% PEG 6000, 100 MM MGCL2, 100 MM MES PH 6.0
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.216 |
| 2J0U The crystal structure of eIF4AIII-Barentsz complex at 3.0 A resolution 提交 2006-08-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
37–410（374 aa）
片段：RESIDUES 37-410
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
700 MM DI AMMONIUM TARTRATE, 100 MM NA ACETATE PH 4.6
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.328 |
| 2J0U The crystal structure of eIF4AIII-Barentsz complex at 3.0 A resolution 提交 2006-08-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
37–410（374 aa）
片段：RESIDUES 37-410
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
700 MM DI AMMONIUM TARTRATE, 100 MM NA ACETATE PH 4.6
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.328 |
| 2XB2 Crystal structure of the core Mago-Y14-eIF4AIII-Barentsz-UPF3b assembly shows how the EJC is bridged to the NMD machinery 提交 2010-04-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 X
1–411（411 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5, 0.2M MG-ACETATE 4H2O, 10 % PEG 8000
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.260 |
| 2XB2 Crystal structure of the core Mago-Y14-eIF4AIII-Barentsz-UPF3b assembly shows how the EJC is bridged to the NMD machinery 提交 2010-04-03 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–411（411 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5, 0.2M MG-ACETATE 4H2O, 10 % PEG 8000
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.260 |
| 3EX7 The crystal structure of EJC in its transition state 提交 2008-10-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–411（411 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；277 K；7% PEG 3350, 50mM Tris HCl pH 8.8, 200mM NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.251 |
| 3EX7 The crystal structure of EJC in its transition state 提交 2008-10-16 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 H
1–411（411 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；277 K；7% PEG 3350, 50mM Tris HCl pH 8.8, 200mM NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.251 |
| 4C9B Crystal structure of eIF4AIII-CWC22 complex 提交 2013-10-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–411（411 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
12% PEG 20000, 0.1 M NA-K-PHOSPHATE PH 6.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.236 |
| 5MQF Cryo-EM structure of a human spliceosome activated for step 2 of splicing (C* complex) 提交 2016-12-20 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric（41） 与蛋白数一致 |
链 p
1–411（411 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 5XJC Cryo-EM structure of the human spliceosome just prior to exon ligation at 3.6 angstrom 提交 2017-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–411（411 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5YZG The Cryo-EM Structure of Human Catalytic Step I Spliceosome (C complex) at 4.1 angstrom resolution 提交 2017-12-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–411（411 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6ICZ Cryo-EM structure of a human post-catalytic spliceosome (P complex) at 3.0 angstrom 提交 2018-09-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–411（411 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6QDV Human post-catalytic P complex spliceosome 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 7
22–411（390 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane.
|
分辨率 3.30 Å |
| 6YVH CWC22-CWC27-EIF4A3 Complex 提交 2020-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 H
246–411（166 aa）
链 J
246–411（166 aa）
链 K
246–411（166 aa）
链 L
246–411（166 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292.15 K；20% (w/v) PEG20000, 50 mM MES pH 6.5
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.263 |
| 7A5P Human C Complex Spliceosome - Medium-resolution PERIPHERY 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：48-meric（48） 与全部聚合物一致 |
链 y
1–411（411 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 7W59 The cryo-EM structure of human pre-C*-I complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–411（411 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5A The cryo-EM structure of human pre-C*-II complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–411（411 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5B The cryo-EM structure of human C* complex 提交 2021-11-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–411（411 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7ZNJ Structure of an ALYREF-exon junction complex hexamer 提交 2022-04-21 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 A
23–404（382 aa）
链 F
23–404（382 aa）
链 K
23–404（382 aa）
链 a
23–404（382 aa）
链 f
23–404（382 aa）
链 k
23–404（382 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8C6J Human spliceosomal PM5 C* complex 提交 2023-01-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 7
1–411（411 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8I0W The cryo-EM structure of human C complex 提交 2023-01-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–411（411 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9FMD Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex) 提交 2024-06-05 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 7
1–411（411 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |