当前蛋白身份：Q14457
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 13BV Cryo-EM structure of human PI3KC3-C1 complex 提交 2026-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–450（450 aa）
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
|
突变：BH3 domain (residues 107-135) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
|
突变：BH3 domain (residues 107-135) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
|
突变：BH3 domain (residues 107-135) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
|
突变：BH3 domain (residues 107-135) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 B
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
链 D
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
链 F
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
链 H
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
|
突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
链 H
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
|
突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 2P1L Structure of the Bcl-XL:Beclin 1 complex 提交 2007-03-05 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
链 D
107–135（29 aa）
片段：Beclin 1
|
突变：BH3 domain (residues 107-135) 突变：BH3 domain (residues 107-135) | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG-400, 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.262 |
| 2PON Solution structure of the Bcl-xL/Beclin-1 complex 提交 2007-04-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–23（23 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM potassium phosphate；压力 1
NMR样品组成
1.5mM unlabelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 99.9% D2O; 50mM potassium phosphate | 99.9% D2O
NMR样品组成
1.5mM uniformly 15N labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.5mM uniformly 15N/13C labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 99.9% D2O; 50mM potassium phosphate | 99.9% D2O
NMR样品组成
1.5mM 80% deuterated, uniformly 15N/13C labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.5mM 100% deuterated, uniformly 15N labelled Bcl-xL/Beclin-1 complex in 90% H2O/10% D2O; 50mM potassium phosphate | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3DVU Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and the Beclin 1 BH3 domain 提交 2008-07-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
105–130（26 aa）
片段：BH3 domain, residues 105-130
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, 10mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 3DVU Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and the Beclin 1 BH3 domain 提交 2008-07-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
105–130（26 aa）
片段：BH3 domain, residues 105-130
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, 10mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.261 |
| 4DDP crystal structure of Beclin 1 evolutionarily conserved domain(ECD) 提交 2012-01-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
241–450（210 aa）
片段：UNP residues 241-450
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 3350, 0.3M NaCl, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.203 |
| 4MI8 Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide 提交 2013-08-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
107–130（24 aa）
片段：UNP residues 107-130
|
突变：G120E, D121A | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 8% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 4MI8 Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide 提交 2013-08-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
107–130（24 aa）
片段：UNP residues 107-130
|
突变：G120E, D121A | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 8% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 4MI8 Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide 提交 2013-08-30 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
107–130（24 aa）
片段：UNP residues 107-130
链 D
107–130（24 aa）
片段：UNP residues 107-130
|
突变：G120E, D121A 突变：G120E, D121A | SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 8% 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.224 |
| 5EFM Beclin 1 Flexible-helical Domian (FHD) (141-171) 提交 2015-10-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
141–171（31 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 5.6；293 K；250mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 2.2 M ammonium sulfate, 100mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.6)
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.216 |
| 5HHE Human Beclin 1 coiled-coil domain 提交 2016-01-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
175–265（91 aa）
片段：UNP entries 175-265
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；293 K；39% 2-methyl-2, 4-pentadiol, 9% PEG400 and 100 mM Tris buffer, pH 7.5.
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.208 |
| 5HHE Human Beclin 1 coiled-coil domain 提交 2016-01-10 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
175–265（91 aa）
片段：UNP entries 175-265
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.5；293 K；39% 2-methyl-2, 4-pentadiol, 9% PEG400 and 100 mM Tris buffer, pH 7.5.
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.208 |
| 5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.215 |
| 5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.215 |
| 5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.215 |
| 5VAU Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-tris chloride, pH 5.5, ).2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.215 |
| 5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
105–130（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
105–130（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
105–130（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 5VAX Bcl-2 complex with Beclin 1 BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
105–130（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；bis-tris chloride, pH 4.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.243 |
| 5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.228 |
| 5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.228 |
| 5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.228 |
| 5VAY Bcl-2 complex with Beclin 1 T108D BH3 domain 提交 2017-03-28 | Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
105–130（26 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Tris, pH 6.5, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.228 |
| 6DCN Bcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108pThr 提交 2018-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
105–130（26 aa）
链 D
105–130（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M NaCl, 10% glycerol
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 6DCN Bcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108pThr 提交 2018-05-07 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
105–130（26 aa）
链 D
105–130（26 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M NaCl, 10% glycerol
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 6DCO Bcl-xL complex with Beclin 1 BH3 domain T108D 提交 2018-05-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
105–130（26 aa）
链 D
105–130（26 aa）
|
突变：T108D 突变：T108D | CL CHLORIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Tris pH 7.0, 0.2M MgCl2, 2.5M NaCl
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.231 |
| 6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
93–102（10 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.166 |
| 6HOI Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAPL1 提交 2018-09-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
93–102（10 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M sodium acetate, 0.1M Hepes pH 7.5, 12% PEG 4000
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.166 |
| 6HOJ Structure of Beclin1 LIR motif bound to GABARAP 提交 2018-09-17 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
93–105（13 aa）
链 B
93–105（13 aa）
链 C
93–105（13 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG 4000, 50 mM Bicine pH 8.8
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.211 |
| 6HOK Structure of Beclin1 LIR (S96E) motif bound to GABARAP 提交 2018-09-17 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
93–105（13 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.6 M ammonium sulfate, 100 mM TRIS pH 8.5, 10 % Glycerol
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.198 |
| 7BL1 human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2021-01-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 EEE
1–450（450 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot force 20, blot time 6 s
|
分辨率 9.80 Å |
| 9C82 Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 提交 2024-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–450（450 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant
|
分辨率 6.84 Å |
| 9MHF Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L) 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–450（450 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.73 Å |
| 9MHG Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–450（450 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；100% humidity, 3 s wait time, blot force -15
|
分辨率 3.20 Å |
| 9MHH PI3KC3-C1 in complex with RAB1A. VPS34 kinase domain active conformation 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–450（450 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05%
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 9RX5 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-AAAA-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–450（450 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.15 Å |
| 9RX6 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-ERIR-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–450（450 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.52 Å |
| 9RX8 Apo VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–450（450 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.87 Å |
| 9RX9 VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS34 subunit 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–450（450 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.99 Å |
| 9RXA VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–450（450 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.00 Å |
| 9RXB VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS34 and VPS15 subunits 提交 2025-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 C
1–450（450 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.03 Å |
| 9S47 Human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2025-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–450（450 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 9.88 Å |
| 9ZPC Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 提交 2025-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–450（450 aa）
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未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 9ZPD Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 in complex with Rubicon Middle Region of C terminus 提交 2025-12-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
1–450（450 aa）
链 E
1–450（450 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |