当前蛋白身份：Q96P20
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2NAQ 3D NMR solution structure of NLRP3 PYD 提交 2016-01-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3–93（91 aa）
片段：Pyrin domain residues 3-93
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 3.6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.0051；压力 ambient
NMR样品组成
100-200 uM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM [U-2H] TCEP, 100 uM sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3QF2 Crystal structure of NALP3 PYD 提交 2011-01-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
3–112（110 aa）
片段：PYD domain, DAPIN domain, residues 3-112
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium citrate, 0.1M sodium acetate pH4.6, 30% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.235 |
| 3QF2 Crystal structure of NALP3 PYD 提交 2011-01-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
3–112（110 aa）
片段：PYD domain, DAPIN domain, residues 3-112
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.2M ammonium citrate, 0.1M sodium acetate pH4.6, 30% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.235 |
| 6NPY Cryo-EM structure of NLRP3 bound to NEK7 提交 2019-01-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
3–1036（1034 aa）
|
突变：D133I, R135C, K136A, K140A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7ALV Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with a potent inhibitor 提交 2020-10-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–679（549 aa）
片段：NACHT domain
|
未记录 | RM5 1-[4-chloranyl-2,6-di(propan-2-yl)phenyl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Hepes pH 7.5, 1.4M SodiumCitrate
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.265 |
| 7PZC Cryo-EM structure of the NLRP3 decamer bound to the inhibitor CRID3 提交 2021-10-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1036（1036 aa）
链 B
1–1036（1036 aa）
链 C
1–1036（1036 aa）
链 D
1–1036（1036 aa）
链 E
1–1036（1036 aa）
链 F
1–1036（1036 aa）
链 G
1–1036（1036 aa）
链 H
1–1036（1036 aa）
链 I
1–1036（1036 aa）
链 J
1–1036（1036 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 10 8GI 1-(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-urea × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM MgCl2, 1 mM ADP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7PZD Cryo-EM structure of the NLRP3 PYD filament 提交 2021-10-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 G
3–110（108 aa）
链 H
3–110（108 aa）
链 I
3–110（108 aa）
链 J
3–110（108 aa）
链 K
3–110（108 aa）
链 L
3–110（108 aa）
链 M
3–110（108 aa）
链 N
3–110（108 aa）
链 O
3–110（108 aa）
链 P
3–110（108 aa）
链 Q
3–110（108 aa）
链 R
3–110（108 aa）
链 S
3–110（108 aa）
链 T
3–110（108 aa）
链 U
3–110（108 aa）
链 V
3–110（108 aa）
链 W
3–110（108 aa）
链 X
3–110（108 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES (pH 7.5), 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VTP Cryo-EM structure of PYD-deleted human NLRP3 hexamer 提交 2021-10-30 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
130–1036（907 aa）
链 B
130–1036（907 aa）
链 C
130–1036（907 aa）
链 D
130–1036（907 aa）
链 E
130–1036（907 aa）
链 F
130–1036（907 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.2 M NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 1.0 mM ADP, 0.05 mM MCC950
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 7ZGU Human NLRP3-deltaPYD hexamer 提交 2022-04-04 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
126–1036（911 aa）
链 B
126–1036（911 aa）
链 C
126–1036（911 aa）
链 D
126–1036（911 aa）
链 E
126–1036（911 aa）
链 F
126–1036（911 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8EJ4 Cryo-EM structure of the active NLRP3 inflammasome disk 提交 2022-09-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白数一致 |
链 A
133–1034（902 aa）
链 B
133–1034（902 aa）
链 C
133–1034（902 aa）
链 D
133–1034（902 aa）
链 E
133–1034（902 aa）
链 F
133–1034（902 aa）
链 G
133–1034（902 aa）
链 H
133–1034（902 aa）
链 I
133–1034（902 aa）
链 J
133–1034（902 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 10 MG MAGNESIUM ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8ERT NLRP3 PYD filament 提交 2022-10-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric（21） 与蛋白数一致 |
链 A
1–95（95 aa）
链 B
1–95（95 aa）
链 C
1–95（95 aa）
链 D
1–95（95 aa）
链 E
1–95（95 aa）
链 F
1–95（95 aa）
链 G
1–95（95 aa）
链 I
1–95（95 aa）
链 J
1–95（95 aa）
链 K
1–95（95 aa）
链 L
1–95（95 aa）
链 M
1–95（95 aa）
链 N
1–95（95 aa）
链 O
1–95（95 aa）
链 Q
1–95（95 aa）
链 R
1–95（95 aa）
链 S
1–95（95 aa）
链 U
1–95（95 aa）
链 V
1–95（95 aa）
链 W
1–95（95 aa）
链 X
1–95（95 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ETR CryoEM Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with G2394 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
134–676（543 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WTN (6S,8R)-N-[(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)carbamoyl]-6-(methylamino)-6,7-dihydro-5H-pyrazolo[5,1-b][1,3]oxazine-3-sulfonamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；0.15M NaCl, 20mM Tris pH 7.5, 10% glycerol, 1mM TCEP, 2.5mM ATP, 2mM MgCl2.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8RI2 Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-562 提交 2023-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–679（549 aa）
|
未记录 | A1H02 2-[4-chloranyl-9-oxidanylidene-12-(2-oxidanylpropan-2-yl)-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl]-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]ethanamide × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；protein: well = 1: 1
well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0
protein: 7 mg/ml protein copurified with 1 uM inhibitor
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.270 |
| 8SWF Cryo-EM structure of NLRP3 open octamer 提交 2023-05-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
130–1036（907 aa）
链 B
130–1036（907 aa）
链 C
130–1036（907 aa）
链 D
130–1036（907 aa）
链 E
130–1036（907 aa）
链 F
130–1036（907 aa）
链 G
130–1036（907 aa）
链 H
130–1036（907 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 8SWK Cryo-EM structure of NLRP3 closed hexamer 提交 2023-05-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
133–1036（904 aa）
链 B
133–1036（904 aa）
链 C
133–1036（904 aa）
链 D
133–1036（904 aa）
链 E
133–1036（904 aa）
链 F
133–1036（904 aa）
|
未记录 | 7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.32 Å |
| 8SXN Structure of NLRP3 and NEK7 complex 提交 2023-05-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
133–1036（904 aa）
链 D
133–1036（904 aa）
|
未记录 | 7YN 1-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)furan-2-yl]sulfonyl-3-(1,2,3,5-tetrahydro-s-indacen-4-yl)urea × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å |
| 8WSM NLRP3 NACHT domain in complex with compound 32 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–679（549 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 XE3 2-[[2-methyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]amino]-~{N}-(1,4-oxazepan-4-ylsulfonyl)-1,3-oxazole-4-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris pH 7.5, 1.2 M sodium citrate
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.248 |
| 8ZEM Crystal Structure of NLRP3 NACHT domain in complex with NP3-1 提交 2024-05-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–679（549 aa）
|
未记录 | A1D79 1-[5-[2,3-bis(chloranyl)phenyl]-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-3-[4-(2-oxidanylpropan-2-yl)thiophen-2-yl]sulfonyl-urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；23~25 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000 ;100 mM MES pH 6.3~6.7 ;200 mM Ammonium sulfate
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.347 |
| 9DH3 Cryo-EM structure of NLRP3 complex with Compound C 提交 2024-09-03 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
136–1036（901 aa）
链 B
136–1036（901 aa）
链 C
136–1036（901 aa）
链 D
136–1036（901 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 A1A4L 2-[(4S)-5-ethyl-8-oxothieno[2',3':4,5]pyrrolo[1,2-d][1,2,4]triazin-7(8H)-yl]-N-(pyrimidin-4-yl)acetamide × 4 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.76 Å |
| 9GU4 Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-253 提交 2024-09-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–679（549 aa）
|
未记录 | A1IPJ 2-[6-[[(3R)-1-ethylpiperidin-3-yl]amino]pyridazin-3-yl]-3-methyl-5-(trifluoromethyl)phenol × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml, 1mM inhibitor co-complex
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.264 |
| 9HG4 NACHT domain of NLRP3 in complex with DFV890 提交 2024-11-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–679（549 aa）
|
未记录 | A1IUG 1-[azanyl-oxidanylidene-[2-(2-oxidanylpropan-2-yl)-1,3-thiazol-5-yl]-$l^{6}-sulfanylidene]-3-(1,2,3,5,6,7-hexahydro-s-indacen-4-yl)urea × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；protein: 0.2 ul NLRP3 (131-679) at 7 mg/ml in 50mM HEPES pH 7.8, 500mM NaCl, 10% glycerol, 1mM MgCl2, 1mM TCEP, 100uM ADP, and 0.8 mM DFV890 (in DMSO)
wel: 0.2 ul 1.99M NH4 3 citrate
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.264 |
| 9MGY Cryo-EM structure of Human NLRP3 complex with compound 1 提交 2024-12-11 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–1036（1036 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLR (2M)-2-(6-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}pyridazin-3-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9MIE Human NLRP3 complex with compound 2 in the closed hexamer 提交 2024-12-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–1036（1036 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLP (2P)-2-(4-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[d]pyridazin-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 9MIG Cryo-EM structure of Human NLRP3 complex with compound 3 提交 2024-12-12 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–1036（1036 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1BLQ (2P)-2-(4-{[(3R)-1-methylpiperidin-3-yl]amino}-5,6,7,8-tetrahydrophthalazin-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenol × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9SFG Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-742 提交 2025-08-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–679（549 aa）
|
未记录 | A1JNK 5-methyl-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]-6-(2-methyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl)pyridazin-3-amine × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml, 1mM inhibitor co-complex
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.279 |