当前蛋白身份：P40014
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2FTX Crystal structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
133–221（89 aa）
片段：Spc25p globular domain
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 10.5；293 K；0.1 M CAPS, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4/0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 10.50
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.226 |
| 2FV4 NMR solution structure of the yeast kinetochore Spc24/Spc25 globular domain 提交 2006-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
128–221（94 aa）
片段：SPC25P GLOBULAR DOMAIN
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate buffer；压力 ambient
NMR样品组成
1.5 mM spc25G U-15N,13C,85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O | 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
NMR样品组成
1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C,85%-2H, 95% H2O, 5% D2O | 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
NMR样品组成
1.5 mM spc25G U-15N,13C, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 95% H2O, 5% D2O | 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
NMR样品组成
1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 95% H2O, 5% D2O | 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
NMR样品组成
1.5 mM spc25G U-15N,13C, 85%-2H, 1.5 mM spc24G natural abundance isotopes, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O | 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
NMR样品组成
1.5 mM spc25G natural abundance isotopes, 1.5 mM spc24G U-15N,13C, 50 mg/mL Pf1 phage, 95% H2O, 5% D2O | 50 mM Phosphate buffer Na, pH 7.0, 1 mM azide, 95% H2O, 5% D2O.
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分辨率未提供 |
| 4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
133–221（89 aa）
片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.258 |
| 4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
133–221（89 aa）
片段：Spc25p C-terminal domain, residues 133-221
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.258 |
| 5T6J Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly 提交 2016-09-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
133–221（89 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate
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分辨率 1.75 Å R-free 0.242 |
| 5TCS Crystal structure of a Dwarf Ndc80 Tetramer 提交 2016-09-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–31（31 aa）
链 D
138–221（84 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；1.2 magnesium sulfate, 0.1 M ME pH 6.0
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.266 |
| 5TD8 Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex 提交 2016-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–45（45 aa）
链 D
138–221（84 aa）
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0
|
分辨率 7.53 Å R-free 0.328 |
| 8V10 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Mps1 peptide bound to dwarf Ndc80 Complex 提交 2023-11-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–31（31 aa）
链 D
138–221（84 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；291 K；13% polyethylene glycol 8000,
1M sodium chloride
100 mM PIPES pH 6.1
|
分辨率 3.02 Å R-free 0.271 |
| 8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–31（31 aa）
链 D
138–220（83 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5
|
分辨率 3.95 Å R-free 0.327 |
| 8V11 Structure of a Saccharomyces cerevisiae Ipl1 peptide Bound to dwarf Ndc80 complex 提交 2023-11-19 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 H
1–31（31 aa）
链 H
138–220（83 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；15% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether,500 mM sodium chloride,50 mM Tris pH 7.5
|
分辨率 3.95 Å R-free 0.327 |
| 9S4Q Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex lacking the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 25
1–221（221 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.90 Å |
| 9S5N Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain 提交 2025-07-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 25
1–221（221 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |