当前蛋白身份：Q08235
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5Z1G Structure of the Brx1 and Ebp2 complex 提交 2017-12-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
26–259（234 aa）
片段：UNP residues 26-259
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 5.5 and 1.8M ammonium sulfate
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.297 |
| 5Z1G Structure of the Brx1 and Ebp2 complex 提交 2017-12-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
26–259（234 aa）
片段：UNP residues 26-259
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 5.5 and 1.8M ammonium sulfate
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.297 |
| 5Z3G Cryo-EM structure of a nucleolar pre-60S ribosome (Rpf1-TAP) 提交 2018-01-06 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–291（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 1-3 seconds before plunging
|
分辨率 3.65 Å |
| 6CB1 Yeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit (state 3) 提交 2018-02-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 6ELZ State E (TAP-Flag-Ytm1 E80A) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-09-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6EM1 State C (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric（43） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6EM3 State A architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6EM4 State B architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 34 PDB 声明：37-meric（37） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6EM5 State D architectural model (Nsa1-TAP Flag-Ytm1) - Visualizing the assembly pathway of nucleolar pre-60S ribosomes 提交 2017-10-01 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7NAC State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - Composite model 提交 2021-06-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 7OHR Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population E from S. cerevisiae 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric（51） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.72 Å |
| 7OHS Nog1-TAP associated immature ribosomal particle population F from S. cerevisiae 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.38 Å |
| 7OHV Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae after rpL2 expression shut down, population C 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7OHW Nog1-TAP associated immature ribosomal particles from S. cerevisiae after rpL25 expression shut down, population B 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 37 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7R6K State E2 nucleolar 60S ribosomal intermediate - Model for Noc2/Noc3 region 提交 2021-06-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 7R7A State E1 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Composite model 提交 2021-06-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 7R7C State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - L1 stalk local model 提交 2021-06-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.71 Å |
| 8E5T Yeast co-transcriptional Noc1-Noc2 RNP assembly checkpoint intermediate 提交 2022-08-22 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–291（291 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 33 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8V83 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 pre-catalytic structure - Overall map) 提交 2023-12-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：48-meric（48） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.53 Å |
| 8V84 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 catalytic structure - Overall map) 提交 2023-12-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric（49） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8V87 60S ribosome biogenesis intermediate (Dbp10 post-catalytic structure - Overall map) 提交 2023-12-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–291（291 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 K POTASSIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |