9fmd

Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 270.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fmd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fmd
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9fmd
沉积日期 deposition_date2024-06-05
结构标题 titleIntegrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex)
关键词 keywordsP-complex, spliceosome, SPLICING; SPLICING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron101.60
零角强度 I(0) i049675800000.00
分子量 molecular_weight1712600.0 kDa
排除体积 excluded_volume2060400 ų
包络体积 envelope_volume4205400 ų
水化壳体积 shell_volume336190 ų
包络直径 envelope_diameter359.5
壳层 Rg shell_rg97.03
包络 Rg envelope_rg102.10
形状 Rg shape_rg101.80
总 Rg total_rg100.90
总原子数 total_atoms120489
残基数 n_residues17107
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax270.2
Rg (实空间) rg_real97.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real4.7580e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8420e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal100.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49470000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9123
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary126.1
偏度 Skewness skewness0.211
峰度 Kurtosis kurtosis-0.574
角度范围 angular_range— – 0.0750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8665
最高正则化参数 α highest_alpha1931000000.0000
实空间数据点数 n_real_points16
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 0.968; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (59)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)